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CSCO 2020 | 和瑞基因卫星会:和全安大Panel科研临床双管齐下,赋能肿瘤精准诊疗之路

恶性肿瘤是人类健康的重要威胁,给患者、家庭及社会带来了沉重的负担。随着肿瘤精准诊疗的理念和技术在临床中不断普及,越来越多的患者从中获益。当下肿瘤靶向治疗和免疫治疗迅速发展,对肿瘤分子分型、肿瘤动态监测的灵敏性和精准度提出了更高的要求。技术的突飞猛进和临床的真实需求,迫切呼唤着新一代肿瘤基因检测解决方案的诞生。

2020年9月23日,由和瑞基因举办的“瑞变,遇见新未来—大Panel赋能肿瘤精准诊疗之路”主题卫星会于CSCO 2020期间成功召开。上海交通大学附属胸科医院陆舜教授、陆军军医大学新桥医院朱波教授、南昌大学附属第二医院刘安文教授、北京大学第三医院曹宝山教授、江苏省肿瘤医院陈凌翔教授、苏州市立医院谭洁教授、四川大学华西医院王永生教授以及广东省人民医院杨衿记教授等嘉宾出席了本次卫星会,并就大Panel在肿瘤精准诊疗中的价值进行了分享。

图1.会议主席、上海交通大学附属胸科医院陆舜教授致辞。

01

科研临床两开花,大Panel助力肿瘤免疫治疗及靶向治疗

免疫治疗针对许多瘤种展示出良好的治疗效果,然而总体有效率仍然只有20%左右,我们需要开展基于准确分子分型的精准免疫治疗以提升总体的临床获益。目前免疫治疗常用的靶点包括PD-L1表达水平、肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)等。其中TMB水平在非小细胞肺癌、黑色素瘤等癌种的多项临床研究中均显示出与总生存期(OR)及无进展生存期(PFS)的显著相关性,但既往的检测方法依赖全外显子测序,检测成本和样本起始量要求都很高,阻碍了其在临床中的应用。那么,临床上更为常用的大Panel能否很好地满足TMB评估的要求?针对这一问题,陆军军医大学新桥医院朱波教授在《基于新生抗原的肺癌精准诊疗》报告中指出,和瑞基因654基因Panel探针可覆盖对应基因全外显子区域,检测区间超过3M,检测结果与WES的一致性高达0.99,能够精准地评估TMB;同时涵盖20个免疫治疗正负向基因,预测效能进一步提升(图2)。

图2. 和瑞基因654基因Panel准确预测TMB。

除上述标志物之外,研究显示肿瘤新生抗原负荷(TNB)也可以很好地预测免疫治疗的疗效,但临床应用层面也存在困难——朱波教授指出,新生抗原对应的突变常为亚克隆,突变丰度极低,断裂位置随机,对检测的灵敏度和DNA扩增的保真性要求很高。经过评估,朱波教授团队选择了和瑞基因的cSMART技术。这一自主研发技术的捕获流程经过特殊优化,分子捕获率高,信号读取灵敏,并且借助创新的单分子条码组(UMG)设计,实现绝对定量,非常适合在血液里含量极低的ctDNA中对新生抗原编码基因进行检测。实验结果显示,基于cSMART的定制探针(ICP)中位检出率为80%,在整个治疗期间,90%的ICP中基因突变被检测至少一次(图3a),检出基因数明显高于另外5个商用Panel(图3b),上述结果以封面文章发表在Advanced Science杂志(IF=15.804)。

图3. a)10名患者定制化Panel的基线和后续ctDNA测序结果,蓝色代表ICP基因被检出,红色代表未检出 b)WES突变谱与ICP (红)、其他商用Panel(蓝)重叠的基因数。

作为肿瘤精准诊疗的另一个利器,靶向治疗的应用范围持续拓展,临床可及的药物不断增加,对于分子检测的要求也逐渐提高,不仅仅要“找得到”,更要“看的全”、“看得准”。特别是针对热点基因的罕见突变,能否精准地检出直接影响着治疗方案的效果。来自南昌大学第二附属医院的刘安文教授在报告中分享了典型案例:利用cSMART技术检测出EGFR基因的罕见突变,用药后脑部转移灶消失,肺部病灶缩小,为患者带来显著生存获益(图4),相关研究刊登于Journal of Thoracic Oncology(IF=12.46)。刘安文教授指出,和瑞基因肿瘤大Panel覆盖了600余个基因的全外显子区域,且测序深度高达15000×,能够有效地检出样本中的低频和罕见突变;与此同时,该Panel由于灵敏度高,可以采用液体活检,在肿瘤动态监测中具有不可替代的优势,临床前景广阔。

