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战疫情,“新型冠状病毒基因组数据分析综合平台”免费向科研人员开放

新型冠状病毒疫情对我国人民的生产生活产生了较大影响,牵动着大家的心。举国上下都十分重视,一线医护人员冲在了抗击疫情的最前线,各方也都从各方面提供着各种援助。

作为一种新型冠状病毒,我们对它的了解还不够,临床科学家们也在想尽各种办法加班加点研究这种新型冠状病毒,以便尽快研究清楚它的生物学分子机理,正如1月26日,在国务院新闻办疫情新闻发布会上,中国疾病预防控制中心主任高福院士表示的,要结合多种技术手段来帮助做病毒的解析。当前,国内三代测序和生物云服务提供商百迈客,结合其技术特点,也积极地参与到抗击疫情的战斗中,为抗击疫情贡献一份力量。

据悉,针对此次疫情,百迈客积极与一线的医护和科研人员合作,结合一线的需求,经过十几天夜以继日的开发,第一版新型冠状病毒(nCov)基因组数据库分析平台上线,为一线科研人员提供免费服务。现把阶段性开发进展和支持方式公布如下,希望对加快破解和管控疫情提供有效支撑。

“病毒数据库&自动化分析平台/工具” 向社会免费共享

自2019年12月疫情首现以来,百迈客研发团队及时跟进疫情研究进展。目前已完成一期研发计划,通过对各数据库中的新型冠状病毒数据进行合理整合分析,及时搭建了首版“新型冠状病毒数据库分析平台”(http://ncovdb.biocloud.net/home) ,该数据库于2020年1月27日20:00时正式上线,将配合国家公共资源数据库为社会提供更全面、及时、准确的数据资源。

数据库部署了31个新型冠状病毒基因组序列,其中MN938384、MN908947、MN975262等菌株均已补充详细的基因组、编码基因及蛋白序列信息,我们还基于这31个菌株,2株MERS作为外源构建了物种进化树,以便更清晰解读新型冠状病毒的进化树起源。研究人员可便捷下载基因组数据资源,亦可通过我们部署的Blast、GBrowse、Primer Design 等工具完成相关的初步数据分析、挖掘。

我们将持续跟进、并更新该数据库,为国内外科研工作者提供方便快捷的数据检索及下载服务。在随后的二期、三期研究计划中,我们会继续部署各种自动化分析工具,分析保守域、菌株间的变异信息,寻找菌株间的共性的突变信息,为病毒致病机理的研究、疫苗的开发等提供技术支持。

三代纳米孔技术助力病毒变异监测

三代测序技术作为基因组学研究的新兴技术,对病毒的组学研究有着重要作用,作为全球领先的三代测序技术服务提供商,百迈客生物与战略合作伙伴Oxford Nanopore公司联合协调了5套MinION测序平台及配套试剂盒,各位疫情防控专家如有需求,联系评估后随时无偿配发,保证前线专家做好对疫情的实时监控、及时分析;如有建好的2019-nCov病毒测序文库也可以结合送样要求与其取得联系。

附录:样品要求

已配备专业生物信息分析团队,并向社会无偿提供信息分析技术支持

据悉,疫情爆发以来,百迈客生物组织20余人的生信分析团队不断针对发布的病毒基因组进行研究分析,随时待命加入抗击疫情的队伍。同时,该公司亦诚恳邀请、欢迎各位专家学者共同探讨疫情防控良策,请联系18514282648(微信同号)进群讨论。

其它可调配资源

百迈客生物表示,如果前线专家需要其它生物技术支持资源,该公司将不遗余力提供最大的帮助。

24小时对接联系人

数据库使用&数据分析对接人:

负责人:王老师

手机:18514282648(同微信)

邮箱:wangf@biomarker.com.cn

样品准备&测序对接人:

负责人:康老师

手机:16622926288(同微信)

邮箱:kangjm@biomarker.com.cn

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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