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首个《NGS临床报告解读指引》大纲出炉,行业规范化进程加速

过去几年,肿瘤NGS的临床价值已经得到了充分的论证,中国NGS行业蓬勃发展。但这一领域仍有诸多问题等待回答:中国肿瘤NGS行业的质量如何与临床实践有机结合?如何让这个高速发展的行业更加规范化?

近日,广东省人民医院张绪超教授在2020年CSCO学术年会燃石医学“NGS学院——大道始燃,择序而行”主题卫星会上,发布了《NGS临床报告解读指引》(下称《指引》)大纲,以促进NGS报告解读规范化落地,推动行业有序发展。

01

NGS解读规范成刚需

 

NGS技术的发展和临床应用推动了肿瘤精准治疗。可靶向基因、肿瘤突变负荷、微卫星状态等对肿瘤治疗预测和预后都发挥着重要作用。但相较传统检测技术,NGS技术复杂性较高,NGS报告信息庞杂,目前国内缺乏NGS报告统一规范和标准,临床数据解读面临诸多挑战。

2019年CSCO肿瘤生物标志物委员会携手燃石医学发布的首个《中国NGS在临床肿瘤学实践中的调研报告》指出,目前NGS已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具,大于30%的临床医生平均每月NGS检测量超过5个,但中国超90%临床医生需要NGS报告解读支持。

在此背景下,张绪超教授表示,希望通过《指引》梳理NGS报告解读逻辑,提升临床专家NGS报告解读能力,帮助临床快速抓取关键信息,为患者带来真实的临床获益,同时尽可能地避免过度解读对临床导致的潜在影响。

张绪超教授指出,面对纷繁复杂的NGS报告,首先要能够正确理解报告的逻辑结构,抓住关键信息综合分析。《指引》从体细胞变异注释及临床解读、胚系突变分级注释、NGS可报告的基因组标签,以及可报告范围和质量控制5个关键点切入,全面梳理了NGS报告的核心解读逻辑。

02

体细胞变异注释及临床解读

 

1. 基于证据的分级解读逻辑 

如何解读一个基因突变对应多个用药指导的状况?《指引》广泛参照国内外重要指南共识(AMP/ASCO/CAP指南、 ESMO ESCAT量表, 以及OncoKB知识库证据等),按照临床重要性将突变分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四个等级。在临床实践中,I类变异和II类变异均被广泛使用,尤其是Ⅰ类变异,是临床最关注的变异类型。

此外,《指引》将变异位点对应药物敏感性进行A、B、C、D证据分级,其中,A1、A2级是临床实践中的关键参照指标,B、C、D级在临床中可以进行适度使用。

2. 全阴报告解读

在临床实践中,针对全阴报告,首先需要区分是技术问题还是生物材料问题。若报告存在Panel选择不合适、肿瘤DNA含量过低、变异丰度低的情况,则存在技术问题;若报告存在DNA降解、组织肿瘤细胞占比过低等问题,则为生物材料问题,需要重新提取样本;

3. 核心报告解读

在核心报告解读中,临床医生应该重点关注NCCN指南或者CSCO指南对应靶点的体细胞突变和拷贝数解读突变解读的关键在于突变类型、以及各类突变的丰度(VAF值)的解读。 

突变丰度能有效反应组织中分子变异的浓度,与临床药效存在潜在联系,具有重要临床意义。此外,对于不同突变点或是不同基因,在丰度值一定的情况下,可以通过抽屉原理推断其是否存在同一肿瘤细胞中,对临床耐药性解读或联合用药具有重要的指导意义。

张绪超教授通过流程图,分别讲解了如何充分进行单个变异和多个变异的解读。同时,通过举例分析了临床中应重点关注的变异类型。他表示,初诊和靶向治疗的耐药是两个关键时间点。初诊应重点关注驱动变异,耐药重点关注复合变异。

参照国内外指南, EGFR19外显子缺失,EML4-ALK的融合变异,MET高拷贝数的基因扩增,以及KRAS基因亚型等都是单基因的热点变异,对临床具有重要的指导价值。

而单基因多位点变异会对临床决策产生影响,在解读中同样需要重点关注。如EGFRL858R二次突变、T790M三次突变、C797s的变异,这三者如果同步存在或者是具有空间上的一致性,临床医生需要考虑如一代药物和二代药物是不是能同时使用,是不是采用新一代的药物结合胞外抗体。此外,单个疾病里的重要位点解读也很重要,如果易癌基因TP53有两个以上的变异位点,临床意义大于单个变异位点。

在多基因变异的解读中,如果EGFR靶向药物治疗后耐药的病人出现EGFR的突变和MET的扩增的同步存在的情况,临床需要关注是否联合TKI治疗克服耐药的问题。随着三代药物的在临床应用越来越多,一些罕见但非常重要的驱动基因的复合变异,如EGFR突变和其他基因(如RETMET等)的重排,甚至是EGFRHER2E16外显子的缺失突变,都值得临床医生重视。

03

胚系突变分级注释

 

参照美国医学遗传学会(ACMG)推荐的胚系突变解读流程,《指引》将胚系变异划分为1-5个级别。4级(可能致病)与5级(致病)胚系变异非常重要,具有相应临床指导价值。

04

NGS可报告的基因组标签 

近年来,免疫治疗发展迅速。MSI/dMMR和TMB是美国FDA批准的肿瘤免疫治疗泛癌种伴随诊断标志物,在临床中具有预测免疫治疗疗效的作用。因此,《指引》提示临床医生在报告解读中应重点关注这两个指标。 

  • TMB的解读:首先检测的panel大于1Mb以上,其次需要经过验证的生信算法,不同产品、不同算法的界值(cut-off)不能简单比对;第三,要根据肿瘤的占比进行分析;
  • MSI的解读:MSI在不同的瘤种当中的意义不同,需要结合微卫星位点的选择、经验证的MSI算法以及样本肿瘤占比三方面综合评估。

05

可报告范围及质量控制

一份报告的结果是否真实可信、能否回答医生最关心的问题,非常依赖可报告范围和质控这两个 “附加信息”。

在肿瘤基因检测中,样本的全流程质控非常重要,质控结果不合格的报告,无法谈及结果的可信。因此,当医生拿到一份NGS临检报告时,需要关注主要质控参数、可报告范围、检测方法及其局限性等内容。

燃石医学报告样例

张绪超教授最后指出,除了抓住关键信息外,医生需要结合患者的基本临床信息以及既往的临床的诊疗综合情况来判断,并给予临床的决策指导,才能将NGS报告的应用价值最大化。

《NGS临床报告解读指引》是我国首个在肿瘤临床领域的NGS报告解读指引。《指引》为临床医生阅读纷繁复杂的NGS报告提供理论依据,协助肿瘤医生更准确地制定治疗方案,有效帮助患者更好地从精准医疗中获益。同时,《指引》也为NGS行业规范化运营和管理提供了重要依据,有利于推进基因检测行业的健康有序发展。

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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