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组学研究“终极PK”,构建物种综合数据云

图:New Scientist / Brett Ryder

近年来,随着测序技术的不断提高,测序成本逐渐降低,使一些重要物种的测序数据呈指数级增加,而这些数据中蕴含着巨大的价值,有力的推动了构建物种数据库的新浪潮。物种数据库的构建,能为解答基因组进化、系统发育等问题提供参考,也有利于指导育种及保护物种多样性等方面的工作。

构建物种数据库的优势不言而喻:首先,物种数据库可作为系统性的展示、查询、分析的平台,实现物种多组学数据的高效检索、保存、调用、分析及深度挖掘;其次,一些具备创新特性的数据库也可单独作为一项研究成果在SCI论文中进行展示;另外,通过共享云用户的访问,可提升第三方数据库的知名度,部分重要物种信息、重要分析结果可以收费下载,为进一步维护数据库和科研工作提供资金;最主要的方面,可共享研究成果,促进业内交流,数据库可作为研究论文的补充,展示研究细节,也便于其他研究者基于数据库的数据进行进一步的探索,从而提升国内相关领域整体研究水平。对于某个物种已做全各类型组学研究工作或已有大量测序数据的科学家们来说,终极的学术PK,建立在该物种研究领域执牛耳学术地位之最好手段,莫过于构建该物种的综合数据库。

百迈客物种综合数据云平台

据悉,北京百迈客云科技有限公司(以下简称百迈客)在2017年就正式推出构建物种综合数据云的服务,和传统数据库相比,百迈客数据云有百迈客云+外部域名双入口,两个入口共享注册用户,可以对关键数据设定下载权限。百迈客表示,作为一家拥有深厚基因组学数据分析行业背景的大数据挖掘分析公司,他们致力于为用户设计更贴合使用习惯的基因组学数据库系统,开发针对物种基因组学数据的存储、管理、查询、分析的数据库系统。
物种综合数据云基本架构
存储&查询模块:设置了种质资源、突变体信息、性状座位信息、分子标记、基因功能信息、基因组数据、转录组数据的存储和查询。
分析工具模块:分析工具均可从网页调用,无需用户掌握任何编程基础。包含数据云自带分析工具,比如 blast、blat、引物设计、转录因子、metaQTL、共线性分析等;也可调用部署在百迈客公有云计算平台(www.biocloud.net)的分析流程(APP)与生信软件(Tools)。APP包括有参/无参转录组分析APP、microRNA分析APP、lncRNA分析APP、circleRNA分析APP、重测序分析APP、GWAS个性化分析APP、BSA个性化分析APP、遗传图谱个性化分析APP、微生物多样性分析APP等;Tools模块包含100余款各类生信分析软件,涵盖比对、注释、绘图、统计等。
公共数据库模块:包含7大模块,分别是高通量测序数据库、功能基因数据库、功能定位数据库、文献数据库、参考基因组数据库、变异数据库、互作网络数据库。
 
在物种综合数据云构建方面,据相关人士透露,除了常规物种数据库包含的所有优点以外,该公司构建的物种综合云数据云还有两个尤为突出的优势:1. 后台管理权限,用户无需配备专业IT运维和美工,基于Web操作界面即可实现数据的增删改查等操作;2. 强大的云平台支持,数据库可无缝对接百迈客云平台8大数据库、10多款分析APP和100多款小工具,用户可以利用数据库部署的简单分析工具或结合百迈客云账号进行数据挖掘分析。

数据库展示信息

案例展示

中国农科院大豆数据库(www.soybean-resources.cn)包含了约1500种大豆种质资源,382个品种的重测序,7套泛基因组数据。

中科院植物所构树数据库(papyrifera.biocloud.net)

包含了构树基因组序列及注释信息,可进行数据的浏览、使用、下载。

另获悉,百迈客正在构建的物种综合数据云还包括橡胶树数据库、柑橘数据库、家禽数据库、球虫数据库、芝麻数据库等,涉及众多研究领域。

该公司还表示,百迈客云不仅是面向生物大数据分析的开放云平台,为用户提供包括生物信息分析APP、计算资源、公共数据、信息分析培训的整合服务,也是科研工作者的终生制项目管理一站式平台,相比传统线下科技服务,能随时随地在线检视项目全程进展(送样-提取检测-建库-测序-数据质控-分析-交付),是国内首个实现云端全结果交付(结题报告和结果文件,个性化结果,提取检测报告)的平台。

科技服务云时代

百迈客极速分析周期

开年之际,为了回馈测序中国读者及广大科研工作者的支持与信任,百迈客公司日前推出“闹元宵·赢大礼·100个转录调控云次账号免费送暨100个全长转录组超值特惠”活动,名额仅限100名!

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本文由来源 百迈客,由 陈初夏 整理编辑!

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