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耶鲁大学基因组医学计划明年开启!将至少进行10万人规模外显子测序

近年来,全球大量基因组测序项目开展得如火如荼,例如Personal Genomes Project等国际项目、100K Genomes Project等地区或国家项目,以及针对某类疾病的基因组项目,例如TCGA等。目前,这些项目多由政府机构、基因测序企业和研究机构发起,鲜有高校主导的大型基因测序计划。

日前,美国耶鲁大学计划于2019年开启一项全新的大型基因组医学测序项目,至少招募10万名患者进行基因组测序,并对其基因组数据和电子健康记录数据进行分析,为科学研究和临床可行性结果提供支持。耶鲁大学希望,该计划能为学术健康中心的研究人员建立一种范例和模式,并成为未来相关研究项目的蓝图。

该计划由耶鲁大学医学院与耶鲁纽黑文卫生系统共同发起,计划尚未正式命名。10万人规模只是最初设定目标,随着计划的进行,这一数字有可能会增加。对于这一数字,耶鲁大学表示,达到10万人规模将有机会与其他大型生物样本库进行合作,以进行更多的深入研究。目前,耶鲁大学医学院和耶鲁纽黑文卫生系统正在积极筹集计划的启动资金,并已得到美国康涅狄格州政府提供的资助。据悉,相关机构已经投入了2000多万美元。计划启动后,组织者还将继续寻找其他资金投入,包括研究补助资金以及与工业界和学术界的合作投入。

按照计划,研究团队在2018年将主要进行Pipeline创建,以便对大规模数据数据进行处理。从2019年1月开始,该项目将每周招募400至500名患者,或每年招募20,000至25,000名患者,并逐步建立外周血生物样本库。此外,参与者将通过耶鲁纽黑文健康医院网络在整个康涅狄格州招募,包括耶鲁纽黑文医院、布里奇波特医院、格林威治医院等。同时,这些医院也被授权对生物样本进行研究,并反馈有助于患者医疗保健的基因组信息。

该计划将至少对参与者进行外显子测序,并获取基于微阵列的基因分型数据。计划将重点关注增加单基因疾病风险的罕见变异,涉及常见疾病的多基因评分和药物基因组学变异等。整个项目可能会分阶段进行,但这三项将是首要任务。耶鲁大学方面表示,虽然希望能够使用全基因组测序,但由于涉及到成本问题,最终选择先进行外显子测序。

Michael Murray博士,图片来源:Yale School of Medicine

据悉,该计划由耶鲁大学医学院Michael Murray博士领导。2018年之前,Murray曾担任Geisinger健康系统任临床基因组学主任,并密切参与了MyCode社区健康计划。MyCode社区健康计划于2007年启动,是首批向参与者反馈临床可行性结果的大型基因组医学计划之一,旨在将生物样本和患者电子健康记录的数据进行系统性整合,构成具有更广泛应用价值的研究资源,创建了一种新的、有利于转化医学研究的资源构建模式。Murray表示:“耶鲁大学的这项计划将以Geisinger已有模型作为模板,并吸取此前的经验教训,迅速建立一个大型生物库。”

但耶鲁大学计划与MyCode社区健康计划也有着显著的不同。从计划发起方考虑,MyCode社区健康计划主要涉及医院系统,耶鲁大学的这项计划将由医院、医科院校和综合性大学共同参与。此外,在参与者组成方面,耶鲁大学将主要从美国康涅狄格州招募。该地区人口总数约360万,与其他州相比人口相对较少,但是其种族构成与美国基本相当,因此可获得多样化的基因组队列数据,这与几乎完全基于欧洲血统的MyCode社区健康计划不同。Murray认为,该计划有助于相关基因研究和其他精准医学计划的进行,或将成为整个国家的优秀试点。

另外一点不同就是,MyCode社区健康计划将测序工作外包给其合作伙伴,而耶鲁计划的测序工作将在耶鲁基因组分析中心(YCGA)实验室进行。该中心实验室已获得CLIA认证,实验室出具的检测报告和结果数据将获得美国医疗保险、医疗救助机构及FDA的认可。此外,新计划还拥有一个有着丰富的临床基因组学和大型研究计划工作经验的团队,他们将全程参与测序工作,并将这些结果上传到患者的电子健康记录中。

耶鲁基因组分析中心测序平台,图片来源:YCGA

耶鲁大学希望,该计划能为参与者提供有助于他们疾病预防和治疗的信息。事实上,这种生物库的建立和相关信息筛查确实会让人们意识到一些重大的健康风险,例如心脏病和癌症的风险,并进行合理干预。Murray表示,大型基因测序计划需要一段时间来获得长期研究结果,但这些数据这会以非常具体的方式使人们受益。目前,该计划正在进行紧张的准备工作,相关网站预计将在未来几个月内上线。

值得关注是,如今除了典型的医学和基础科研工作者外,越来越多领域的研究者有愿意参与到生物库的相关研究中。例如,耶鲁大学的社会科学家已经表达了对该计划的兴趣。此外,项目中进行中,反馈和管理基因数据还会涉及健康经济学、道德和法律问题,这可能是公共卫生、法学或商学领域学者所关注的。

参考资料:

1. Yale to Launch Large-Scale Genomic Medicine Project

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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