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相达生物和MD安德森癌症中心联合研究成果发布:cfDNA回收率比行业金标提升数倍,可检测到更多基因突变

相达PHASIFY™ MAX游离核酸提取试剂盒

- 导读 -
作为液体活检领域的颠覆性突破成果, 相达生物科技公司的创新液相核酸提取技术最新研究成果在2020年美国癌症研究协会(AACR)年会上进行了报告展示。该研究项目由相达生物和美国安德森癌症研究中心(MD Anderson Cancer Center)联合进行。项目取得的突破性研究结果表明:和传统固相技术行业金标相比,相达生物的创新液相提取技术在cfDNA的总回收率方面提升数倍,可以检测到更多基因突变,能够显著提升下游检测的灵敏性,为液体活检的应用提升了更大的拓展空间。

长期以来,利用液体活检技术从人体血浆中提取出的游离核酸(cfDNA)的数量相对较少,这不仅限制了液体活检的应用,更影响其实现长足发展。

在癌症的早期筛查和诊断治疗方面,用液体活检技术检测癌症的基因突变信号遇到的关键瓶颈,往往在于从患者血浆中回收cfDNA的环节。虽然近年来分子诊断学的技术取得了很大进展,但液体活检仍受到输入样本质量的限制。对于早期癌症患者,使用传统的固相cfDNA提取技术,每5mL血液中提取到的游离肿瘤DNA(ctDNA)甚至低至3个基因突变拷贝。

近年来,出现了很多新的技术和方法去尝试改善癌症液体活检的下游分子诊断和生物信息学分析环节。但是,在上游的样本制备和靶标cf / ctDNA的富集方面,一直没有太大进展。 在这一领域,相达生物进行了不懈努力,其突破性液相萃取技术(PHASIFY™)可以显著改善cf / ctDNA的提取和纯化。

PHASIFY™ 液相提取技术

据悉,PHASIFY™是由美国加州大学洛杉矶分校的生物医学工程系的科学家们开发的基于液相萃取机制的创新样本制备技术。该技术融合了一系列的创新机制,能够将样本分成两个不同的液相,通过这一方法利用试剂的物理和化学性质可以从人体血浆中分离出cfDNA,去除污染物,从而实现对样本的富集和纯化。PHASIFY™的创新技术可以优化提取效率,从而大幅提高cfDNA的产量。

PHASIFY™液相提取技术和固相技术的对比

相达生物和美国MD安德森癌症研究中心的联合临床样本测试

在美国MD安德森癌症研究中心分别使用相达和Qiagen的产品进行的一项头对头研究中,结果显示,PHASIFY™提取出的cf/ctDNA产量是传统固相提取产品(Qiagen)的数倍以上,从而能够在癌症患者的血浆样本中检测到更多的基因突变。

实验方法

实验使用Qiagen QIAamp游离核酸提取试剂盒和PHASIFY™ MAX游离核酸提取试剂盒,分别提取89位癌症患者(包括已知在血液中释放的cfDNA浓度很低的癌症类型:例如甲状腺,胰腺)血浆样本中的cfDNA,并对回收率和检测到的基因突变拷贝数进行比较。该实验使用1mL的患者血浆样本,所有患者的样本在组织活检的检测结果中BRAFKRASNRAS突变均为阳性。该测试使用Quant-iT PicoGreen dsDNA分析测定总DNA回收率,并使用基于探针的(BRAFKRASNRAS)数字PCR(ddPCR; Bio-Rad,Hercules,CA)确定基因突变的情况。

研究结果

结果表明,和传统的固相提取方法相比,PHASIFY™ MAX得到的cfDNA回收率有数倍提升,灵敏度更高,可检测到更多基因突变并改善低cfDNA脱落的肿瘤检测的灵敏度。

图1:PHASIFY™ MAX和QIAamp CNA提取的总DNA对比

表1:PHASIFY™ MAX和QIAamp CNA的灵敏性以及特异性比较

图2:PHASIFY™ MAX和 QIAamp CNA提取的基因突变拷贝数对比

表2:在13个难以检测的样本中 PHASIFY™ MAX能检测到基因突变,而QIAamp CNA无法检测到。在这13个样本中,有3个是胰腺癌样本。这表明对于低cfDNA脱落的肿瘤,PHASIFY™ MAX可以改善其基因突变检测的灵敏度。

图3: 使用两个产品提取的样本,从选取的2D 图(ddPCR)对比中可以看出, PHASIFY™ MAX(左)比QIAamp CNA(右)检测到更多的基因突变。

结论

研究结果表明,与传统的固相提取方法相比,PHASIFY™ MAX的cfDNA回收率更高,从而提升了基因突变检测的灵敏度。通过回收到更多的cf / ctDNA用于下游分子诊断,PHASIFY™ MAX可提高临床检测的灵敏性,并有望为液体活检应用领域的行业难题(例如癌症早期治疗方案、愈后跟踪和癌症早筛)提供新的可行性解决方案。

该研究结果由德州大学安德森癌症中心医学博士Filip Janku在2020年6月22日~24日召开的AACR年会上进行了报告宣讲。

针对这一研究结果,Filip Janku博士表示:“和传统的固相核酸提取方法相比,相达的技术有突破性的提升。使用相达的产品能够从患者血浆样本中提取出更多的cfDNA,这对于提高下游检测的灵敏度、检测效率以及降低成本至关重要。”

相达生物创始人兼首席执行官招彦焘博士表示:“很高兴看到我们和安德森癌症中心的合作取得如此令人欣慰的研究成果,也非常期待我们的技术为液体活检应用带来更大的拓展前景,尤其是在实现早期癌症筛查和精准诊断治疗方案等方面。”

关于相达生物科技

由美国资深科学家创立,相达生物科技是一家拥有前沿生物科技、快速增长的生物科技公司。相达生物研发了突破性的样本制备技术,公司聚焦液体活检和现场快速检测等领域,旨在通过创新的技术和产品提升人们的健康管理水平。了解更多,请浏览www.phasescientific.com。

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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