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12分钟Pooling 384个NGS文库,Echo声波移液系统助力基因组学及合成生物学研究

Pooling是测序文库上机前的临门一脚。经过数小时乃至几天的实验,初始样品终于变成浓度、片段大小都符合质控指标的library嗷嗷待测。Pooling实验通常由两位操作者协作。根据表单信息将文库归一化到一定浓度,再将想要合并测序的文库混合,耗时耗力。

事实上Pooling完全可以不需要密集的吸液移液操作,不需要这么多时间和精力投入,甚至就不需要移液器和吸头。采用Echo声波移液系统,12分钟即可完成384个文库Pooling1,而手工完成归一化和Pooling需耗时长达3小时。

Echo通过聚焦声波能量转移低至2.5nL的样品,不需要吸头,无物理接触。每秒传输几百个液滴实现nL到uL级的液体传输。Echo可以微量化反应体系到几微升,甚至数百纳升,将样品从微孔板任意孔快速转移到目的板任意孔。在基因组学及合成生物学中,被应用到微量化NGS建库和快速Pooling文库、引物、寡聚核苷酸探针当中。

  • Echo一步法NGS文库Pooling
√ Echo不与文库样本直接接触,不需要费时间加载或清洗吸头,可以在不到一秒的时间将微孔板上的NGS文库转移到目标孔内。
√ 高浓度文库不需额外稀释。通过nL至uL级液滴转移,将浓度归一化和Pooling简化为一步进行。
√ 数据管理和自动化操作可以避免人工操作失误,提高实验过程的可靠性。
  • Echo可关联输入文件,软件自动完成高通量Pooling

图:Echo一步法NGS文库Pooling。左:将需要Pooling的各文库信息写入输入文件;右:Pooling运行示意

图:采用Echo比较384个文库的200nL/文库等体积混样和等摩尔量混样。结果显示经Echo Pooling后文库获得更加均一的测序量。

  • Echo微量化NGS文库定量质控
Echo可完成384孔甚至1536孔每板的超高通量微量化文库质控定量。声波移液含DNA染料的缓冲溶液、文库到酶标板中进行荧光检测。或是进行文库qPCR检测体系构建,避免标准品梯度稀释的累积误差和气溶胶污染。文库定量的微量化能够减少试剂消耗,有效控制成本。此外,Echo支持在软件中以表单的形式挑选某些文库做qPCR。整个实验过程数据可循,避免手工操作的窜孔等错误。

图:采用Echo完成文库定量,微量化反应体系至2uL、4uL及8uL绘制校准曲线

参考资料:
1. LABCYTE®: Brochure | Echo Acoustic Liquid Handling for Genomics Research, Version 1.0 | AUGUST 2017
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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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