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加州大学CZ-Biohub实验室Ashley L. Byrne博士 | 结合纳米孔长读长测序和Cas9优化北极熊转录组注释

   课  程  背  景

近日,Oxford Nanopore Technologies联合探基平台为大家带来国内外研究者们利用纳米孔测序进行RNA研究的系列讲座。在第八期纳米孔转录组研究课程中,加州大学CZ-Biohub实验室Ashley L. Byrne博士分享了其开发的Long-DASH工具,以及利用该工具完成北极熊全血样本全长cDNA测序和转录组异构体分析。

第八期:结合纳米孔长读长测序和Cas9优化北极熊转录组注释

Ashley L. Byrne博士

加州大学CZ-Biohub实验室

  • 研究背景

过去几十年以来,随着测序技术的高速发展,如何从数据中挖掘具有生物意义的信息已经成为很多研究的关键,对基因的功能进行预测和注释是一个重要问题,如选择性剪切、选择性表达、假基因等。

目前,大多数基因功能注释都基于传统的短读长RNA测序数据,而该技术依赖于片段化以及对段片段DNA/RNA进行扩增,仅能覆盖部分转录本的长度,且往往会生成错误的组装。加州大学Ashley L. Byrne博士,基于纳米孔测序能够灵活识别全长转录本、各基因的多个同源异构体、量化问题异构体等优势,开发出Long-DASH工具——通过CRISPR/Cas9技术去除非模式生物中冗余的转录本,利用纳米孔长读长测序技术完成异构体水平的转录组分析。

  • 课程内容:

· 去除全血和组织样本中冗余转录本的重要性

· Long-DASH工具——通过CRISPR/Cas9 去除冗余转录本,利用长读长测序完成异构体水平的转录组分析

· 利用Long-DASH,结合纳米孔长读长和其他短读长测序技术,完成北极熊全血样本全长cDNA测序和转录组异构体分析。

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 报 名 方 式

注:Nanopore技术目前仅供研究使用。

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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