CiFi方法能够提高重复区域中的片段映射率与覆盖范围，同时也有助于更准确地分析单倍型。在识别染色体着丝粒之间的结构关联以及分析与人类疾病相关的基因组热点区域方面，CiFi技术也表现出更强的优势。