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精准医学开源知识库——CIViC数据库 | 探基数据库课程第六课

高通量测序技术的快速发展,产生了大量的基因数据,生物信息迅速膨胀成为数据的海洋。为适应这种高通量基因表达数据的不断增长并满足人们共享数据的需要,各种数据库应运而生。其中,除了TCGA、GO这类通用数据库以外,肿瘤精准医疗等相关专业数据库的建设速度也是突飞猛进。

数据库信息量巨大,功能繁简不一。自2018年6月,探基学院推出了多节精准医学数据库的讲解课程,反响热烈,累计学员数千人。2019年伊始,应广大学员要求,探基学院数据库课程第六课——《精准医学知识库——CIViC》于今日正式上线!精彩内容不容错过!

课程介绍

伴随着二代测序(NGS)技术的广泛临床应用,大量肿瘤基因变异得以被检测到,而如何解读如此众多的基因变异信息?这些变异信息又带来了怎样的临床提示?同时,如何设计panel覆盖并检测出其中有重要临床意义的基因及变异?这都需要强大的基因变异解读知识库作支持。CIViC数据库就是伴随NGS技术临床应用产生的数据库之一,与我们熟知的MSKCC的OncoKB属于同等量级。该数据库由Washington University in St. Louis医学院完成主要搭建,是一个在肿瘤精准医学领域有着独特风格的知识库。

CIViC数据库全面收录了肿瘤治疗、预后、诊断和易感性等相关的肿瘤胚系、体系基因变异。在数据库建设方面,CIViC这一知识库基于开源代码,数据内容可开放获取,并且可以吸纳专业从业者广泛参与,在后期维护过程中更多采用Community的形式,因此也可以认为是一个“肿瘤基因变异解读社区”。相信CIViC这样一个汇集各方资源不断更新且永久免费的强大的知识库,可以为NGS技术在肿瘤临床诊疗中更好的发展提供支持和助力。

本课程由探基平台特邀讲师王小可讲解,旨在深入浅出介绍CIViC这一数据库,力求对无论行业“菜鸟”,还是资深“老炮”都能有所帮助、启发思考。

课程内容

  • CIViC数据库建立的原则及标准;
  • CIViC数据库收录的数据证据类型;
  • CIViC数据库可能的应用场景;
  • CIViC数据库使用介绍及参与方式。

课程报名

探基“数据库课程”邀您加入

公共数据库做为肿瘤领域一大工作利器,除了在科研领域助力科研力量发展,同时也在临床领域协助临床人员更好的解读基因诊断报告。为了让大家更好的掌握和利用数据,探基为大家策划了系列课《精准医学研究—必学数据库》。目前已经上线了TCGA、COSMIC、HGMD、ClinVar、OncoKB、CIViC六个数据库,还有哪些数据库是你想学习的?欢迎留言告诉我们。

如果您是精通数据库的使用者,我们也邀请您加入探基讲师队伍,有偿合作。数据库讲师申请流程:探基公众号(GeneTV)菜单栏点击“个人中心”,申请“成为探基讲师”。

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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