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测序周报·资讯篇丨eLife震撼推出5篇论文,直指顶级研究可重复性差

本周关注

1月19日,eLife杂志在线出版了5篇研究论文,这些研究直指过去几年里肿瘤生物学领域广受瞩目的部分研究成果的可重复性非常差。

背景介绍

2013年,一位名叫Elizabeth Iorns的80后女性肿瘤生物学家(University of Miami Miller School of Medicine助理教授)发起了一项“癌症生物领域重复性工程”(Reproducibility Project: Cancer Biology ),该工程旨在挑选出2010年至2012年间50篇高影响力的肿瘤生物学相关研究论文,验证这些论文的可重复性(目前由于资金的原因,50篇论文缩减到30篇)。该项工程主要由Elizabeth Iorns创办的Science Exchange (一个科学实验外包平台)联合 Center for Open Science(科学开放中心)完成。

2010到2012年三年中每一年选取用于重复验证的排名前三的研究(来源:2015,The Cancer Test,Science)

2015年,Science杂志以“The Cancer Test”为题专文报道了“癌症生物领域重复性工程”的由来和设立的背景,其中特别提到一个主要原因可能是因为一些制药公司巨头在重复CNS等顶级杂志中发表的肿瘤相关论文时发现可重复性非常低(Amgen公司的数据表明,53篇顶级肿瘤研究论文只有6篇可以重复;Bayer公司的数据表明有79%的重复失败率)。由于公司和相关实验室签订了保密协议而不能公布他们无法重复的研究,这使得公司显得很被动。

如今,将近3年的时间过去了,eLife终于发布了第一阶段5篇重复性实验的结果,结果十分令人遗憾,无一例外都表示被挑选的这些论文论文的可重复性非常差。这5篇论文如下(分别源自Cell,Nature,Science,PNAS和Sci Trans Med):

为了增加重复项目的严谨性,项目负责人在实验开始前联系被选中进行重复试验的一些论文的作者,查阅了相关的原始数据,项目组还和有关学校签订了细胞、质粒和小鼠等实验资源转移协议,最终将专家审核过的实验方案发布在eLife杂志上。

5篇被选中的论文

第一篇(Cell,2011,谷歌学术引用1051次):

第二篇(Nature,2012,谷歌学术引用422次):

Nature这篇文章通过测序手段鉴定到了一个与黑色素瘤发生相关的基因PREX2突变,并且在体内的过表达实验中显示过表达关键点突变的PREX2能促进肿瘤发生率(下图右)。而eLife这篇重复性的研究表明,过表达野生型的PREX2和突变的PREX2对肿瘤生长没有影响(下图左)。令人惊讶的是,相较于对照组,Nature文章中70%小鼠的中位无瘤生存期都在9周以后,而eLife重复性实验中的小鼠的中位无瘤生存期都只有一周左右。

第三篇(Science,2010,谷歌学术引用493次):

2010年发表的这项研究成果主要是发现了一种称为iRGD的小肽可以协助抗肿瘤药物渗透到坚韧的肿瘤组织中,从而提高肿瘤药物的治疗效果,而且该小肽不会增加对正常细胞的毒性。然而eLife上报道的这项重复性研究中并没有发现iRGD上述这些作用。

第四篇(Sci Trans Med,2011,谷歌学术引用331次):

2011年的研究中生成发现了一种可以用于治疗肺癌的药物Cimetidine,然而eLife的这项重复性研究中并没有看到Cimetidine在治疗小鼠肺癌的模型中有统计学意义。

第五篇(PNAS,2012,谷歌学术引用288次):

PNAS这项研究声称发现CD47可以作为一个肿瘤治疗的靶点,用针对CD47的抗体治疗可以有效地抑制肿瘤生长。然而,在eLife的这项重复性研究中,用抗IgG抗体作对照,并没有看到用CD47抗体能够有效地治疗肿瘤。

总的来说,上述5项重复试验中,只有第一篇文章的重复性稍微好一些,尽管很多地方也是不尽如人意,而其它4篇文章的肿瘤相关实验中可重复性极差,几乎可以判定为那些所谓新开发的药物或者新鉴定到的靶点并没有起到很明显的作用。结果令人沮丧,尽管此前这些文章在发表之时引起一时的轰动或者很多制药公司的关注。高影响力的论文如此差的重复性确实令人担忧,但是这个项目背后也引起了不少当事科学家的质疑,对很多科学家来说,最大的担忧恐怕是这些承担重复性工程的相关实验室的专业程度,而且可能还有其他公司利益上的考量。另外值得考虑的一点就是,如果仅仅把实验方案提供给外包的实验平台就能解决问题,那么问题来了,科学家还需要花费巨大的精力和时间在实验上吗?

