文章发布在medRxiv上
罕见病是医疗领域“人类认识疾病的终极挑战”。目前,采用全外显子组测序或全基因组测序对单基因遗传病的诊断率仅为26%-40%,仍有大部分病例亟待解决。利用全外显子组测序无法检测大多数结构变异,无法生成染色体图谱,遗漏掉捕获效率低的外显子区域的变异,几乎不能检测重复区域,将非外显子区域的变异排除在外。相比之下,全基因组测序能提高9%的诊断率,但是依旧无法检测大多数结构变异(尤其是重复、倒位和易位),无法生成染色体图谱,也不能分相。
该研究入组了50例病例,其中42例先前通过一线诊断方法染色体芯片(CMA)进行分析,23例先前通过父母三人核心家系的全外显子测序进行分析。这些方法均未在病例中发现致病性或可能的致病性变异。
研究团队利用Bionano光学图谱进行了检测,并明确诊断出6名患者(占12%),另外10名患者(占20%)的光学图谱数据也提示了候选的致病性变异。经过进一步分析,研究人员预计还将有3名患者通过Bionano数据得以诊断,最终确诊的患者总数将达到9名(占18%)。此外,在另外7名被认为是致病性变异候选者的患者中,研究发现了包括缺失、重复和倒位变异。这些变异尚未在类似疾病的患者中报告过,因此还需要进一步的分析确认。
非编码区结构变异
该病例为未满18岁的女性,颅缝早闭和并指。研究团队利用Bionano光学图谱检测出一个罕见的32 Kbp杂合重复,该重复为新发变异,影响了NHEJ1基因。此前,该变异未被染色体芯片和WGS检测到。
来源:medRxiv
基因重排
该病例为未满18岁的男性,曾患有神经母细胞瘤,并且发育迟缓,染色体芯片和WES结果均为阴性。研究团队利用Bionano光学图谱检测出先症者1号和9号染色体间发生易位,受影响的AGBL4 因与神经母细胞瘤、自闭症和发育迟缓有关。
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缺 失
来源:medRxiv
【文章链接】:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.22.20216531v1
本文由 SEQ.CN 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!