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专访裕策生物产品总监杨琳:关注真实临床需求,肿瘤精准免疫治疗之路终将清晰!

近年来,肿瘤免疫治疗已成为恶性肿瘤治疗的重要手段之一。但免疫治疗只对部分患者有效,并且还会出现耐药、超进展以及免疫相关严重不良反应等问题。因此,如何准确筛选最有可能从该疗法中获益的人群、及早避免不良反应的出现,已成为当前肿瘤免疫治疗实践中的重大挑战。

在国内较早专注肿瘤精准免疫治疗的基因公司中,裕策生物以“基因”+“免疫”为双翼,将肿瘤基因组与免疫微环境结合,帮助肿瘤患者选择最适合的治疗方案。近日,测序中国对裕策生物产品总监杨琳进行了专访。采访中,杨琳总监为我们深度解读了裕策生物的战略发展方向与伴随诊断技术、产品的优势,分享了其对肿瘤新生抗原未来发展的看法,并阐述了裕策生物未来的布局规划。下面,让我们一起了解裕策生物肿瘤精准免疫治疗的发展之路。

“基因”+“免疫”,关注真实临床需求

测序中国:随着肿瘤免疫治疗的快速发展,对应的分子检测技术也迎来了高速发展期。您认为当前肿瘤精准免疫诊断面临哪些挑战?

杨琳:免疫诊断是伴随肿瘤免疫治疗出现的真实临床需求,但目前肿瘤免疫诊断的biomarker并不成熟,尚不能高效解决临床问题,主要表现在如下几个方面:

首先,目前临床使用的肿瘤免疫诊断biomarkers,如PD-L1表达、MSI、TMB,都只能筛选出一部分免疫检查点抑制剂单药获益人群,其敏感性、特异性不尽如人意,并且在检测方法、cut-off值等方面尚缺乏统一标准,提高了临床应用的复杂度。

其次,大量科学研究性质的biomarkers不断涌现,尤其是耐药、超进展、副反应等免疫负向指标,不可能仅通过药企推动的上市临床试验得到发现和验证,需要在真实世界研究中进行验证

另外,尽管biomarkers众多,但大多需要基于患者组织样本进行检测,临床实践中常常遇到患者无法取得足够组织的情况,加上肿瘤组织存在瘤内和瘤间异质性的局限性,这些也给肿瘤精准免疫诊断带来了巨大挑战!

测序中国:作为早期国内专注于肿瘤精准免疫诊断的基因公司,裕策生物在该领域进行了哪些革新和突破?我们如何才能让肿瘤免疫治疗更有效?

杨琳:目前,裕策生物在肿瘤精准免疫诊断领域已经做出了很多努力,并进行了技术的革新。

1. 开发YuceOne® Panel

“工欲善其事,必先利其器。”要实现肿瘤精准免疫,我们首先需要一个研究肿瘤免疫的工具。以往的肿瘤基因组研究依赖于全基因组或全外显子组测序,由于肿瘤的高度异质性,高深度测序需要付出超高成本,因此基因捕获panel成为一个替代方案。目前绝大部分肿瘤panel都是以药靶和驱动基因为底层设计逻辑,而对于肿瘤免疫来说新生抗原的释放和递呈相关基因则更为关键。

基于多年在肿瘤基因组领域的深耕和对肿瘤免疫的深入理解,裕策的技术团队借助超级计算机和独有的中国肿瘤基因组数据库,使用TrueNeon®技术挖掘中国人群新生抗原高度相关的基因,开发出YuceOne®——全球首个以肿瘤新生抗原为核心的基因panel。YuceOne® Panel包含757个高频产生新生抗原的基因,仅用全外显子组3%的大小来表征肿瘤免疫多个步骤的关键基因区域,相比以驱动基因为底层设计逻辑的Panel FoundationOne®,对新生抗原抗原的检出率更高(20% vs 7%)。YuceOne®为全面的临床肿瘤精准用药检测、免疫诊断biomarker开发提供了经济、高效的工具。

2. 发起“天梯计划”

前期研究提示中国人群高发的癌症类型、致病因素、基因组特征等都与西方人群有显著差异,而现有的临床研究成果主要是基于西方人群的数据,“拿来主义”未必有效。并且我们深知要解决肿瘤精准免疫治疗面临的临床问题,是一项系统工程,需要临床专家、制药企业、检测公司三者紧密合作。基于上述两点思考,裕策生物于2017年3月发起了国内首个专为肿瘤免疫治疗发起的真实世界研究——“天梯计划”。其核心目标是建立中国首个万人级别的3D肿瘤免疫基因组数据库(3D:肿瘤基因组、肿瘤微环境、临床治疗),为临床肿瘤治疗的医生提供辅助治疗决策,为药企开发药物提供可信靶点选择,建设合作、互利、共赢的抗癌“天梯”,加速最新肿瘤免疫疗法的临床转化,帮助实现中国抗癌壮举。

“天梯计划”开展两年来,积累了4000多例免疫治疗临床数据,涉及12种中国高发癌种,8种在中国上市或开展临床试验的PD-1/PD-L1抗体药物,与100余家三甲医院建立了合作关系,和十多家药企开展伴随诊断、新型疗法的联合开发。

随着多种PD-1/PD-L1抗体药物相继在国内获批上市,“天梯计划”的患者入组将会进一步加速,在研究方向上也会更加聚焦:重点关注中国人群非小细胞肺癌、消化系统肿瘤、泌尿系统肿瘤的biomarker研究;同时我们对临床关注的免疫联合治疗、免疫辅助/新辅助治疗、免疫治疗副反应(irAEs)相关biomarker也会开展研究。

YuceOne®伴随诊断,多指标综合评估免疫治疗用药

测序中国:裕策生物基于TrueNeon®技术开发的伴随诊断产品YuceOne®具有哪些特点与优势?

