SURFSeq 5000 双模Q40 强力开启测序错误率“万五时代”！
⾃2023年9⽉上市以来，SURFSeq 5000⾼通量基因测序仪凭借“应用场景多、测序速度快、数据质量好、运行成本省”的产品优势和稳定的性能表现快速获得了临床诊断、分子育种、基础科研等多领域⽤户的高度认可。
在“多、快、好、省”中，“数据质量好”是重中之重，SURFSeq 5000 V1.0全系测序试剂盒（FCM、FCH）现均已支持Balanced+Enhanced双模式Q40(≥85%/≥90%)高质量数据输出。
Enhanced模式下，与市面其他Q40测序产品相比，SURFSeq 5000整体测序错误率减少60%以 上，低⾄0.05%级别，强力开启测序错误率的"万五时代"。
SURFSeq 5000为用户提供Balanced Mode(BM,均衡模式)和Enhanced Mode(EM,增强模式)两⼤Q40测序模式。
在Balanced Mode下，SURFSeq 5000可实现≥90% bases≥Q30，≥85% bases≥Q40。
在Enhanced Mode下，SURFSeq 5000可实现≥95% bases≥Q30，≥90% bases≥Q40。
*Q30/Q40%基于真迈⽣物企业标准品⽂库多轮测试结果的中位数值设定，该数值受到样本状态、⽂库质量和定量准确性等因素的影响而发⽣变化。
Balanced Mode是平衡数据质量和芯片利用率的最优解。在该模式下，真迈生物统计了近3个⽉，SURFSeq 5000FCH芯片7⼤类应用方向共116轮的测试数据。其中100轮Balanced Mode PE150测序数据的Q30、Q40均值达分别达到了95.1%和91.3%，Output reads均值达到了2500M reads(官标2000M reads)。
全新的Enhanced Mode在Balanced Mode的基础上，加入了基于机器学习构建的序列特征模型等多维信息，全新的“3D Basecall”可更全面的识别测序过程中的“问题序列区域”，并更准确地进⾏碱基识别和Q值打分。统计16轮Enhanced Mode下WGS PE150测序数据，Q30、Q40均值达分别达到了97.1%和95.2%，Output reads均值达到了2350M reads。
*在数据产量Output reads⽅⾯，Enhanced Mode相比Balanced Mode会有5%±2%⽔平的降低(该差异⽔平依据为“对相同原始图像分别使⽤两种模式下basecall算法获得的数据差值”)，降低比例受到样本状态、文库构建方式及质量和文库定量精准度等因素影响。
SURFSeq 5000为双芯⽚平台，并⽀持异步滚动上机和分lane样本加载功能。如下表所示，真迈生物采⽤了双FCH芯片在同⼀台机器上同时开展Enhanced Mode和Balanced Mode测试。其中Lane1、Lane2加载E.coli全基因组文库样本(PCR-plus)，Lane3、Lane4加载GIAB HG001人全基因组⽂库样本(PCR-plus)。
*GIAB HG001测序错误率使⽤BWA MEM对⽐⾄GRCh37参考基因组(NIST V4.2.1)计算获得，因受参考基因组质量及对比软件性能影响，HG001测序错误率数值中包含了较⾼比例的序列比对错误(非测序错误)。
如上图所示，Enhanced Mode下,PE150测序数据整体错误率相比Balanced Mode下降了50～60%，低至0.05%级别。Q30 /Q40 均值高达97.6%/96.0%。
使⽤Q/Q图对SURFSeq 5000 Q值打分体系精准性进⾏评估，Balanced Mode和Enhanced Mode双模式下Predicted Q Score(x)和Observed Q Score(y)均展现出优秀的⼀致性。
上图展示了目前部分主流测序平台测序整体错误率表现情况，其中SURFSeq 5000 Balanced Mode与NovaSeq X(Q40升级后) 表现相当。在Enhanced Mode下，SURFSeq 5000整体测序错误率下降60%以上，低至0.05%级别，强力开启测序错误率的“万五时代”。
*基于E.coli进⾏计算
▲基于NovaSeq X Software V1.2 Q40升级版本测试
SURFSeq 5000 Balanced Mode(≥85%Q40)和Enhanced Mode(≥90% Q40)为用户提供了更多选择。“万五时代”将快速推动以“超低频突变精准检出”为代表的应⽤进⼊发展快车道，真迈生物期待与各领域合作伙伴在“万五时代”⼀同探索基因测序技术的无限可能。
如需获取SURFSeq 5000双模Q40 Demo数据，可关注“真迈生物”官方公众号，并在对话框回复关键词“万五时代”获取下载链接。
如上表所示，Q40对应的测序错误率在0.01%级别，但在应用端投入分析流程的是包含了Q40在内的所有Q值碱基(例如Q0~40)的测序数据，所以测序数据错误率是基于各Q值碱基错误率及依据碱基占比加权计算得出。计算公式如下:
Error rate=Q1error×Q1%+Q2error×Q2%+.......+Q40error×Q40%
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