图4. cSMART助力罕见突变检出,指导临床决策。

综上,基于cSMART技术的大Panel在临床科研和诊疗中的价值,被越来越多的前沿研究和临床病例所证实。随着新的靶向治疗和免疫治疗策略不断涌现,大Panel的优势将进一步凸显,建立起肿瘤精准诊疗的新标准。

02

DNA+RNA双重检测提升融合基因检出率和准确性

肿瘤融合基因的检测可以指导多种靶向用药,包括FDA及NMPA批准的药物(如克唑替尼、色瑞替尼等)和多个临床试验药物。目前常用的融合基因检测方法包括FISH、IHC、RT-qPCR、NGS等。除NGS外的几种方法在准确性、操作门槛、样本要求等方面存在一定缺点,NGS有望成为更加贴近临床需求的技术选择。上海交通大学附属胸科医院陆舜教授指出,国内外指南及相关研究明确表示,DNA、RNA双水平检测是目前融合基因检测的最优方案,能够很好克服DNA水平单独检测的灵敏度问题,降低检测假阴性,保证检测及用药的精准性。

在此基础上,和瑞基因还独立开发了高灵敏度的SVscan算法,兼容DNA和RNA水平的融合分析。相对于第三方开源软件,检出率提升了26.7%(图5)。据了解,和瑞基因大Panel覆盖了目前所有已知的用药相关融合基因及致瘤性融合基因共42个,在cSMART和SVscan的双重加持下,力争让更多患者获得精准治疗。

图5. 和瑞基因专利算法SVscan相比开源软件大幅提升融合编译检出率。

03

大Panel解锁肿瘤精准诊疗未来

在卫星会上,参会嘉宾围绕大Panel在靶向治疗和免疫治疗的应用展开了热烈的讨论。专家提出,大Panel能够全面地覆盖有临床价值的多种生物标志物,可以为诊疗决策提供多维度的信息,指导精准用药,分析肿瘤遗传风险,实现动态监测,还可以避免免疫治疗中疾病超进展(hyper-progressive disease, HPD)的发生,促进用药安全。另一方面,大Panel拓展了临床研究的方法和视角,推动了新的生物标志物的发现和验证。大Panel已经被纳入越来越多的国际指南和共识,未来几年在肿瘤基因检测领域的份额有望快速提升。

参会专家也指出,大Panel并不仅仅意味着基因数量多,更为重要的是检测和数据分析平台是否足够先进。只有做到高灵敏度和特异性,从最底层的化学反应、分子检测,到生物信息分析、医学解读,每一个环节都精益求精,无懈可击,并且在实际诊疗中得到验证,才能够支撑起一款优秀的肿瘤基因检测产品。以此而论,和瑞基因的654基因Panel无疑值得业内参考借鉴。
肿瘤的发生、发展背后是多层次的复杂生物学过程,再加上不同患者的个体差别、肿瘤不同部位的异质性,使得单一的检测和用药难以满足肿瘤诊疗的需求。尽可能全面掌握患者的肿瘤生物学特征,是攻克肿瘤的必经之路。也让我们共同期待,更多像cSMART这样的优秀技术能够走出实验室,赋能肿瘤精准诊疗,提升我国肿瘤诊治水平。

关于和瑞基因

和瑞基因作为贝瑞基因成员企业创立于2017年,是一家专注肿瘤全病程的基因检测公司,在“一切肿瘤实现早诊早治,所有患者获得精准治疗”的使命引领下,建立了针对肿瘤高危人群和患者的完整基因检测产品服务体系:包括肿瘤遗传易感性分析、早期筛查、靶向与免疫用药检测、疗效监测、预后判断等系列产品。在肿瘤早期筛查诊断领域,启动了包括肝癌、肺癌、妇科肿瘤等一系列早筛早诊临床研究项目;完成了两地(福州、北京)三中心(实验、超算、研发)的布局;致力于为临床肿瘤诊疗和个人健康管理提供更精准的肿瘤基因检测服务,合作和服务网络覆盖全国400多家三甲医院,已为数十万肿瘤患者提供了有价值的肿瘤基因检测服务。

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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