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真迈生物GenoLab M PE150测序试剂盒测评数据发布

2020年10月,真迈生物重磅发布了高通量基因测序平台GenoLab M。GenoLab M上市一年来,凭借其精准高效、灵活开放的产品特点,已被应用于基础科研、生殖生育健康与遗传病检测、肿瘤检测、病原体快速鉴定、分子育种等领域。

11月29日,真迈生物公开了其最新的GenoLab M测序试剂盒(FCM 300cycles)在人外显子测序方向的测试对比数据。本次测试,以NovaSeq(S4)、NextSeq(High-Output)测序平台为对比,较为全面的评估了GenoLab M 测序试剂盒 (FCM 300cycles)在测序质量、目标区域覆盖均一性、数据有效率和突变检出能力等方面的表现。

测试方案

测试样本:NA12878细胞系

捕获探针:Agilent SureSelect Human All Exon V6(Panel Size:60Mb),下文简称“V6”。

测序平台:GenoLab M(FCM PE150)、NovaSeq(S4 PE150)、NextSeq(High-Output PE150)

测试实验:基于NA12878使用V6构建1个外显子测序文库,文库分别使用GenoLab M、NovaSeq、NextSeq测序平台进行测序。

数据量要求:每个样本提取13Gb raw data用于后续分析。
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图表1.测试方案汇总表 

测试结果

1.测序质量表现优异、稳定

GenoLab M 测序试剂盒(FCM 300cycles)的测序质量表现优异、稳定。如图表2所示,GenoLab M 3份Raw data的 Q20均大于94%,Q30均大于86%。

图表2.GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台V6文库测序质量表现

2.基因组目标区域覆盖均一性好、数据有效率高

将GenoLab M、NovaSeq、NextSeq测序数据比对到参考基因组上,统计Fold 80碱基罚分、基因组比对率,唯一比对率、目标区域捕获效率、目标区域≥1X、4X、10X、20X比例等指标。如图表3所示,GenoLab M 测序试剂盒(FCM 300cycles)测序数据在基因组目标区域覆盖均一性的表现上与NovaSeq、NextSeq一致。

图表3. GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台V6文库测试数据基因组比对结果统计

在数据冗余率方面,GenoLab M 测序试剂盒(FCM 300cycles)的duplication rate比例与NextSeq相当(~5%),明显优于NovaSeq(20~30%)。

图表4.GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台V6文库测序数据duplication rate统计

3.变异检出能力优异、稳定

本次测试采用的DNA标准品(NA12878)具有高置信的标准变异集合(HG001_GRCh37_1_22_v4.2.1_benchmark)。使用V6与该标准变异集合重合的位点来评估GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台测序数据的变异检出情况。如图表5所示,GenoLab M 测序试剂盒(FCM 300cycles)测序数据在SNP和InDel检测的精确度和灵敏度上与NovaSeq、NextSeq表现一致,SNP和InDel检测的精确度分别达到了97%及82%以上,灵敏度达到了97%与91%以上。

图表5. GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台V6文库测序数据变异检出情况

GenoLab M 测序试剂盒(FCM 300cycles)测序数据在平台内SNP和InDel检测一致性的表现上与NovaSeq一致。如图表6所示,其平台内SNP检测一致性>98%,InDel一致性大于87%。与NovaSeq、NextSeq测序平台的检测结果对比,平台间SNP检测一致性>98%,InDel一致性>85%。

图表6. GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台V6文库测序变异检测一致性比较

从真迈生物本次公布的GenoLab M测序试剂盒 (FCM 300cycles)人外显子测试对比数据来看,该产品在测序质量、基因组目标区域覆盖均一性、数据有效率、变异检测能力等方面表现优异且稳定。期待后续真迈生物公开该产品在更多应用方向上的对比测试数据。

如需进一步了解该产品信息,请联系info@genemind.com。

 关于真迈生物

真迈生物是国际上屈指可数的拥有基因测序仪自主知识产权和关键核心技术的高科技企业,专注于基因测序产业上游设备和试剂的研发制造,从科研到临床,为生命健康守护者提供洞见生命信息的核心设备,赋能基因测序应用场景,与合作伙伴共建精准医疗生态圈,推动健康产业发展,守护人类生命健康。

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本文由 SEQ.CN 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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