罗氏诊断

用罗氏探针做靶向测序是什么体验?| “外显子测序答题挑战赛”正式启动!

为进一步探索外显子测序发展及未被开发应用,罗氏诊断联合测序中国共同举办的“探秘WES,践行前沿——罗氏诊断外显子测序系列活动”于2020年7月17日正式开启。系列活动共分四阶段展开,第一阶段活动“外显子测序答题挑战赛”今日正式启动,欢迎对外显子测序感兴趣的小伙伴积极参与答题,可赢取丰厚奖品呦!

敲黑板!!!划重点!!!

本系列活动的打卡环节也正式开启啦,集齐活动各阶段的徽章,即可参与赢取终极大奖。(每阶段每人可打卡一次)

快去文末的小程序打卡吧!

随着高通量测序技术的大规模普及,靶向测序在肿瘤、遗传病、复杂疾病等领域巨大的应用潜能也愈发凸显。相比于全基因组测序,靶向测序更为聚焦,可以在更低的成本下更加深入地研究目标基因组区域,被越来越广泛地应用在临床科研之中。

作为研究者,自然希望靶向测序能够兼具灵敏度与特异性,准确鉴定出基因组的各类变异;希望它操作简便,重现性好,同时价格低廉;希望能迅速拿到结果,不耽误实验进度……幸运的是,得益于测序技术的快速发展,研究人员有很多选择,而罗氏今年全新升级的靶向测序产品——鉴于其一贯的优秀表现——不应该被轻易忽视。接下来我们将从全外显子测序、探针设计和探针定制三个方向了解罗氏靶向测序产品的特性和测试数据。这一系列产品在基因组研究中有着怎样的应用前景,相信大家会有自己的判断。

全外显子探针HyperExome

KAPA HyperExome广泛覆盖RefSeq、CCDS、Ensembl、GENCODE和ClinVar数据库,满足大多数研究需求,同时捕获区域只有43Mb,比较节省数据量,同样的预算可以多测一些样本或增加深度,性价比高。该探针由KAPA HiFi DNA聚合酶合成,序列保真度高,捕获效率更有保障。

性能方面,除了追求高灵敏度和高特异性以外,KAPA HyperExome兼具高捕获效率和高均一性,在相同的深度下实现更高的目标区域覆盖度,并能更好地覆盖医学研究相关数据库。SNP检测的灵敏度98.7%、特异性99.7%*(数据来源于罗氏)。此外,我们更需要关注均一性(Uniformity)指标。高均一性带来的好处是,不需要额外增加测序数据量来弥补那些深度不够的区域,更节省测序费用。另外值得一提的是,KAPA HyperExome并没有选择性跳过基因组高GC、高重复区域,一味追求数据好看,而是完整并且均匀地覆盖了目标数据库位点,并通过其专有算法使得在GC含量25%-70%范围内,表现出低GC偏好性。此外,该外显子设计中还包含有387个SNP位点作为“内置标签”,让样本跟踪更加方便,避免混淆及污染。

探针设计HyperDesign

HyperDesign是罗氏推出的在线探针设计工具,支持“用户自主设计”和“专家辅助设计”两种方式。从操作上看,HyperDesign对用户比较友好,支持上传基因名称和bed文件,手动输入基因座标,或从常用基因名列表中进行选择。每个步骤都有使用提示,步骤之间切换也不会导致数据丢失,整体而言称得上一款功能强大、容易上手的探针设计工具。仅需五步,轻松实现定制设计。

图1. HyperDesign探针设计登录界面

图2. HyperDesign探针设计界面

从设计结果上看,在罗氏经典的探针设计算法的加持下,探针设计的质量得到了较好的保证,设计结果无须反复优化,且能够覆盖到基因组的复杂区域,总体的覆盖度和均一性较高。

探针定制KAPA HyperChoice & KAPA HyperExplore

当全外显子组不能满足实验需求时,定制探针就成了我们需要倚靠的帮手。对于定制探针来说,目标区域的覆盖度和深度尤其重要,前者直接关系到关键位点的突变会不会被遗漏,后者则决定着在测序实验中能否准确、有效地检出低频突变。KAPA HyperChoice探针(支持高达200Mb的人类基因组区域定制)和KAPA HyperExplore探针(支持高达200Mb的非人类基因组或复杂区域的定制)依托罗氏设计算法和探针合成工艺,在捕获效率、覆盖度、均一性等方面延续了该系列产品的优良表现。测试结果显示,根据SeqCap Neurodegenerative设计的KAPA HyperChoice探针100X碱基达98.3%,覆盖度处于中位覆盖度0.5-2倍之间的碱基占95.1%,均超出了SeqCap EZ Prime探针(图3)。

