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纳米孔测序系列讲座丨香港大学张彤教授:使用纳米孔测序检测污水中抗生素抗性基因

抗生素自问世以来,成功解决了临床上部分细菌感染的难题。然而,抗生素的不合理使用导致细菌对抗生素药物敏感性减小,使抗生素疗效降低甚至无效,产生细菌耐药性。目前,细菌的耐药性作为一个公共健康的严重威胁,受到越来越多的关注。这不仅是一个医学和公共健康的问题,同时也是新兴的环境污染问题,但是我们对它的认识还十分有限。

香港大学张彤教授研究团队通过生物信息学的手段,整理已报道的抗性基因的数据库,并针对二代测序结果开发了ARGs-OAP耐药基因的检测分析平台,实现了细胞水平抗性基因的定量分析。结合Oxford Nanopore三代测序技术,进一步促进了对抗性基因的快速鉴定和宿主追踪,极大促进了对耐药菌株基因组的重构,为揭示耐药基因的传播机制提供了重要技术支持。

2019年新年伊始,探基与Oxford Nanopore Technologies联合策划,为大家带来了目前国内科学家们在微生物的不同领域中,使用纳米孔测序的系列讲座。在最新一期的系列讲座中,张彤教授将为我们带来《使用纳米孔测序检测污水中抗生素抗性基因》

 讲 师 简 介 

张彤教授是香港大学土木工程系教授,香港大学公共卫生学院荣誉教授,主要研究方向为环境生物信息学、微生物组学技术、污水生物处理、新兴污染物的生物降解、抗生素抗性基因检测等。在The ISME JournalEnvironmental Science & TechnologyWater ResearchBioinformatics等学术期刊上发表论文200多篇,获得中国和美国专利各一项。2011—2014年间受聘兼任“华大基因”环境微生物和环境生物技术的特邀顾问,2013-2016年受聘兼任南京大学讲座教授,2015年获得中国教育部自然科学一等奖,2016年国家自然科学二等奖,2017年香港大学优秀研究生导师,并入选2018年度全球“高被引科学家”。

本期课程探基学院特邀张彤教授为我们带来《使用纳米孔测序检测污水中抗生素抗性基因》。张教授将介绍其使用纳米孔测序的经验和取得的成果:

1. MinION测序仪的发展和应用;

2.快速分析污水处理厂中的抗性细菌;

4. 遗传元件的分析以及宿主追踪;

5.一张测序芯片12个基因组组装。

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注:Nanopore技术目前仅供研究使用。

讲座内容含未发表的研究数据,未经允许,请勿擅自使用。

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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