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如何自动化、标准化捕获测序文库制备?Biomek方案实现速度与通量的飞跃

目标区域捕获测序技术,是根据已知特定基因组区域序列设计寡核苷酸探针,通过杂交将目标区域捕获富集进行二代测序。其针对目标区域深度测序,增加了检查灵敏度和准确性。既满足研究需求,又降低测序成本,在科研、临床中均备受关注。

液体处理专家贝克曼库尔特推出的Biomek自动化捕获测序方案,可帮助实现自动化、标准化的捕获测序。由自动化工作站进行基因捕获,可以减少手工操作时间,提高工作效率,增加结果的重复性和均一性。Biomek工作站可实现从核酸提取,文库构建,定量混样到捕获的整体实验流程。

图1. 捕获测序文库构建自动化流程。

由Biomek成功自动化的杂交捕获试剂盒

  • Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent
  • Agilent SureSelect XT®
  • Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input
  • Illumina Nextera® Rapid Capture
  • Illumina TruSeq® Exome
  • Illumina TruSeq® Rapid Exome
  • Illumina TruSight® Cancer
  • Illumina TruSight® Tumor 15
  • Illumina TruSight® Tumor 170
  • IDT xGen® Exome Research Panel
  • NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel
  • Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGS
Biomek自动化捕获测序数据展示

图2. IDT xGen® Exome Research Panel试剂盒捕获测序文库制备。上图: 片段分析,其中主峰1和2为杂交捕获后cfDNA目标片段峰;下图:Qubit Fluorometric Quantification核酸定量结果。

图3. IDT xGen® 杂交捕获试剂盒历史手工数据vs. Biomek i7自动化工作站完成数据。A. 平均中靶率,B. 重复率,C. 覆盖度,D. GC偏移。

Biomek向导式软件操作界面

在软件操作界面上,用户可以选择样本数量,是否使用台面整合的PCR仪,以及运行工作流程的哪个部分。此外,具备台面自动校对功能,当操作人员完成耗材摆放后,工作站可根据摄像头拍摄,自动判定耗材摆放是否正确,对错误摆放位置进行提示。避免由于人为摆放耗材错误,导致设备碰撞或试剂、时间损失。

图4. 向导式软件操作,IDT xGen® 杂交捕获试剂盒方法选择界面。

Biomek自动化捕获测序——实现速度与通量的飞跃

图5. 完成 24/48/96个样本的自动化IDT xGen®杂交捕获测序文库制备预估耗时。

进入链接填写问卷,下载捕获测序文库构建自动化方案

https://beckmancoulter.wjx.cn/jq/92087762.aspx

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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