科研

新品上市!BD公司携30种抗体组合助力单细胞多组学研究

扎根于细胞生物学领域40余年,BD公司在流式和抗体领域占据着主导地位。作为目前单细胞研究最常用的技术之一,BD公司2018年推出的Rhapsody™单细胞分析平台克服了传统检测的局限性,能够对上万个单细胞的数千个表达基因同时进行定量检测,鉴定和表征新型和罕见细胞类型,有助于理解从免疫学到肿瘤学等多个领域的生物学过程。

在此基础上,BD充分发挥自身在抗体领域的优势,不断开发适用于免疫研究领域的单细胞蛋白组学分析产品。目前为止,已推出近500种AbSeq抗体(基于Rhapsody™单细胞平台的单个抗体),客户可根据研究需求选择合适的抗体类型及数量。然而,如何选择抗体,选择哪些抗体,往往需要研究者通过大量的文献查询、资料搜索进行确定,而后续针对数十个抗体的订购及实验操作也将是一项复杂且具有挑战的工作。

为了有效减轻这些冗繁的环节,近日,BD公司重磅推出AbSeq Immune Discovery Panel (IDP) 抗体组合,这款基于人主要特异性免疫标志物的抗体组合,能够在单细胞水平上,一次检测多达30个细胞表面蛋白,涵盖了人体大多数的免疫细胞群体;同时,该产品用于BD Rhapsody™单细胞分析平台,不仅可以用来分析单个细胞的表面蛋白,而且还可以和转录组同时进行检测,实现多组学综合分析的目的,在最大限度上简化实验流程,助力科研进展

操作便捷 — 解放研究人员的双手

BD IDP:从30到1的便捷与高效。 小小一个试管即包含了针对人类主要免疫标记蛋白的30种不同的特异性抗体,可支持5次实验。不再需要针对数十个抗体一一进行操作,IDP冻干粉,只需要依据说明书进行溶解制备后,即可加入样本进行孵育。使用非常便捷,不仅缩短了实验时间和流程,且能有效地避免繁多操作带来的实验失误等

图1. IDP包含的30种抗体详情

性能优越 — 保证实验结果的可靠

IDP能够在一次实验中检测多达30种表面蛋白的表达及丰度,为实验人员提供高度便捷的同时,其实验结果的可靠性仍然是最令人关心的问题。为此,BD公司研发工程师对IDP各抗体的特异性表达进行了充分验证,并对IDP与相应的30种单个BD™ AbSeq抗体的实验结果进行了比较。

IDP包含的30种抗体的特异性得到了验证,如下图所示,每个抗体所标记的表面蛋白与对应的免疫细胞分型是高度匹配的

图2. IDP包含的30种抗体的特异性分析

通过分析发现,IDP能够和30种单个BDAbSeq抗体(新鲜配制混合)产生的数据相媲美,两者的一致性非常高,相关性高达0.984,进一步说明IDP的可靠性。

图3. IDP性能的检测流程

图4. IDP与单个抗体混合标记的性能高度一致

灵活度高 — 便于探索更多科学问题

包含30种抗体的IDP力求能够覆盖大部分的免疫细胞研究需求,然而科学研究的复杂性,使得科研人员们在很多情况下需要在这30种抗体的基础上进行扩充,那么这种情况下是否还能使用IDP呢?

答案是肯定的,这主要得益于IDP高灵活性的特点,即30种细胞表面蛋白的检测是基础,在此基础上我们可以根据所研究的科学问题添加更多的抗体组合。同时,额外抗体的添加并不影响IDP的高性能特征。如下图结果,在额外添加了3种单个抗体之后,前后分析结果在细胞聚类分布中几乎是一致的,平均每个基因中检测到的分子数也是几乎一致的(R = 0.996)。

图5. 额外添加抗体对IDP性能影响的检测方案

图6. 额外添加抗体对IDP性能无影响

兼容性好 — 助力多组学数据的分析

当下,单细胞转录组研究如火如荼,也成为高分文章的必备神器之一。单细胞相关研究在解析细胞异质性及鉴定发现新型细胞亚群方面具有独特的优势,也已经成功应用于生物医学的研究中。

但在单细胞转录组数据分析过程中,我们常常遇到一个难题,即RNA的表达和蛋白层面的检测往往不一致,这使得我们在鉴别细胞亚群或进行细胞机制研究时存在很多不确定环节。如果能够同时获得细胞的蛋白表达,将蛋白表达数据和转录组数据相结合进行多组学分析,就能够使单细胞表达解析更完整,研究结果更全面。

实验数据表明,在保证不影响任何性能的前提下,IDP与BD Rhapsody RNA检测试剂盒能够实现无缝对接

图7. IDP可与转录组测序数据一致性分析

同时,单细胞转录组结合蛋白组表达信息,使得细胞聚类分群效果得到明显优化

图8. IDP信息改善了单纯基于转录组测序数据的分群

与此同时,在单个实验中对多个样本进行多组学分析可以降低实验成本,最重要的是避免了不同实验之间的批次效应(如肿瘤研究中的肿瘤组织、癌旁组织、健康组织在同一次实验中进行分析对比,将更利于避免批次效应对结果带来的影响)。BD Rhapsody™单细胞平台即可实现 转录组+蛋白组(IDP/AbSeq)+多样本检测在同一次实验中进行,真正高效、可靠地助力单细胞多组学研究。

结语

流式方法进行蛋白组学分析已经成为基础研究和临床诊断中最常用的技术之一,而随着单细胞技术的不断发展,蛋白组学结合基因表达在单细胞层面的研究将极有可能成为下一个推动生命科学及转化医学进程的契机。BD公司在 Rhapsody™ 单细胞平台转录组的基础上,利用自身抗体优势,推出IDP试剂盒,旨在帮助科研人员快速步入单细胞多组学研究领域,有力推进免疫、肿瘤等科学研究领域的高速发展。同时,BD公司秉承持续创新的精神,也将在单细胞平台上继续开发更多的AbSeq抗体组合,希望能够最大限度助力科学研究,为科研工作者提供更便捷高效的产品及服务。

关于BD

BD是一家全球化的医疗技术公司,通过改善医学发现方法、医疗诊断效果和护理质量以引领世界健康。BD关注并支持每位一线医务工作者,致力于通过研发创新技术、服务和解决方案,帮助患者改善临床治疗,并帮助医护人员改进临床流程。BD及其65,000名全球员工秉承高度的热情和信念,为临床医护人员提供安全、高效的护理给药流程,协助实验室科学家们更有效地诊断疾病,并提升科研人员研发新一代诊断及治疗疾病的能力。BD在几乎所有国家均设有分支机构,与全球范围内的组织机构积极合作,携手应对最具挑战的全球健康问题。通过与客户的紧密协作,BD以改善治疗结果,降低医疗成本,提升诊断效率为己任,帮助加强患者和医护人员的安全并扩大医疗可及性。2017年,BD欢迎巴德及其产品加入BD大家庭。

更多信息,敬请访问http://www.bd.com/china

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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