产业

Hello 未来!Oxford Nanopore测序数据国内惊艳首发!

PacBio SMRT单分子实时测序技术近年来屡登CNS等顶级期刊,基因组学领域研究人员皆被其长读长优势所吸引,而屡传能与之“抗衡”的新型纳米孔测序法Oxford Nanopore却迟迟到最近才正式露面。去年底,Oxford Nanopore公司凭借其独特的便携式测序技术,获融资1.26亿美元,其目前已经有包括MinlON便携式DNA测序仪、PromethION高通量测序仪以及VolTRAX自动样品/文库准备系统等多种产品。其中MinlON是目前世界上唯一上市的便携式测序仪。然而,遗憾的是,至今,Oxford Nanopore测序数据从未在中国露过面。

武汉未来组(NextOmics)作为国内三代测序技术应用的开拓者,自2011年起一直致力于将领先的技术提供给关注前沿科学的合作伙伴,是中国首家PacBio测序服务供应商,是亚太区首批PacBio Sequel测序中心,凭借5年多的技术积累,成为世界领先的三代测序中心。

今天,未来组公司发布了国内首个Oxford Nanopore (ONT) 数据,为大家引荐突破测序界“摩尔定律”的Oxford Nanopore测序技术。

Oxford Nanopore自诞生以后,因优点众多,而备受关注,未来组已于数月前引入该平台,且看最近新鲜出炉的测序数据测评吧,且看且收藏哦~

【未来组采用人血源DNA,构建>10kb文库,于Nanopore MinION测1个flowcell,对下机reads进行质控统计,并与参考序列进行比对。】

高产出 高质量

单个flowcell产出约2.5G,与文献中使用Nanopore MinION测序组装人类参考基因组时的平均产出相当:~2.3Gb[1](39个flowcell共产出91.2Gb),并且其中高质量reads比例>80%。

超长读长

随后评估reads读长分布,平均读长~13.5kb,long reads最长达137kb,高于文献中的测序数据[1](Mean read length ~8.6kb)。

与参考基因组比对mapping率高

将reads与参考基因组GRCh37比对,评估测序数据的准确度,mapping率高,符合预期。初次测评就介绍到这里,后续未来组将持续优化建库上机条件,带来更惊艳的数据,记得持续关注哦。

简评

记得今年早期,向稳(基云惠康创始人)在一篇微信文章中就提出,中国哪家测序公司会首先推出Oxford Nanopore的测序服务?我们今天算是给出了一个正式的答复。

三代测序是武汉未来组从2012年开始,就确定的差异化发展的战略。在2013年3月11日,正式推出三代测序(PacBio平台)服务以后,武汉未来组就一直不遗余力的推动三代测序在各个领域的应用,从一开始是在线粒体、叶绿体、细菌的基因组组装、表观修饰分析,逐步过渡动植物基因组的组装、人类基因组的组装、全长转录组等领域,武汉未来组一直走在了探索的前沿。今天,我们推出三代测序的又一个新平台,Oxford Nanopore,这对于我们来说,是一个新的里程碑。坦率的说,是否中国首家推出Oxford Nanopore测序服务,对于武汉未来组来讲,已经没有实质性的意义,但是,对于一个追求技术极限的团队来说,不走在技术的最前沿,就是一种耻辱,是我们不能接受的。

今天,我们公开的数据结果,仍然是很初步的数据,Oxford Nanopore平台仍然是一个早期应用的平台,还有很多不完美的地方。但是,我们相信,这条道路通向的,一定是一个崭新的世界!

Hello,未来!

Hello,Next-generation Omics !

—— Wonder

2017年9月15日凌晨

简评于武汉光谷

参考文献

[1] MJain, S Koren, J Quick, et al. Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads. bioRxiv.2017

【注】如果您愿意参与到Oxford Nanopore数据的分析中来,请点击阅读原文,或登陆武汉未来组官方网站(www.nextomics.cn),获得Oxford Nanopore原始数据。

文案:周红梅  李赟

审核:张盖华  王锋

编辑:张芳芳

 有关未来组

武汉未来组生物科技有限公司(Nextomics Biosciences)成立于2011年8月8日,总部位于武汉光谷生物城,目前在北京生命科学园和美国纽约设立有分支机构,是世界领先三代测序基因组中心。

未来组通过三代测序生物信息学工具和流程的开发,解决了复杂基因组组装、微生物完成图组装、全长转录组分析、人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈,推动了基因组学研究的升级换代,目前已经完成数百个三代测序科研项目,发表了多篇三代测序的科学文献。因为专注于三代测序技术开发和应用推广,未来组已成为三代测序技术应用的第一品牌。

(8)

本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

热评文章