资料显示,该单细胞数据集一旦完成,将为生物学多个领域带来关键的新数据和解决方案,例如绘制不同细胞类型和组织的遗传扰动。CZI表示,目前和未来对十亿细胞项目做出的努力将提供比过去更好的数据规模和一致性,使研究人员能够更好地训练AI模型,并在精准医学和功能基因组学方面实现变革性的发现。
CZI正在与单细胞领域的专家和创新生命科学技术的开发人员合作。该合作伙伴关系优先考虑跨不同生物领域的数据生成,初始数据集来自不同生物体,例如小鼠、斑马鱼和原代人类细胞模型。这些数据将为研究人员提供即时的见解,包括基因调控和跨生物体的功能,以及与疾病研究直接相关的见解。
据悉,十亿细胞项目产生的数据将用于训练使用CZI计算系统的虚拟细胞模型,以获得对庞大数据集的更深入了解。同时,CZI计划将该项目的结果开源并免费提供,以帮助世界各地的科学家对人类生物学进行新的发现。
此次合作将使用10x Genomics的Chromium GEM-X技术进行单细胞分析。GEM-X技术于2024年推出,升级基于Chromium X系列仪器,并不涉及到硬件设备。该升级包括两个方面,Chromium GEM-X单细胞基因表达v4和Chromium GEM-X单细胞免疫分析v3。据介绍,GEM-X技术的细胞捕获率高达80%,通量提高了2倍,多细胞比例减半,可提供卓越的灵敏度、数据质量和细胞回收率,稳定性提高,并实现了更大规模和更低成本的单细胞分析。
来源:10x Genomics官网
此外,该项目的测序任务将在Ultima Genomics开发的超高通量NGS平台UG 100上进行。一年前,Ultima Genomics宣布UG 100全面上市,该平台基于硅晶片的独特测序架构,取代了传统的流通槽,可实现高通量和超低成本测序。资料显示,一个晶片和配套试剂的价格为2000美元,可以读取6-8 B reads,预期平均读长为300bp,即每个晶片数据输出高达2.4Tb。这使得每Gb价格为1美元的100美元基因组测序成为可能。不久前,UG 100被英国生物样本库选为测序平台,进行迄今为止最大、最全面的蛋白质组学研究。
来源:Ultima Genomics官网
参考资料:
1.https://chanzuckerberg.com/newsroom/billion-cells-project-launches-advance-ai-biology/
2.https://www.insideprecisionmedicine.com/category/topics/precision-medicine/?_ga=2.42639333.1173369383.1739284766-878096776.1721121866
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