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Nucleic acids research | KnockTF:一个全面的人类的转录因子敲降/敲除的基因表达谱数据

图片1.png转录因子及其靶基因在人类疾病和生物学过程中起重要作用。转录因子敲降/敲除前后的基因表达谱分析是获得转录因子靶基因、探索转录因子功能的最重要策略之一。关于转录因子敲降/敲除的人类基因表达谱数据集迅速积累,基于对这些数据收集和处理的迫切需要,哈尔滨医科大学大庆校区的冯陈晨老师研发了KnockTF数据库

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图:KnockTF首页,相关研究章目前已被Nar收录

KnockTF http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html)  是一个全面的人类的转录因子敲降/敲除的基因表达谱数据库。从20199月末课题发布以来,到9月25日,访问人数到达5378人次,覆及世界各国!

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KnockTF提供了大量与转录因子敲降/敲除相关的人类基因表达谱数据集,和转录因子及其靶基因的注释信息。目前版本的KnockTF人工收集了570RNA-seq和芯片数据集,包含308个转录因子,它们在不同组织或细胞类型中被敲降/敲降,涉及了多种不同的敲降/敲除方法。KnockTF提供了转录因子的上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息,以及转录因子绑定到靶基因启动子、增强子和超级增强子的详细绑定信息。同时,KnockTF构建了一个转录因子-差异表达基因网络方便用户进行网络分析可视化。

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除此之外,KnockTF提供了一下四种搜索方式以及两个分析工具,具体如下:

1.TF搜索 (Search by TF)

2.Target Gene搜索 (Search by Target Gene)

3. Knock-Method搜索 (Search by Knock-Method)

4.Tissue Type搜索 (Search by Tissue Type)

5.子网络分析 (Subnetwork Analysis)

6. TF富集 (TF Enrichment)

综上,KnockTF帮助阐明了转录因子相关的功能和潜在的生物学效应。

KnockTF数据库网址:http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html

原文链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkz881

注:文字来源于哈医大大庆生物信息协会宣传部

 

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