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中国首家!未来组通过Nanopore官方测序服务认证

2018年1月17日,武汉未来组生物科技有限公司已通过Oxford Nanopore Technologies Limited(牛津纳米孔技术有限公司,ONT)官方认证,获得Nanopore DNA测序认证服务供应商资质,属于中国首家,世界第一批。

据悉,未来组于2017年9月开始搭建Oxford Nanopore测序服务平台,目前已配备有11台GridION X5和2台MinION测序仪,在约4个月时间内已完成的牛津纳米孔测序数据产出>2Tb,且所有数据达到官方标准,符合交付指标。未来组表示,公司后续会陆续购入通量更高的PromethION测序仪,为合作伙伴提供高质量、超快捷的基因组学研究测序服务。同时其母公司希望组作为中国首家三代测序精准医疗公司,也将基于更高通量的Oxford Nanopore平台,为临床研究和应用提供更快速、更精准的解决方案。

Nanopore测序服务平台升级

截止到2018年1月17日,未来组Oxford Nanopore测序服务平台已完成>20个动植物物种的纯测序,并对其中4个物种进行了基因组组装,基于Oxford Nanopore的超长读长,填补了这些物种过去没有参考基因组的空白,或者对二代参考基因组组装指标提升了至少100倍。

组装指标Conting N50比较

未来组Nanopore组装案例展示-某昆虫

基因组Survey

基于K-me分析预估该昆虫基因组大小为~330Mb。

Nanopore测序

提取合格的样本DNA,在Oxford Nanopore GridlON X5平台测序30Gb三代数据,最长读长达270Kb,reads N50长度达26.8KB。长读长是后续进行更准确基因组组装的前提。

基因组组装

利用多种软件进行基因组组装,配适最优方案。

基于超长读长的Nanopore测序和搭配的超算平台,让基因组组装更连续,更快捷。

本案例中,该昆虫基因组组装Contig N50能>7Mb,已达到昆虫模式动物果蝇的组装水平。

Busco评估

将组装的基因组通过 Busco与昆虫基因组数据库进行比对,以评估对保守基因组装的完整度,从而间接反应整个基因组完整度。结果表明,经过Nanopolish+Pilon(×2)校正后,Busco评估能达到98%,基因组组装完整性较好。

多年来,未来组专注于三代基因组学研究,经过长期积累,动植物基因组学项目经验丰富,研究成果相继发表:第一个亚洲人参考基因组(三代)、第一个水稻近完成图(三代),第一个萤火虫参考基因组(三代)、第一个药用木本植物杜仲参考基因组(三代)。在2018年国际动植物基因组学大会(PAG XXVI)上,未来组还展示了对世界上已知基因组最大的物种-重楼百合(基因组大小~152Gb)进行基因组学分析的结果,引起诸多关注。

据了解,未来组将持续扩大Oxford Nanopore测序平台,打造包含三代单分子测序、光学图谱、三维基因组学等多方位的组学研究中心,还将在RNA直接测序、表观转录组学等领域进行深度的探索。其母公司希望组将凭借未来组在科研领域的深耕积累,挖掘Nanopore技术在复杂疾病的检测应用,实现“用新技术让复杂疾病的诊断更简单、更精准”。

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本文由 测序中国 作者:王迪 发表,转载请注明来源!

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