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华大智造基因测序仪助力我国发现首例境外变种新冠毒株

近日,中国疾控中心周刊(China CDC Weekly)在最新一期刊登的文章中称,2020年12月14日,我国海关实验室监测到一名坐飞机从境外返回的23岁女性新冠感染者,通过检测发现,该病例感染了新变种的新冠毒株。

值得一提的是,此次助力发现我国首例境外变种新冠毒株的测序平台是华大智造自主研发的一款小巧灵活、性能强劲的高通量测序仪——MGISEQ-200。

中国疾控中心周刊

根据近日多方披露的研究数据,从境外开始流行的这种新病毒株的传播能力预计比普通病毒株至少要高出50%。尽管目前尚无证据表明这种新的病毒株更加致命或者会引起更严重的疾病,但其仍被认为是对中国预控新冠疫情构成巨大的潜在威胁。

据了解,中国疾控对所有病毒株都有系统监测,在检测到第一株VOC毒株后就已上报,并在中国疾控官方杂志China CDC Weekly(中国疾控周报)中向全球发布。据披露,疾控中心对该患者的核酸样本以多重PCR方案建库,并使用华大智造高通量测序平台MGISEQ-200对病毒核酸文库进行深度测序。

通过对MGISEQ-200的测序数据进行生信分析,研究人员发现,该毒株与11月份监测到的毒株不同,显示32个核苷酸变异位点,通过进一步对比发现,该患者感染的毒株基因序列中包含了10月下旬开始在境外流行的VUI202012/01新病毒株中所有的28个变异点位,其中包括刺突蛋白中的3个氨基酸缺失和7个氨基酸突变。

基于MGISEQ-200的测序数据和流行病学调查结果,国家疾控将此境外输入性病例定义为中国监测到的首例英国变种VUI202012/01病毒株,并加强了对患者密切接触的调查和对相关场所的消杀。

基于MGISEQ-200测序数据组装的COVID-19全基因组序列系统进化树。境外变异毒株种系VUI-202012/01变体以深绿色突出显示,上海首次检测到的VUI-202012/01变体以红点表示

新冠病毒的不断变异是当前全球面对的一大挑战,华大智造自主研发的高通量测序仪以其高深度、高精度的特性,可以对病原全基因组序列进行深度测序,找到病毒突变位点,辨明病毒身份,从而找到病毒来源。

华大智造MGISEQ-200是一款小巧灵活且性能强劲的高通量测序仪,它可以完美适配病原检测、组装以及溯源等应用,满足对疾病精准防控的需求。此外,该测序平台现已推出全新配置,支持更多极端文库测序,大幅提升测序速度。

目前,MGISEQ-200已入驻全球多个国家海关实验室、疾病预防控制中心,为疫情一线提供了关键性支持。

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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