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中国人群前列腺癌多组学研究登顶Nature,揭示中国人群特有的分子特征 | 专访诺禾致源项目组

引言 -

此次研究是迄今为止最大规模的中国人群前列腺癌队列研究,从多组学层面揭示中国人群前列腺癌特有的分子特征,为中国前列腺癌人群个性化治疗提供了数据支撑和理论依据。

2020年3月25日,国际顶级期刊Nature(IF 43.07)在线发表了由海军军医大学长海医院泌尿科孙颖浩教授、高旭教授,美国华盛顿大学王艇教授团队联合诺禾致源研究与合作中心癌症研究部,共同完成的关于中国前列腺癌人群特有多组学分子特征的最新研究成果(A genomic and epigenomic atlas of prostate cancer in Asian populations)。

研究成果发表于Nature期刊,来源:Nature

前列腺癌(PCa)是全球男性第二常见的癌症。伴随着测序技术的发展,科学家们对前列腺癌展开了多项深入研究,确定了前列腺癌的基因组图谱特征,鉴别出了许多潜在的驱动事件。但目前几乎所有的研究都是基于西方人群。考虑到东西方人群在前列腺癌上潜在的差异,研究团队从多组学层面揭示了中国人群前列腺癌特有的分子特征,为中国前列腺癌人群个性化治疗提供数据支撑和理论依据。该研究是迄今为止最大规模的中国人群前列腺癌队列研究。

大队列的多组学研究离不开科学严谨的实验设计、强有力的硬件设施及生物信息专业团队的有力支持。为了了解这项重磅研究背后的故事,测序中国对诺禾致源科技服务总经理郑琪、该项目的生信负责人李晓云、癌症研究部总监张肖肖进行了专访。

郑琪:多组学研究揭示中国前列腺癌的全景特征

多组学、多平台、全方位的探究生命的根本,依靠强大、全面的技术平台,提供领先的基因组学解决方案,协助科学家迎接复杂挑战,一直是诺禾致源发展的理念。郑琪介绍道。

本次研究涵盖了208例原发性前列腺癌的癌组织和癌旁样本的全基因组、全基因组甲基化和全转录组的多组学数据,首次发布了中国前列腺癌的基因组和表观组图谱;通过与2554例西方人前列腺癌的比较基因组学研究,发现了不同于西方人群的基因组特征,比如关键靶标41%的FOXA1突变、18%的ZNF292和CHD1缺失,并发现肿瘤的进展与全基因组低甲基化程度的紧密相关性,非编码区在肿瘤发展过程中的重要作用。整个研究展示出对于个体突变的致癌机制以及易感因素研究的必要性,对于精准医疗时代的靶向治疗和预防有着重要意义。

中国前列腺癌队列突变全景,来源:Nature

李晓云:科学严谨的研究设计及生信分析是发现中国前列腺癌分子特征的基础

一篇顶级文章的发表离不开严谨的实验设计。该研究的主旨是研究前列腺癌的人种差异,通过比较基因组学探寻中国前列腺癌人群特有的分子特征。在本次实验之前,孙颖浩教授团队长期致力于中国人群的前列腺癌的研究,在2017年的《European》上即发表过中国人群前列腺癌的分子分型的初探结果。本次扩大样本队列后,研究团队从多个组学层面深入挖掘并确定了中国前列腺癌特有的分子特征。

生信分析的严谨细致是发表高水平论文的基础。李晓云表示,从原始数据到基本变异的检出,就经过了四五轮的重复推敲与调整。研究团队整合了PCAWG(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes)的分析方法,结合多软件共同检测的方式,以最严谨的态度确定并搭建了分析流程。利用该流程进行2554例TCGA数据分析,分析结果与发表的TCGA结果高度一致,极大地推动了项目进程。前面走的踏实后面就顺当很多,只有夯实基础才能离真理更近,李晓云如是说。

中国前列腺癌队列的甲基化与分子分型,来源:Nature

张肖肖:高效合作、强有力的资源配置是前列腺癌研究的强力支撑

据张肖肖介绍,严谨细致是其在该研究过程中最大的感受。在与诺禾致源正式合作之前,孙颖浩教授团队就通过标准品的比较、统计分析质量回馈对生产环节进行了严格的把控。在后续项目执行过程中更是将这一理念贯穿始终,包括文章的写作、数据的保存传输都非常严格的按照人遗条例进行,定点、定人、保密拷贝传输,有着非常严谨细致的规划。

其次,高效的团队合作是项目成功的关键所在。项目组主要负责人李晶副研究员联合诺禾致源的生信分析团队及强大的实验平台,共同打造了前列腺癌研究的中国速度及中国质量。整个项目200多例病人的样本、四个组学的数据,仅上机数据量就200多个T。该项目从启动到获得全部数据仅用了2个多月的时间,在分析过程中更是配置了上百个节点以及近千T的存储,为项目的数据分析提供了强有力的保证。

此外,项目运营团队采用专项运营模式也保证了项目的运行效率。诺禾致源组建了专门的大项目团队,配置了专项负责人、运营经理、销售经理、技术支持、各个组学的生信负责人及技术总监等,大家各司其职、高效配合,保证了项目的高效运转。张肖肖表示:“在这里想点赞一下本文的第一作者、我们的合作伙伴李晶老师。李老师科研思维缜密、科研要求高标准、科研工作高效率,是一位有匠心的科学家。”

最后张肖肖还说到,为中国肿瘤研究提供全方位的解决方案及技术支撑是诺禾致源一直以来的愿景。后续公司将举办针对Nature文章解读的系列公开课,和肿瘤研究领域的各位专家面对面的交流,分享文章背后的故事,探讨癌症的奥秘,为国人的癌症精准医学研究贡献力量。

进入链接,获取Nature原文及关注公开课消息:https://www.wjx.top/jq/58380337.aspx

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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