杨琳:基于YuceOne® Panel我们开发了国内首个专门针对免疫检查点抑制剂疗效评估的检测产品YuceOne® ICIs。该产品包含了30个免疫用药的正负向标志物检测与解读,以及结合多个指标的综合评估,是目前评估免疫用药指标最全面的检测产品。首先,我们对公认核心指标PD-L1表达\MSI\TMB的检测进行了优化,确保“人有我准”。PD-L1表达检测补充经典的免疫组化技术,选用Keytruda(通用名称Pembrolizumab)获批的伴随诊断抗体22C3,PD-L1染色效果最佳,准确度更好。MSI检测使用芯片内置的339个微卫星位点,与PCR-毛细管电泳法相比,检测一致性为100%,并降低了假阴性率。一次NGS检测同步获得MSI状态和MMR基因突变情况,为评估结直肠癌和某些实体瘤预后以及辅助治疗方案制定提供重要参考。

衡量一款Panel TMB检测性能最直接的标准是和WES的一致性比较,根据63例临床肿瘤组织样本的数据统计,YuceOne® Panel检测TMB和WES TMB具有高度相关性(皮尔森系数0.92)。同时,裕策的TMB检测在“天梯计划”各大癌种中免疫治疗疗效预测的临床有效性均得到了验证,我们也在积极推动相关标准的制定。

在此基础上,YuceOne® ICIs还提供HLA LOH(HLA loss of heterozygosity,HLA 杂合性丢失)、TNB(Tumor Neoantigen Burden,肿瘤新生抗原负荷)等特色指标作为上述公认指标的辅助,做到“人无我有”,进一步提高疗效预测的特异性。HLA在新生抗原呈递起到关键作用,表征了宿主和肿瘤的免疫状态,是连接肿瘤基因组和T细胞效应的桥梁。HLA基因区域高度复杂,基于我们前期积累的万人中国人群 HLA 单体型数据进行了 HLA 区域捕获探针的优化。经过和专门的HLA分型芯片的分析结果进行对比,HLA-I 分型一致率高达96.67%,可实现准确的HLA分型检测,无须补充进行其他方法的HLA分型。在“天梯计划”数据库中,我们在40%的肿瘤患者的组织样本中检出了HLA LOH的发生,并且在TMB较高的样本中发生频率更高。提示有必要同时检测肿瘤组织样本的TMB和HLA LOH水平。只进行患者胚系HLA分型,会遗漏肿瘤细胞HLA的实际情况,无法准确指导免疫用药。目前的TMB是以简单的体细胞突变计数表征新生抗原的数目,中间还缺少了多个步骤的信息,比如突变是否表达、突变蛋白的加工和转运,以及肽段和MHC I类分子的亲和力,另外大量研究表明不同突变类型在抗肿瘤免疫反应中的作用大不相同,这些信息在TNB的计算时都会囊括进来,因此是更直接反映新生抗原水平的指标。根据我们对一千多例临床样本的统计分析,TMB和TNB的一致性为75%,存在TMB-H但TNB-L的情况,这类肿瘤突变免疫原性较弱,可能不会从ICIs治疗中获益。但TNB的临床应用还需要更多证据,目前可以作为TMB的辅助性指标。

随着研究进展,PD-1/PD-L1抑制剂药物已经跨越二线,进入一线,临床上需要在化疗、靶向、免疫、联合等多种治疗手段中选择最适合患者的方案作为治疗的起点。YuceOne® Plus应运而生,在ICIs的基础上补充重要的靶向、化疗基因,并提供新生抗原序列打分排序结果用于评估个体化治疗。通过一次检测全面评估免疫检查点抑制剂、靶向、化疗、个性化疫苗和细胞治疗5种治疗方法,最大可能找到患者适合的治疗方案,避免无药可用的困境。

晚期肿瘤患者往往已经失去手术的机会,部分患者穿刺不耐受而既往石蜡样本已用完,对于这些取不到组织的患者,如何进行准确的免疫诊断是临床面临的实际问题。使用血浆ctDNA检测靶向用药基因突变已经是非常成熟的临床应用,而基于血浆样本的免疫治疗标志物的临床应用还处于探索阶段,近一两年已经有证明bTMB(blood TMB)疗效预测价值的临床研究和文献发表。针对免疫核心 biomarker TMB和MSI的检测,我们开发了独有的算法:bTMB检测采用机器学习模型,相比突变计数法改善了因低频突变检测不准确,或组织/血液间突变异质性导致的和组织TMB一致性低的问题,R2可以达到0.87,远高于国内外现有产品。我们开发的bMSI算法计算出的bMSI数值与组织MSI检测结果对比具有89%的准确性,特异性达100%。基于这两项核心指标,裕策生物的血液版检测产品YuceOne® Plus NI和YuceOne® ICIs NI现已上市,将为更多患者带来福音。

