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癌症早筛革新而临!5hmC高通量检测技术带来胰腺癌早筛新方向丨聚焦2019 AACR

引言:美国当地时间2019年3月31日,第110届美国癌症研究协会(AACR)年会在亚特兰大盛大开幕。作为世界上规模最大、历史最悠久的癌症研究会议之一,AACR每年都会吸引来自全球各地的专业人士出席,为众多位于肿瘤领域前沿的科研成果及领先技术提供了展示及交流的平台。

作为本次大会关注的热点之一,肿瘤液体活检领域展示了大量最新研究成果,吸引了大量关注与报道。其中,5hmC高通量检测技术继以往在消化道癌症的多种报道后再次在肿瘤早期诊断中拓展应用前景,此次报道的该技术为胰腺癌提供诊断标志物引起了多方的专注讨论。

AACR最新研究:游离核酸5hmC作为胰腺癌诊断新标志物

胰腺导管腺癌(PDAC)是胰腺中最常见的恶性肿瘤,约占胰腺癌病例的85%,然而PDAC的临床结果令人沮丧:仅约25%的患者可以存活一年,约6%的患者在诊断后存活5年。面对如此严峻的临床结果,传统的肿瘤标志物检测(CA19-9)在鉴定胰腺癌患者方面的准确率却差强人意

在本次大会上,来自美国西北大学费因伯格医学院张玮教授及来自芝加哥大学HHMI研究员的何川教授联合北京协和医院、复旦大学附属中山医院,为我们带来了5hmC高通量检测技术在PDAC诊断中的最新进展,数据惊艳表明5hmC检测能大大提高PDAC的诊断准确率。

 左起:陆星宇博士 上海易毕恩基因科技有限公司CEO,张玮教授 美国西北大学费因伯格医学院

5hmC(胰腺癌诊断标志物)高通量检测技术成果一经展示就引起了现场专家和参会人员的极大兴趣

据悉,该研究共纳入新发PDAC患者153人,非癌性胰腺疾病患者82人和健康人群335人

研究人员从受试者身上采集3~5ml新鲜血浆作为临床标本,应用高度敏感的5hmC-Seal技术,对游离DNA(Cell-freeDNA,cfDNA)中的5hmC进行基因组图谱的绘制,经对5hmC-Seal数据进行分析总结和标准化,以开发用于区分PDAC和健康个体的诊断标志物评分。

研究流程图

数据分析结果表明cfDNA中的5hmC-Seal谱反映了基因组中5hmC不同的分布格局,在顺式调控元件(如增强子)中高表达,这与5hmC在此前报道的调控功能一致。研究者进而基于194个样本的多变量逻辑回归分析,使用弹性网正则化选择的33个基因,开发加权诊断评分(wd-评分)。从一个训练集(AUC=95.7%; 95%CI,93.0%-98.4%)和两个独立的验证集(AUC=92.0%; 95%CI,84.9%-99.1%; AUC=89.5 %; 95%CI,84.5%-94.6%)中准确区分PDAC患者和健康个体,该效果显著优于胰腺癌常规生物标志物(例如,CA19-9)。该诊断模型不仅可检测早期患者(例如在训练集中,I / II期:AUC= 95.1%; 95%CI,91.5-98.7%),也可区分PDAC与非癌性胰腺疾病(例如训练集AUC = 86.1%; 95%CI,77.9%-94.3%)。

由该诊断模型能够准确区分PDAC患者和健康个体,也可区分PADC与非癌性胰腺疾病的患者,为临床上PDAC的鉴别诊断提供可能。

5hmC高通量检测技术在一定程度上弥补了既往液体检测手段的准确率短板,以敏感性高、特异性强的优势,为非侵入性检查手段的研发奠定了基础,也为临床高风险人群及健康人群的肿瘤早诊、早筛提供了一项准确性和实用性兼备的新选择。

以下我们简单回顾一下5hmC在癌症诊断应用的发展:

5hmC高通量检测技术的诞生

表观遗传变化作为肿瘤发生的早期事件之一,包括异常的DNA甲基化及组蛋白修饰等。

DNA甲基化是目前被研究得最为透彻的表观遗传修饰机制之一,它广泛存在于哺乳动物基因组中,且不同组织中基因组甲基化水平及模式具有特异性。而5hmC为DNA去甲基化调控过程中重要的DNA修饰,研究表明基因体5hmC的水平与mRNA的表达水平具有强烈的关联。

图解:DNA甲基化是一动态调控的过程,DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT)可将未修饰的胞嘧啶核苷酸(C)转化为5-mC,随后通过TET蛋白进一步氧化,产生5-羟甲基胞嘧啶(5hmC),5-甲酰基胞嘧啶(5fC)和5-羧基胞嘧啶(5caC)。

DNA甲基化检测技术在高通量基因测序时代迎来了百花齐放的发展,由于二代测序仪本身无法区分DNA上的各类修饰,重亚硫酸盐处理成为了主要工具之一。然而亚硫酸盐处理的过程会对绝大多数的DNA分子造成破坏,围绕这个缺点,各类技术被相继发明。其中,美国芝加哥大学教授HHMI研究员何川教授所带领的团队,另辟蹊径,从化学生物学标记方法出发,发展了高灵敏度、高稳定性的5hmC-Seal技术。

利用这一技术,研究人员便可以在有限的临床样本条件下,对cfDNA中的5hmC信号进行检测,在肿瘤的早期诊断、筛查中进行应用。

5hmC检测的临床应用

随着此项技术在临床转化应用中的不断深入,其在肿瘤诊断中的作用也不断获得验证及认可。

2017年至2018年,《Cell Research》杂志连续发表多篇验证5hmC高通量检测的应用报道,在肠癌、胃癌、肺癌、肝癌、胰腺癌、食管癌等多种肿瘤中实现了概念验证,展示了液体检测在肿瘤早诊、早筛上的潜在临床使用价值。

依托于液体活检的检测形式,也让5hmC高通量检测技术与现有的检查手段相比,更能够提高患者的依从性、临床便利性和性价比,为高危人群及健康人群疾病早诊、早筛提供了实用性更强的一项选择。相信集众多优势于一身的5hmC高通量检测技术将会有更为广阔的临床应用前景,也将使更多肿瘤患者临床获益,其未来极具发展潜力,让我们拭目以待。

参考文献:

1. Han D, Lu X, Shih AH, et al. A Highly Sensitive and Robust Method for Genome-wide 5hmC Profiling of Rare Cell Populations. Molecular cell 2016;63:711-9.

2. Li W, Zhang X, Lu X, et al. 5-Hydroxymethylcytosine signatures in circulating cell-free DNA as diagnostic biomarkers for human cancers. Cell research 2017;27:1243-57.

3. Song CX, Szulwach KE, Fu Y, et al. Selective chemical labeling reveals the genome-wide distribution of 5-hydroxymethylcytosine. Nature biotechnology 2011;29:68-72.

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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