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可提前4年发现癌症甲基化信号!鹍远基因公布多癌种早筛队列研究初步成果,或可用于5种常见癌症早期筛查

此前,DNA甲基化已被证明具有组织特异性,可用于早期癌症检测,并可根据循环肿瘤DNA(ctDNA)甲基化特征追踪到肿瘤原发部位。2017年,鹍远基因联合创始人、美国加州大学圣地亚哥分校生物工程系张鹍教授利用开发的高通量甲基化无创检测新技术MONOD,首次实验证明可以利用血液中的ctDNA甲基化信号进行癌症筛查和溯源(Nature Genetics,2017),引起广泛关注和热议,被国内外媒体喻为肿瘤液体活检迈入2.0时代(点击链接,查看此前报道)。

  提前4年发现癌症甲基化信号  

近日,鹍远基因生信分析副总监Athurva Gore博士在2018 ASHG会议上,报告了应用鹍远原创研发的新一代ctDNA甲基化单倍型检测技术PanSeer在癌症早期检测研究中的初步数据分析结果。研究结果显示,PanSeer检测能够比临床诊断最多提前4年发现5种常见癌症的微量癌症甲基化信号,总体敏感度为89.4%。

2016至2018年,鹍远基因与复旦大学泰州健康科学研究院合作进行了基于泰州健康队列癌症早期筛查的研究(TLS队列研究)。根据此前报道,泰州队列自2008年起,采集了120,000多名年龄在30-80岁之间成年人血液样本,并进行了为期10年的随访,是目前国内外唯一可以提供多种癌症确诊前样本的队列,用以验证癌症早筛。研究团队利用PanSeer检测技术,在泰州队列癌症个体样本和健康者样本中,最终证明ctDNA甲基化单倍型检测可以比临床诊断提前数年发现癌症信号,筛查癌症。研究覆盖了中国人群癌症发病率和死亡率最高的五个癌种(肺癌、肝癌、肠癌、食管癌、和胃癌)。

鹍远基因方面表示,该检测技术的假阳性率为7%。目前,该公司正在持续研究并改进PanSeer检测技术。

  结直肠癌检测产品引关注  

2018年10月18日在上海,鹍远健康宣布其与复旦大学附属肿瘤医院、南方医科大学南方医院联合研究验证的基于高通量测序技术的无创ctDNA甲基化检测项目——“ColonES®常乐思®”正式上市(点击链接,查看此前报道)。该公司表示,常乐思®检测只需10mL外周血,即可一次检测1000多个结直肠癌及癌前病变特异甲基化区域,可用于人群结直肠癌、结直肠进展期腺瘤(癌前病变)的检测,进展期腺瘤检出率大于90%,早期腺癌检出率大于95%

与此同时,该公司也在美国圣地亚哥的ASHG上同步公布了相关研究成果。在美国的会议中,鹍远基因美国业务推广经理Dale Yuzuki对该产品数据进行了补充介绍。他表示,在包括癌前腺瘤、I期和II期至IV期癌症患者的1200多个个体的单盲回顾性研究中,ColonES®常乐思®检测腺瘤的敏感性为91%,对I-IV期结直肠癌敏感性为94%-97%,特异性为99%。Yuzuki表示,目前公司正努力使该检测方法通过FDA批准,预计很快就会与FDA就未来的临床试验进行沟通。

对于这类检测项目的发展前,Yuzuki认为,在美国常乐思®检测可能与基于粪便的Cologuard基因筛查拥有相似的市场,Cologuard已经得到了FDA的批准,并用作非侵入性筛查,其阳性结果可反映结肠镜检查结果。从商业角度看,结直肠癌早期筛查是一个非常有吸引力的市场,因为相关检查已经纳入医保。

  新型技术推动癌症早筛  

除鹍远基因外,国外多家其他公司也在关注结直肠癌早期检测市场。例如,2018年早些时候,Cellmax Life在美国开始进行临床试验,利用循环肿瘤细胞(CTC)进行结直肠癌筛查,并计划提交FDA审批。与此同时,Freenome也希望进入结直肠癌早期检测市场,并在10月初提交了关于其cfDNA的分析数据,结果显示,在早期结直肠癌患者的队列中,其检测方法总体敏感度为82%,特异性为85%。此外,Grail正在进行一项15000人的试验,以建立一套cfDNA参考集,在此基础上可以进行结直肠癌早期检测试验。

对于逐渐拥挤的液态活检和癌症早筛市场,鹍远基因方面表示,其他公司虽然也在提供所谓的液体活检分析,但大多是利用ctDNA测序为那些无法进行活检的癌症患者进行肿瘤基因组分析,或监测病情进展或治疗反应。与之相反,鹍远基因专注于癌症早期检测。

值得关注的是,相比于其他检测手段,高通量无创甲基化检测方法PanSeer能够克服传统用于甲基化检测的亚硫酸氢盐建库方法的局限大幅提高转化效率,同时应用单倍型分析方法提高分析灵敏度,从而可以比其他方法用更少的DNA检测癌症的甲基化特征。目前,该公司正计划进行一项大型前瞻性队列研究,以进一步在多个癌种中验证PanSeer检测,以及能否改善癌症患者的预后。

参考资料:

1. Singlera Genomics Presents Data on Cell-Free DNA Methylation Test for Early Cancer Detection

2. 鹍远基因官方网站

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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