科研

首页 - 全部文章 - 科研 - 基于百万人群的大型研究揭示:遗传变异数据库的更新尤为重要!

基于百万人群的大型研究揭示:遗传变异数据库的更新尤为重要!

基因检测领域飞速发展,科学界对遗传密码功能的理解仍在不断进步。基因突变分类的“波动性”是临床基因组学与其他医学检测领域相区别的重要特征。对于进行过基因检测的个体而言,得到的结果并非一成不变。通常情况下,遗传变异的重新分类可依据文献中收集新病例及家系,或相关实验室的功能验证,亦或人们对生物化学的新认识。

如今,虽然越来越多的基因检测公司采用美国分子病理学会(AMP)和美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)提出的指南,但这些指南都是自愿依从的。此外,即使采用相同的指南,不同机构或解读者也存在分歧,在某些情况下,对于同一患者遗传变异的致病性,不同机构甚至有着截然不同的结论。在2016年,一场发生在个人与基因检测公司间的法律纠纷,首次将遗传变异分类引发的深远问题带进人们的视线中。诉讼方认为,正是基因检测公司对遗传变异解读及重新分类结果返还的失误,才导致患者的死亡(点击链接,查看此前报道)。

日前,来自美国Myriad Genetics公司的研究者对检测出具有癌症遗传性突变的患者进行了一项大型回顾性研究,现2006至2016年期间Myriad Genetics返回给客户的意义未明的突变中,有近25%的突变被重新分类,包括降级(良性或可能良性)和升级(致病或可能致病)这项研究再次阐述了遗传变异分类的“波动性”,并强调了对分类数据库进行定期更新的必要性。研究人员还强调,理想情况下基因检测机构应定期将这些更新的分类信息反馈给已收到检测结果的患者。相关研究于近日发表于JAMA,论文题为“Prevalence of Variant Reclassification Following Hereditary Cancer Genetic Testing”。

“我们一直在获取新的数据”,文章通讯作者、美国西南大学内科学教授Theodora Ross在一份声明中如是说道。作者写道,其结果强调了检测实验室需要定期检查他们的记录,并应在变异信息更新时提醒医生。从VUS到良性的重新分类,虽然未必有危险,但将该结果返还给患者却可以让其获得无价的心理安慰。另一方面,如果一种突变被重新归类为致病性的,不去告知患者可能会导致严重的负面后果。Ross补充道:“这项研究的意义是多方面的。内科医生需要意识到,关于基因突变的知识更新是多么迅速,而且重新分类也是很常见的。实验室需要定期检查基因突变信息并提醒医生作出改变。最后,医生也需要告知患者及其家属重新分类的结果,以便做出明智的选择。”

然而,当前主要的问题是,实验室需要多久对分类进行一次更新?更重要的是,要如何恰当地与先前进行检测的客户进行沟通,告知其结果已经更新?在这项JAMA最新研究中,研究者尝试通过回顾Myriad Genetics十年来检测的患者记录来补充这一问题的背景。由此产生的队列总人数超过150万人,他们大多数只进行了单基因测序或小型panel检测,约有30万人进行了更加大型的多基因panel检测。

据悉,Myriad Genetics采用了一种自动化持续系统来识别可能影响变异分类的新证据。研究发现,在研究期间很少有变异从良性或可能良性分类升级,或从致病或可能致病分类降级,两种情况分别占0.2%和0.7%。相比之下,在返还给客户的约27000个意义未明的突变中,有7.7%后来被重新分类。由于很多此类变异不止影响一个个体,因此重新分类最终影响了整个队列中25%的临床报告。超过90%被重新分类的VUS(1867份报告)被降级为良性级别,而其余的则升级为致病性结果。

正如前文所述,对于变异分类的理解并非是一成不变的,如何确保及时进行重新分类,并与患者进行恰当的沟通已成为基因检测行业持续讨论的话题。这些环节如果出现问题,甚至会引起严重的法律问题。考虑到如今接受遗传癌症风险和其他疾病基因检测的人数日益增加,该研究提供了一个全新的解决蓝图。Myriad Genetics的医疗服务副总裁Susan Manley在一份声明中强调:“临床医生需要与能够及时提供变异分类信息的临床实验室合作,来确保患者及其亲属能得到合适的医疗护理。”

但是由于该研究只涵盖了一家基因检测公司的数据,而不同基因检测公司和实验室在该领域的实践存在多大差异,或许也是未来值得探讨的问题。

(0)

本文由 测序中国 作者:王迪 发表,转载请注明来源!

热评文章