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Nucleic acids research | 一个全面的人类lncRNA集合数据库:LncSEA

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长链非编码RNALncRNA)起初被认为是基因组转录的垃圾,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。

然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。

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LncRNA在多个层面上参与细胞分化和个体发育调控, 并与复杂疾病密切相关。近年来关于lncRNA的研究进展迅猛,但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。

基于此,哈尔滨医科大学大庆校区李春权教授带领课题组张建老师小组研三学生陈佳新从生物信息学的角度出发开发了一个全面的人类lncRNA集合数据库LncSEA:A comprehensive human lncRNA sets resource and enrichment analysis platform,目的是为lncRNA研究人员提供数据支撑和实验指导。目前该文章已经被Nar所收录。

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http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php

LncSEA不仅从已经公开发表的数据资源中收集了下游lncRNA功能集合,还通过处理大量的高通量测序数据(CHIP-seqATAC-seq)预测了上游lncRNA转录调控相关集合。为了方便用户使用和查询,我们对LncSEA中所有背景参考集合按照生物学功能分成18个不同类别,例如药物,疾病,转录因子,保守性,癌症表型等类别。

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用户可以在LncSEA中输入感兴趣的lncRNALncSEA将会返回和用户输入集合显著富集的所有类别集合和可视化图片。LncSEA的所有参考集合的信息和分析结果都提供下载。

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除此之外,LncSEA提供了以下三种搜索方式以及一个分析工具,具体如下:

1. lincRNAs搜索 (Search by lncRNAs)

2. genomic region搜索(Search by genomic region)

3. genomic sequence搜索 (Search by genomic sequence)

 

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原文链接: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa806

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