随着NIPT技术的普及应用，越来越多的高风险和中等风险孕妇选择应用这种无创的产前DNA检测技术，进行胎儿唐氏综合征的筛查，而现在NIPT多采用高通量测序和信息分析技术实现，相对成本较高，且流程复杂，检测周期长。
BioCore将成为第一个将dPCR技术商用于NIPT的公司，选择应用Bio-Rad QX200进行T21筛查，是因为其成本大约是NGS检测的一半，样本检测周期短，大约仅需要1到2天时间，且需要血清量少，2毫升即可满足实验要求。同时，也可以利用QX200平台的优势，如可以同时检测多个样本，更简易的操作，结果确认方便，检测和分析的可重复性高等。
过去，其他的研究小组也在使用数字PCR技术来研究无创产前筛查和诊断的问题，尽管目前还没能使这项技术商业化。
法国的一组研究人员用Bio-Rad QX100 ddPCR系统对213名胎儿染色体异常高风险孕妇的血浆DNA样本进行了验证。该研究2016年发表在PLoS One，显示出了ddPCR“技术简单，相对便宜，而且易于在诊断环境中实现”的优势。
在此之前，包括Charles Cantor在内的研究团队，以及香港研究人员，在2007年的PNAS文章中使用数字PCR检测非整倍体。
数字PCR技术也被用于非整倍体以外的无创产前检查。另一个韩国小组将数字PCR技术用于NIPT单基因病检测。（Scientific Reports）
2014年的一篇文章，描述了应用ddPCR技术筛查新生儿的甲基丙二酸血症（methylmalonic acidemia ）。
ddPCR技术也可用于有创样本中，在2009年发表的一项研究中，研究人员使用了羊膜穿刺术和绒膜绒毛样本，用微流体数字PCR技术在不到6小时的时间内检测了T21、T18和T13。
新的技术不断出现，加上之前技术应用范围的拓展将给行业带来更多活力。
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