图3. 未经优化的KAPA靶向富集探针,性能已然优于SeqCap EZ Prime探针。对比试验中,两种方法均依照各自的标准HyperCap Workflow操作指南,样本使用coriell DNA。每个捕获反应混合8个DNA文库,并根据panel大小在MiSeq系统上以2 x 100 bp测序。为了同等比较两种不同技术的性能,HyperChoice Panel根据SeqCap EZ Neurodegenerative进行设计,但并没有像SeqCap EZ panel那样经过优化。结果表明,KAPA HyperChoice探针以更高的均一性和更好的目标区域覆盖度超出SeqCap EZ版本探针。

不管是98基因,捕获区域335Kb的小panel,还是4100基因,捕获区域达12.3Mb的大panel,KAPA HyperChoice都能达到较高的均一性,高覆盖和极低的PCR重复率(图4),这些结果无疑让我们对KAPA HyperChoice及KAPA HyperExplore在基因组研究中的应用前景有了更多信心。

表1. 两个KAPA HyperChoice 定制设计结果

   结 语

除了上面提到的种种特性之外,罗氏靶向测序产品还有许多隐藏的“技能点”等待我们解锁,如NGS一体化工作流程HyperCap Workflow v3.0等等。产品测试数据在捕获效率、复杂区域的覆盖、均一性、PCR重复率等核心指标上的良好表现,让我们在开展靶向测序实验时多了一个值得认真考量的选择。用罗氏探针做靶向测序是什么体验?恐怕只有自己试过才有答案。正如产品口号“Enrich Discovery”所言,产品不断更新迭代,技术的边界在不停延伸,最终必将帮助我们探索更多生命的奥秘。

“外显子测序答题挑战赛”正式启动!

2020年8月26日,由罗氏诊断联合测序中国举办的“外显子测序答题挑战赛”正式开启!本次比赛针对外显子测序技术原理、实际应用和罗氏产品信息等内容,设置了多个题目,帮助大家提高对外显子测序的理解,以及对罗氏外显子测序产品的认识。

根据参赛者的答题分数进行最终评选,优胜者将获得丰厚的奖品呦!

活动时间:2020年8月26日~9月12日活动对象:所有对外显子测序感兴趣的小伙伴

活动方式:线上答题,线上评选

参与方式

扫描下方二维码,即可参与答题。

获奖规则

1.参赛者扫描上方二维码,填写姓名、联系方式参与答题,并以此作为领奖凭证,请务必如实、准确填写个人信息。

2.本次答题挑战赛共设置12道题目(多选题每题10分,共7道,单选题每题6分,共5道),总分100分,答对得分,答错不得分,得分越高奖品越丰厚。

提示:挑战赛题目将围绕罗氏诊断外显子测序新品设置,参赛者可参考上方文章内容进行答题。

3.每个手机号仅能参与一次,多次答题无效。

奖项设置

一等奖10名
排名1-10位  京东购物卡一张(200元面额)
二等奖50名
排名11-60位  遮阳伞一把  
三等奖80名
排名61-140位  手持风扇一个
参与奖100名
排名141-240位  一拖三手机数据线一条
注:如出现多位参赛者成绩相同情况,规定按照参赛者完成答题时间先后顺序进行排名,较先完成答题者胜出。

奖品领取

活动截止时间为2020年9月12日18:00,活动截止后3个工作日内工作人员会短信通知所有参赛者中奖结果,并根据中奖者提交的个人信息进行奖品邮寄(本次活动所有奖品由测序中国赞助)。

* 活动最终解释权归测序中国及罗氏诊断所有。

用户进入“探基学堂”微信小程序可进行第一阶段的活动打卡获取徽章,集齐所有活动徽章,即可参与赢取终极大奖。
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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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