思考

假阳性率40%!DTC基因检测准确性遭质疑,行业规范势在必行

近年来,人们对遗传学和个性化医疗的兴趣日益增加,对直接面向消费者(DTC)基因检测的需求也不断上升,23andMe、Ancestry.com、Family Tree DNA等基因检测公司也在为用户提供相关服务。与临床基因检测不同,DTC基因检测不具有诊断意义,仅为用户提供遗传风险信息。但一些DTC公司仍会给客户提供原始基因分型数据和免责声明,因为如果用户的DTC基因检测结果显示他们携有与某种疾病相关的基因变体,医生有可能会根据这一检测结果要求用户进行进行额外的基因检测和其他检查。

早在2009年,英国人类遗传学委员会就发布了一套直接面向消费者基因检测的原则办法,旨在为消费者提供正确指导,并引导提供DTC基因检测的公司提高检测标准和结果一致性,建议在用户进行检测之前和之后提供相应的咨询服务,并考虑用户私隐问题,维护所有对DTC基因检测感兴趣的消费者权益。

2017年4与,美国FDA已经为23andMe的10份遗传健康风险报告进行上市前授权。2018年3月6日,FDA批准了全球首个直接面向消费者的癌症基因检测产品上市申请,该产品被允许在没有医生处方的情况下,向用户提供3个特定BRCA突变的基因检测,这些特定基因突变与乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌的高风险相关。这一举动也使23andMe成为首个获得FDA批准进行癌症风险筛查的消费级基因检测公司。

尽管各方都在为DTC基因检测的进一步上市做出各种努力,但人们对于DTC基因检测的准确性仍存有疑虑,虽然检测结果可能会在用户的生活方式、饮食方面产生积极健康影响,但同时也可能导致不必要的负面情绪,例如当DTC检测缺乏全面分析或不准确时,意外结果会给用户带来不必要的失望与焦虑。 

近日,来自Ambry Genetics的研究人员对DTC检测结果进行了准确度分析,发现目前DTC的原始数据报告约40%是错误的,转介给他们进行确认检测的每五个样品中有两个是假阳性。该结果已在Genetics in Medicine上发表。

该文章的第一作者、Ambry遗传咨询师Stephany Leigh Tandy-Connor在一份声明中表示,在这项特定研究中,假阳性率如此之高是我们没有意料到的,这使我们对目前DTC基因检测的准确性感到担忧。

对于这一出乎意料的分析结果,Ambry研究人员甚至查询了他们的内部数据库,以确认那些在DTC基因检测后转介给他们的病人,发现在2014至2017年共有49例接受确认检测的病例,并且多数为癌症基因检测。这其中一半以上的病例是通过诊所申请等转介给Ambry,而略高于25%的案例来自DTC的原始数据报告,其余的则来自第三方基因检测服务。

研究人员表示,Ambry的测试依赖于Sanger测序和NGS测序,DTC公司多采用一系列检测方法。Ambry在验证基因检测分析证实了60%的DTC基因检测结果,但其余的均为假阳性。验证实验中,所有CFTRMEFV变异(分别与囊性纤维化和家族性地中海热相关)均得到验证,而BRCA变异的验证结果与种族相关。

图:临床基因检测中的假阳性变体

研究人员报告说,94.1%假阳性结果都与癌症基因相关。其中一些是由于基因变体在原始数据或第三方口译服务中被错误分类。例如,研究人员指出,五种基因变异(ATM、BRCA1、BRCA2、COL3A1、COL5A1 )被认为会增加最初的基因检测风险,但Ambry和其他临床实验室认为其中一些变异是良性的,并且这些变异在普通人群中存在的水平很高,无法将它们与疾病联系起来。

Tandy-Connor指出,该研究结果突出了对DTC基因检测结果进行验证确认的必要性。虽然该研究规模很小,参与者不到50人,但这可能是因为大多数人不会寻求验证性基因检测。人们可能会认为DTC为他们提供了准确的医疗级别基因检测,所以不会再为确认检测结果付费。

尽管验证结果不甚理想,但仍有部分DTC基因检测给人希望,如23andMe首席执行官兼联合创始人Anne Wojcicki称,公司提供的DTC基因检测结果与Sanger 测序的一致性超过99%,并通过研究证明,重复性和可重复性大于99%,具有极高的准确性和精确性,并能保证安全性和有效性。同样根据Tandy-Connor所指出的,为确保准确性,该基因检测结果的验证仍需进行。

FDA专员Scott Gottlieb也表示,FDA对于授权DTC基因健康风险检测的策略可能鼓励更多的实验室进行DTC基因检测的研发。希望随着基因技术的发展,未来DTC基因检测的准确性能够有大幅提升,为那些缺乏疾病家族史、临床基因检测无法进行或者成本过高、保险覆盖率低等原因而无法进行基因检测的人们提供一种便利的基因检测方式。

政策规范可以为消费者提供正确指导,引导DTC基因检测公司提高检测标准和结果一致性,因此国内外基因检测行业规范势在必行,而面对目前国外已经出现的各种问题,国内相关研究可以从中借鉴经验,进而避免走重复的弯路。

参考文献:

1.FDA Authorizes Direct-to-Consumer Access for Multiple 23andMe Health Risk Tests.

2.Analysis Questions Accuracy of Direct-To-Consumer Genetic Test Results.

3.Oncology Community Sees Potential for Patient Harm in FDA OK of 23andMe BRCA Test

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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