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探基学院 × Oxford Nanopore丨系列讲座之纳米孔测序为临床病原菌诊断带来的机遇

在研究环境下,对病原体样品进行快速抗微生物药物耐药性表征使得研究者能更好地了解耐药性及进化情况。在临床环境中,进行快速诊断以鉴定抗微生物药物耐药性,能够帮助选择恰当治疗方式,优化抗菌药物管理,预防发生进一步耐药性和疾病蔓延。相应的,微生物检测技术也不断改进。

近年来,纳米孔读长已作为一项独立工具或作为混合测序方法的一部分,成功应用于微生物(微生物组)、病原体鉴定、以及抗微生物药物耐药性分析。技术的提升使数分钟内完成病原体从采样到获得结果的常规诊断过程逐渐成为可能,且已有效推进了传染性生物体的检测和抗微生物药物耐药性研究领域的发展。

2019年新年伊始,探基与Oxford Nanopore Technologies联合策划,为大家带来了目前国内科学家们在微生物的不同领域中,使用纳米孔测序的系列讲座。本套讲座课程主要围绕微生物鉴定、抗微生物药物耐药分析等领域,为有兴趣在该领域发展的研究者、产业从业者提供学习资料和交流平台。

通过本系列讲座,您可以获得以下知识:

1. 第二代和第三代测序技术的特点解析;

2. 纳米孔测序技术的原理和独特优势所在;

3.纳米孔测序技术在微生物鉴定和抗微生物药物耐药分析中的应用实例;

4.纳米孔测序技术在临床微生物研究中的应用和展望。

首发课程——《纳米孔测序带给临床病原菌诊断的机遇》

付爱思   武汉大学药学院博士

本系列首节课程讲师为武汉大学药学院付爱思博士。付爱思博士曾任武汉生物技术研究院技术平台研发副主管。主要从事微生物、动植物、人类健康领域相关测序及相关技术的研究开发工作,长期负责新一代测序技术在各领域的应用与推广。目前于武汉大学药学院攻读博士学位,致力于纳米孔测序技术在临床领域的技术开发与应用。参与的重大科研项目发表在Nature GeneticsNature Communications等重磅期刊上,拥有丰富的第三代测序相关项目经验。

在本次课程中,付博士将介绍他们使用纳米孔测序的经验和取得的结果:

1. 在一张MinION测序芯片完成多个细菌分离株基因组组装;

2. 长纳米孔读长应用于靶向测序分析,创建系统发生树;

3. 长纳米孔读长在16S rRNA测序中的优势;

4. 纳米孔技术可实现直接RNA测序;

5. 纳米孔长读长改进宏基因组组装,分析人类肠道微生物移动原件;

6. 便携式纳米孔测序在临床研究中的应用实例。

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注:Nanopore技术目前仅供研究使用。

讲座内容含未发表的研究数据,未经允许,请勿擅自使用。

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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