资讯

首页 - 全部文章 - 资讯 - 干货满满!生物信息培训班即将登陆南京,为期五天培训日程先睹为快

干货满满!生物信息培训班即将登陆南京,为期五天培训日程先睹为快

随着新一代测序技术的发展,生物信息在生物学研究中发挥了越来越重要的作用,成为生物学研究中不可或缺的工具,在科学研究,农业育种,临床医学中发挥了越来越重要的作用。随着测序行业的快速发展,数据累积越来越快,掌握生物信息技能将在生物学研究中发挥巨大的优势。

日前,青岛同源基因科技有限责任公司将于南京举办为期5天的培训课程,通过系统学习,帮助从业者深入理解测序原理及其在科研中的应用,熟练掌握Linux操作以及常用生物软件的使用,并能独立完成基因组分析、重测序分析、RNA-seq分析以及常见科学文献绘图等。培训之后,通过继续使用服务器,巩固生物信息分析技能。

课程特色    

1. 五天时间,包含丰富学习内容;

2. 课程包含Linux、基因组分析、重测序分析、RNAseq分析、R语言等生物信息常用技能;

3. 以完整项目为案例,通过亲自上手操作,快速掌握技能;

4. 赠送9套500多集生物信息视频教程,可继续巩固学习;

5. 半年生物云服务器(32线程,256G,24T)使用权限,可分析自己数据;

6. 课程内容讲义一份;

7. QQ交流群,可进行后续答疑;

主讲老师    

王通:曾任职于华大基因,8年以上生物信息分析经验,擅长基因组,转录组,宏基因组,肿瘤基因组等数据分析。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业,致力于生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者,已制作视频500集以上。首创视频+云服务器培训模式,目前已在北京、深圳、哈尔滨、杭州、武汉、长春、青岛等组织过多场培训班,线上线下累计学员超过4000多名。

报名须知    

时间:11月28~12月2日(五天) 8:30~17:00

上课地址:中国 · 南京

注意事项

培训费用:5000元

付款方式:银行对公转账

户      名:青岛同源基因科技有限责任公司

开户银行:中国建设银行青岛高新区支行

账户:37101006101052502221

备注:

1. 有关现场刷卡或扫码支付、会议通知等请联系工作人员。

2. 联系方式:13424439895

    课程安排

第一周
日期 主题 课程安排
第一天

上午

基因组Denovo分析 生物信息学简介

实践一:登录服务器

SSH登录服务器

服务器上传下载数据

Linux基本命令

实践二:数据质控

测序原理

fastq文件格式介绍

数据质控fastqc

实践三:编写脚本

vim文件编辑

进程管理

管道

重定向

第一天

下午

基因组Denovo分析 实践四:数据过滤

利用fastp软件过滤数据

实践五:序列处理

文本筛选grep

高级命令sed

高级命令awk

seqtk工具

实践六:序列拼接

kmer估计基因组大小

pairend reads连接

基因组序列拼接

三代测序拼接

拼接结果评估

GC-depth图

如何改善拼接结果

 

第二天

上午

测序原理及数据质控 实践七:基因组分析

基因预测

ncRNA分析

重复序列分析

基因功能注释和功能分类

其他基因组分析

在线分析

实践八:构建系统发育树

批量下载序列

多序列比对

利用mega构建系统发育树

iTOl美化系统发育树

 

第二天

下午

常见基因组分析 实践九:基因组比较

全局比对

局部比对

寻找共有基因

实践十:其他

生物软件下载

编译安装软件

bioconda安装软件

参考基因组下载

生物数据库下载

Aspera高速下载

 

第二周
日期 主题 课程安排
第一天

上午

重测序分析 重测序简介

变异检测基本原理

GWAS、WGS、WES、RAD、GBS、BSA

实践十一:短序列比对

bwa比对

sam格式介绍

samtools处理sam格式文件

实践十二:SNP检测

利用freebayes找SNP

vcf格式介绍

 

第一天

下午

基因组变异检测 bcftools处理vcf文件

过滤SNP结果

实践十三:人全基因组分析

利用gatk找SNP

利用mutects找somaic突变

利用lumpy找SV

利用delly找SV

利用cnvnator找

实践十四:变异结果可视化

利用igv查看变异结果

实践十五:变异结果注释

变异结果注释snpeff

 

第二天

上午

R语言基础 R语言简介

R语言安装

Rstuido介绍

基本命令

安装R包

获取帮助

读写文件

R数据类型

案例1:绘制人染色体长度分布图

案例2:绘制基因表达热图

案例3:利用R实现vlookup提取数据

 

第二天

下午

R语言统计分析 案例4:频数统计与独立性检验

案例5:t检验与wilcox检验

案例6:相关性检验

案例7:线性回归

案例8:基因组大小与基因个数线性回归

案例9:购物篮分析

案例10: R语言与机器学习案例——乳腺癌预测

 

第三天

上午

R语言与生物信息 Bioconductor简介

RNAseq原理

hisat2比对

统计reads数

利用11语言分析RNAseq数据

案例12:差异表达基因火山图

案例13:GO功能注释条形图

案例14:KEGG富集点图

第三天

下午

R语言绘图 案例15:分组条形图

案例16:基因长度分布直方图

案例17:饼图及扇形图

案例18:箱线图

案例19:韦恩图

案例20:gwas分析曼哈顿图

案例21:COG功能注释图

*具体课程会根据现场情况适当调整

(0)

本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

热评文章