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遥遥领先!Well-Paired-Seq单细胞测序解决方案助力自动细胞清洗和背景降噪

白云白云 资讯 2023-09-21
单细胞测序技术解决了细胞异质性问题,极大的提升我们对生命系统认知的分辨率,已经成为生命科学研究的常规手段。特别是在肿瘤和疾病领域,单细胞提供了对各种疾病机制的全新见解,为靶点发现、鉴定以及Biomarker改进提供了全新助力。回顾单细胞测序技术的发展历史,细胞通量不断提升,单个细胞成本快速降低,特别是在过去5年,发展出基于微液滴和微孔板技术为代表的商业化单细胞平台,一次可以在单个样本中实现上万个细胞捕获。

虽然现有的商业化平台具备高通量单细胞捕获能力和基因检测效率的提升,但在单细胞解离和捕获过程中,依然存在细胞杂质、碎片、细胞团以及游离RNA污染混入其中,给单细胞数据带来背景噪音的干扰,不同程度上影响到数据质量,甚至影响到结果的准确性和可靠性。

 
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Well-Paired-Seq单细胞测序系统

Well-Paired-Seq单细胞测序系统

德运康瑞自主创新开发的Well-Paired-Seq系统提供了从DECODER自动化单细胞文库构建仪器、捕获芯片、建库试剂和生信工具全流程单细胞测序解决方案。通过仪器可以自动化实现细胞捕获、细胞清洗、微球配对捕获,细胞裂解和RNA捕获以及微球回收等实验环节。重量只有8kg,方便搬运及外出携带使用;单张芯片可完成1万个细胞捕获;细胞捕获效率达到60%;更重要的是该系统集成了细胞清洗功能,数据背景噪音大大降低,还原细胞“真实”基因表达状态。

Decoder仪器可一键自动化实现芯片上细胞捕获、细胞清洗、微球配对、mRNA捕获以及微球回收等实验操作,20分钟完成运行,13个小时即可完成从单细胞解离样本前处理、上机捕获、反转录、扩增到文库构建整个实验流程,并且实验流程所用的芯片和试剂均有配套试剂盒。
以下视频来源于
 

点击图片观看视频

Well-Paired-seq单细胞捕获核心原理

试剂组分

DynamicEX软件

Well-Paired-Seq单细胞测序整体解决方案提供一站式基础数据分析、图形展示和数据探索生信软件和工具。通过DynamicEX软件进行数据拆分、mapping和各项指标统计分析,并且生成基因表达矩阵;后续的降维聚类和差异分析无缝衔接常用的第三方软件(Seurat/Monocle)并可进行个性化分析和数据挖掘。

软件下载链接和安装教程:

https://github.com/DynamicBiosystems/DynamicEX

CellFocus单细胞数据可视化软件

Well-Paired-Seq单细胞数据可视化可以通过CellFocus软件实现交互式细胞分群结果展示、辅助人工注释、差异基因展示、基因和基因集评分的展示,并具备图片和表格导出功能,方便用户零代码基础也可以进行个性化数据探索和人工细胞注释。软件免安装,解压压缩包即可使用。

软件下载链接和安装教程:https://github.com/DynamicBiosystems/CellFocus

CellFocus使用页面展示

数据展示

上述细胞注释均为自动注释结果

总 结

Well-Paired-Seq单细胞测序解决方案是德运康瑞在微孔板技术基础上巧妙设计了双孔嵌套式芯片,实现了背景清洗和降噪功能,细胞分群效果更佳;我们提供自动化DECODER仪器、商品化试剂盒和生信分析工具,细胞捕获效率提高到60%,细胞捕获量达到1万+,在PBMC以及多种实体组织样本中均有优异领先的基因检出性能,目前已成功测试上百种样本类型,细胞捕获数量和基因检测技术性能稳定性优异,对于脆弱细胞类型如中性粒细胞捕获都有明显的捕获优势。

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本文由 SEQ.CN 作者:白云 发表,转载请注明来源!

关键词:Well-Paired-Seq单细胞测序解决方案, 德运康瑞
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