eLife这5篇文章只是目前生物医学领域论文验证重复性的一个开端,是好是坏现在难以评估,后续应该会有20多篇文章会被陆续重复并且发布结果,等此时告一段落,或许学术界会有自己的一个判定。让我们拭目以待吧。

参考文献

1. B.A.Nosek and T.M. Errington, “Making sense of replications,”eLife, doi:10.7554/eLife.23383.001, 2017.

2. F.Aird et al., “Replication Study: BET bromodomain inhibition as a therapeuticStrategy to target c-Myc,” eLife, 6:e21253, 2017.

3. S.Horrigan et al., “Replication study: Melanoma genome sequencing revealsfrequent PREX2mutations,” eLife, 6:e21634,2017.

4. S.Horrigan et al., “Replication study: The CD47-signal regulatory protein alpha,SIRPa, interaction is a therapeutic target for human solid tumors,” eLife, 6:e18173,2017.

5. I.Kandela et al., “Replication study: Discovery and preclinical validation ofdrug indications using compendia of public gene expression data,” eLife, 6:e17044,2017

6. C. Mantis et al., “Replicationstudy: Coadministration of a tumor-penetrating peptide enhances the efficacy ofcancer drugs,”eLife, 6:e17584, 2017.

7. The Cancer Test. Science,2016

来源:BioArt

国外资讯

1. 1月17日,美国伯乐实验室(Bio-Rad Laboratories)宣布:已同意收购液滴PCR领域的竞争对手——RainDance。据悉,Bio-Rad将整体收购这家液滴PCR制造商的资产,但未披露收购的具体条款,预计将在2017年第一季完成交易。公司将在即将召开的的第四季度和 2016年全年财务业绩电话会议上进一步讨论这一收购。

2. 据英国广播公司(BBC)1月18日报道,乌克兰一对患不孕症的夫妇近日通过一种新的“三人体外受精”方法生育了自己的孩子。BBC援引《泰晤士报》的报道称,乌克兰首都基辅纳季娅诊所的医生通过“原核移植”方法帮助这对夫妇成功生育。这名婴儿于1月5日出生,是世界上第二个“三亲宝宝”。虽然,世界首个携带三人基因(DNA)的人工受孕孩子于2016年在墨西哥出生,但其采用的技术略有不同,本次运用原核移植法尚属世界首例。

国内资讯

1.2017年1月16日,诺禾致源(Novogene)与Pacific Biosciences(PACB)共同宣布:诺禾致源引进10台Sequel用于全基因组测序、全长转录组测序(Iso-Seq)以及靶向测序服务,预期建成全球最大的三代测序中心。诺禾致源的创始人兼CEO李瑞强博士表示:“诺禾致源是当今de novo测序及组装的全球领导者,我们对10台PacBio Sequel的采购将提升我们获得更高质量及完整度的基因组从头组装的能力。PacBio平台平均10-18kb读长的测序能力将为客户提供性价比更高的de novo测序和组装方案,以满足测序市场不断增长的需求;此外,全长转录组的普及将为转录调控研究领域提供更多的技术选择。通过此次采购,我们希望成为全球最大的SMRT测序机构。”

2. 2017年1月15日,北京百迈客生物科技有限公司联合汇源集团联合组建杨凌汇源百迈生物农业研究院,旨在提升国家生物技术水平,着力解决我国果业发展存在的突出问题,建成国际一流的生物技术研发平台。该研究院计划投资3.3亿元,创建世界上第一个苹果、猕猴桃基因功能生物大数据库,用五年时间利用基因组育种技术创制十个左右国际领先的新品种株系。

3. 《自然-生物技术》发布最新声明指出,该期刊已获得有关韩春雨实验可重复性的新数据,需要调查研究这些数据。《自然-生物技术》的最新声明称,关于“利用NgAgo进行DNA引导的基因组编辑”论文,《自然-生物技术》仍然致力于尽可能仔细和负责任地探究围绕韩春雨等人论文的担忧。

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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