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美国CDC牵头成立新冠病毒基因组测序联盟,以支持新冠病毒监测和疫情应对

近日,美国疾病控制与预防中心(CDC)宣布了一项新的国家级基因组学联盟,用于协调美国的新冠病毒基因测序工作。该基因组学联盟名为“SPHERES”(SARS-CoV-2 Sequencing for Public Health Emergency Response, Epidemiology and Surveillance),旨在通过基因测序监测病毒的变化,支持公共卫生研究以及相关诊断和疗法的开发。

据悉,SPHERES联盟由美国CDC先进分子检测(AMD)计划领导,该计划在过去六年中已投资联邦、州和地方公共卫生实验室,扩大病原体基因组学和其他先进实验室技术的使用,以加强传染病监测和疫情应对。SPHERES联盟现已得到美国临床和公共卫生实验室、学术机构以及私营部门的广泛参与,包括37个州和地方公共卫生实验室、几个大型区域和国家临床诊断公司,以及来自美国各地的病原体基因组学、生物信息学和公共卫生方面的学术和非营利机构领导人。此外,该联盟将美国联邦实验室和公共卫生机构与国际基因组学研究工作联系起来,并与私营部门合作,以更好地了解美国各地SARS-CoV-2传播的基因组学和模式。

美国CDC在官网介绍,SPHERES联盟的建立将加快对COVID-19全球流行病疫情应对的实时病原体序列数据和分子流行病学的使用,并在美国范围内组织和管理公共卫生测序和应对工作。此外,该联盟还将在全美各州和地方公共卫生实验室协调和支持测序,并更好地与正在测序或计划对SARS-CoV-2数据进行任何规模测序的美国临床、学术和商业实验室合作,改善美国实验室之间的交流和知识共享,并针对关键数据和元数据标准制定共识性指导方针。同时,该联盟还将致力于减少生物信息学分析和数据共享的障碍,并通过不同的资金、技术、专业知识和其他支持手段,更好地调整测序需求和资源需求。

美国CDC还介绍,SPHERES联盟有8个核心目标:1. 在大规模和协调的公共卫生测序工作的框架下,汇集测序实验室网络、生物信息学能力和学科专业知识。2. 确定并优先考虑整个网络的能力和资源需求,并将联邦、非政府和私营部门的资金和支持来源与最具影响和需求的领域联系起来。3. 改善机构和司法管辖区之间基因组测序的协调,并使整个网络更具弹性。4. 在应对COVID-19全球流行病疫情期间,在美国和全世界倡导开放、基于标准的分析和快速数据共享的概念。5. 加速数据生成和共享,包括将临床和公共卫生实验室的高质量病毒序列数据快速发布到国家生物技术信息中心(NCBI)和几乎实时共享所有流感数据库的全球倡议(GISAID)。6. 为美国公共、私人和学术机构提供一个共享协议、方法、生物信息学工具、标准和最佳实践的共同论坛。7. 建立一致的数据和元数据标准,包括精简的存储库提交流程、示例优先级标准以及用于共享、符合隐私的唯一案例标识符框架。8. 与其他国家测序和生物信息网络保持一致,并支持全球范围内促进在公共卫生领域使用标准和开放数据的努力。

目前,除美国外已有多个国家先后启动了基因组学联盟,以应对本次新冠疫情。例如,英国在3月份启动了一项耗资2320万美元的COVID-19基因组联盟,对来自英国的病毒样本进行测序。此外,Genome Canada上月也宣布了一个类似的项目,名为“加拿大COVID基因组学网络”(Canadian COVID Genomics Network,CanCOGeN),承担两项新冠病毒基因组计划,并获得了4000万加元的政府资助。相信在未来,随着更多类似联盟的成立,这些项目产生的数据将帮助支持政策的制定以及疫苗开发等更多研究工作,最终战胜疫情。

SPHERES联盟具体包括:

美国联邦机构和实验室:

美国疾病控制预防中心、高级分子检测办公室阿贡国家实验室

美国国防卫生局、全球传染病监测

美国食品和药物管理局

劳伦斯伯克利国家实验室

洛斯阿拉莫斯国家实验室

美国国家过敏和传染病研究所、基因组学和先进技术办公室

美国国家标准技术局

美国国家医学图书馆、国家生物技术信息中心

沃尔特·里德陆军研究所

美国州和地方公共卫生实验室:

阿拉斯加 亚利桑那州 加利福尼亚州 特拉华州

哥伦比亚特区 佛罗里达州 夏威夷 马萨诸塞州

缅因州 马里兰州 密歇根州 明尼苏达州

北卡罗来纳州 新墨西哥州 北达科他州 内华达州

纽约州 犹他州 弗吉尼亚州 华盛顿州

威斯康星州 怀俄明州

学术机构:

贝勒大学、康奈尔大学、艾默里大学、弗雷德·哈金森癌症研究中心、乔治城大学、佐治亚州立大学、西奈山医学院、纽约大学、北亚利桑那大学、布法罗大学、加州大学戴维斯分校、加州大学欧文分校、加州大学洛杉矶分校、加州大学旧金山分校、加州大学圣克鲁斯分校、芝加哥大学、马里兰大学、明尼苏达大学、内布拉斯加大学、新墨西哥大学、华盛顿大学、耶鲁大学
公司:

雅培诊断、生物梅里埃、Color Genomics、Ginkgo Bioworks、IDbyDNA、Illumina、In-Q-Tel、LabCorp、One Codex、牛津纳米孔科技公司、太平洋生物科学公司、凯杰公司、奎斯特诊断公司、赛默飞世尔科技、Verily Life Sciences

非盈利公共卫生与研究实验室

公共卫生实验室协会

比尔及梅琳达·盖茨基金会

博德研究所

Chan Zuckerberg BioHub

弗雷德·哈金森癌症研究中心

创新基因组学研究所

J. Craig Venter Institute

约翰霍普金斯大学应用物理实验室

基因组流行病学公共卫生联盟

Scripps Research

杰克逊实验室

北方转化基因组学研究所

沃尔德(Walder)基金会

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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