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高通量、低成本的NGS建库方案:Biomek+Echo超高通量自动化整合系统

在过去十多年里,随着二代测序技术的发展,测序成本已经下降了几个数量级,但是二代测序样品文库制备成本仍然高昂,过程依旧复杂。微生物及病毒全基因组测序能帮助科学家们确认基因组编辑正确性,解析病原的变异及进化,是高通量基因编辑和调查微生物组、病毒学研究的常规工作。液体处理专家贝克曼库尔特创新推出Biomek i5+Echo 525超高通量自动化整合系统,帮助研究人员实现二代测序文库构建中高通量和低成本的需求。

图1. Biomek i5 +Echo 525整合系统。通过将Echo 525快速、精确的声波移液技术与Biomek i系列工作站强大而灵活的功能相结合,可以将文库制备工作提高到超高通量。

研究团队通过使用Illumina Nextera XT DNA试剂盒,以3种不同的微生物样品类型(蜡状芽孢杆菌、大肠埃希氏菌、红球菌)进行实验,测试了该微量化方法的有效性。Biomek i5+Echo 525 整合系统的微量化文库制备方案可将反应体系缩小20倍,降低每次反应的试剂成本;可单次处理384个样品,提高样品处理通量。 值得注意的是,根据Illumina的标准推荐实验流程,手工操作8个样品的时间约为3小时。利用Biomek i5 +Echo 525整合系统,完成384个样品的文库制备仅需4小时,该时间包括了试剂分装和孵育。试剂分装利用选择性吸头移液功能,可处理灵活多变的样品数量。微量化文库制备使更高的通量成为可能,而无需大幅增加时间。

图2. 微量化Illumina Nextera XT文库制备的自动化流程。灰色代表Biomek i5完成步骤,蓝色代表Echo 525完成步骤,红色代表手工干预步骤。Echo用于反应体系构建及Normalization/pooling;Biomek配置384通道加样器,并具有选择性吸头移液功能,用于分装Echo所需试剂并进行产物纯化;可选配台面整合的PCR仪,用于PCR扩增和孵育,减少人为干预。

图3.向导式的软件操作界面(左),和台面自动校对功能 (右)。如左图所示,在软件操作界面上用户可以选择样本数量,是否使用台面整合的PCR仪,以及运行工作流程的哪个部分。具备台面自动校对功能(右图),当操作人员完成耗材摆放后,工作站可自动判定耗材摆放是否正确,对错误摆放位置进行提示,确保程序运行前台面摆放正确。避免由于人为摆放耗材错误,导致设备碰撞或试剂、时间损失。

Better together—— Echo + Biomek自动化NGS建库方案:

· 文库构建体系缩小20倍相应降低了试剂成本,无需吸头的纳升级声波介导移液节省了耗材成本。
· 单次384个样品的处理,在单位时间内实现了超高通量的样本处理。
· 精准的纳升级至微升级移液技术及自动化处理,是获得真实结果的保障。
· 向导式软件操作界面和台面自动校对功能可减少人为操作失误。
· 强大的数据追踪系统能实现样本溯源及追踪,保证数据对接准确性。

点击链接填写调查问卷,获取Biomek+Echo整合系统更多信息

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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