聚焦新生抗原,推动个体化肿瘤疫苗发展

测序中国:继PD-1、CAR-T之后,基于肿瘤新生抗原的个体化肿瘤疫苗展露了广阔技术前景,您如何看待这一技术?该领域的临床转化需要突破哪些壁垒?

杨琳:基于新生抗原的个性化肿瘤疫苗在黑色素瘤、脑胶质瘤等实体肿瘤中取得突破,显著提高患者的生存期,已经成为临床上多线治疗失败后可以考虑的治疗手段,还可以和其他治疗方式联合以提高总体疗效。新生抗原预测是肿瘤疫苗等个性化免疫治疗中的关键环节,由于其生物学过程复杂、数据库不完善、算法缺乏统一标准等原因,目前是个难点。另外,基于新生抗原的个体化治疗涉及新生抗原表位肽的预测、验证、疫苗制备、治疗、监测等多个环节,需要建立多方合作。

测序中国:裕策生物在该领域进行了怎样的尝试?并取得了哪些成果?

杨琳:TESLA联盟(国际新生抗原筛查联盟)是由Parker研究所投资创建的非盈利性组织,旨在制定全球新生抗原检测标准,组织成员囊括了全球最顶级的医院、科研机构、免疫治疗的药企、检测机构。裕策生物是国内首个加入的单位,TrueNeon®是国内唯一经TESLA验证的算法。裕策生物已经参与了TESLA组织的两轮测试工作,TrueNeon®算法对新生抗原预测的敏感性和特异性均位居参评机构前列。

裕策生物目前已参与了数项新生抗原个性化治疗相关的临床试验,与十余家治疗机构建立了合作,其中裕策生物和华西医院魏于全院士团队“基于肿瘤新生抗原的个体化疫苗用于晚期肺癌恶性肿瘤的治疗进入临床研究”入选2018年中国医药生物技术十大进展。

以患者为中心,深耕肿瘤免疫“诊”“疗”领域

测序中国:随着全球肿瘤免疫治疗产品管线的增长,您认为免疫治疗会成为肿瘤的终极解决方案吗?您如何看待这一领域的远期发展?

杨琳:目前大量PD-1/PD-L1临床试验正在如火如荼地开展中,但人类抗击肿瘤的历史启发我们在热潮下不忘进行冷思考:免疫治疗到底是肿瘤的终极解决方案还是镜花水月般的虚假繁荣?目前下结论还尚早,但可以肯定的是:相比传统的治疗方式,经过PD-1抑制剂治疗后的晚期癌症患者五年生存率达成了数倍的提升,这是前所未有的、了不起的成就;另外,我们可以看到免疫治疗的长尾效应——一旦起效可以给一部分患者带来长期生存,是目前唯一有望将癌症变成“慢性病”的治疗方式。

但免疫治疗存在的总体有效率低的问题,耐药问题,超进展以及免疫相关严重不良反应,都是横梗在我们面前的障碍。目前临床试验的趋势是联合治疗,理想的联合治疗方式是深入了解每种治疗方式的特点,然后精准诊断出每个患者肿瘤免疫逃逸的机制,“对症下药”,使肿瘤免疫循环恢复正常化。这样的免疫诊断需要多个biomarkers综合评估,以实现更精准的单药有效人群(耐药、毒副作用人群)筛选,并为联合治疗提供依据,实现个体化治疗。

测序中国:未来,裕策生物将如何巩固国内肿瘤免疫诊疗领域的领导地位,进一步推动实现个体化肿瘤免疫治疗的闭环?

杨琳:裕策生物将在肿瘤免疫的“诊”“疗”领域继续深耕。在免疫诊断方面,相比单个biomarker的独立评价,我们已经在TMB、TNB、HLA LOH等多个指标的综合评估方面做出了探索,随着“天梯计划”数据的积累,我们的目标是建立一个肿瘤免疫综合评价模型,不仅使免疫单药的适合用药人群筛选更准确,也为免疫联合治疗方案的制定提供依据。在个体化治疗层面,借助“天梯计划”,我们积累了大量的中国人群新生抗原数据库,结合“裕泰抗原”验证平台,可实现个体化肿瘤免疫治疗闭环,并具备开发通用免疫治疗靶点的潜力。

“不畏浮云遮望眼,只缘身在最高层。”裕策生物秉承以患者为中心,改善肿瘤诊疗为己任,不忘“让肿瘤免疫更有效”的初心和使命,将继续奋战在精准医疗的主战场,提供解决临床需求的产品和服务。拨开迷雾,肿瘤精准免疫治疗的路径终将清晰!

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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