资讯

基因云计算的现状与趋势,多位业界达人精彩解读

高通量测序成本在不断下降,NGS市场在不断扩张,各国政府正在积极推动精准医学的发展进程,在种种因素的簇拥下,基因大数据将得以大量积累,其未来的影响力也将超乎想象!然而,目前对基因大数据的分析计算能力的发展并没有与其积累的速度形成匹配。基因测序正在从个体走向大规模群体,正在从科研走向广泛的应用,伴随而来的计算分析模式也将逐步从本地、离线走向云端、在线。通过云服务平台,用户能够快速访问灵活且成本低廉的计算资源,透过云计算,用户无需先期巨资投入硬件,再花费大量时间来维护和管理这些硬件。与之相反,可以精准配置所需的计算资源,帮助运行海量数据的处理。

10月11日,在杭州举行的云栖大会“基因计算专场”上,来自北京希望组CEO汪德鹏、华大股份研发中心副总监金鑫、北京百迈客技术总监王爱华、诺禾致源CTO田仕林、 海普洛斯CTO陈实富、Falcon Computing用户体验总监吴永俊、Intel亚太区精准医疗业务负责人李健,以及阿里云基因计算产品负责人林河山,几位业界达人用精彩的报告对基因计算这一话题做了深入的解析。

首先,汪德鹏详细介绍了三代测序技术平台,以及其应用场景及技术发展挑战等方面,并对三代测序在基因组组装、全基因测序、重复扩张症、基因组结构变异、全长转录组、表观遗传修饰,以及微生物组学等方面的应用做了相关阐述。在精准医疗领域,汪德鹏表示:三代测序将成为二代测序之后最大的机会之一。

图:汪德鹏(上)与其介绍的相对成熟的三代测序平台(下)

当今基因科研服务行业发展如火如荼。然而,快速的发展也带来两大问题:一是科研人员需要大量的探索和个性化的即时分析,而依托于高通量测序的基因科研服务难以很好的解决这个问题,即使依托大数据,便利的个性化分析仍然难以实现。二是大量测序数据在测序后就处于沉睡状态,没有一个平台让这些数据在具有相关研究中被参考和使用。为此,王爱华介绍了百迈客云的“基因科技服务2.0”的服务模式。即通过百迈客云提交测序结果和分析报告,让客户自己使用“分析流程+交互式个性化”的分析方式进行个性化研究,解决了即时个性化分析的问题。

图:王爱华(上)及其所介绍的百迈客云(下)

在“构建百万中国人基因数据库”的报告上,华大股份研发中心副总监金鑫宣布了一个最新的消息,华大基因和阿里云已达成合作,依靠华大基因自主研发的测序仪以及阿里云的计算分析能力,双方联手将在2018年分析交付10万个中国人的全基因组数据。据金鑫介绍,目前,在中国具有全基因组数据的人不到一万个,而在明年,10万人将拥有自己的全基因组数据。基于中国人的基因数据,构建我国特有的基因数据库具有重要的价值和意义。

图:金鑫(上)以及其介绍的中国不同地域人群的遗传特征分布(下)

诺禾致源CTO田仕林在报告中介绍了NGS崛起后基因大数据所面临的挑战,以及诺禾致源提供的生物大数据云解决方案。田仕林对诺禾云生物云平台软件及流程、云存储、云计算等方面做了详细的讲述。

图:田仕林(上)以及其所介绍的诺禾测序与计算平台

海普洛斯CTO陈实富在“肿瘤基因组全面检测和精准分析”的报告中,首先宣布海普洛斯与阿里云已经开展了深度的合作,今后的存储、计算与分析都可以基于阿里云来开展,最终是为了给用户做最好的分析、最好的交付。陈实富表示肿瘤基因检测面临着样本量越来越大、检测对象越来越小、检测目标越来越广,以及临床转化越来越快的发展趋势。针对这一趋势,也显现出了存储、传输、计算的问题。最后,陈实富介绍了海普洛斯所采用的本地云与阿里云混合方案与相关自主开发的分析流程。

图:陈实富(上)以及其所介绍的海普洛斯开源软件(下)

 Falcon Computing用户体验总监吴永俊在“生命科学领域的FPGA加速方案”报告中,讨论了生命科学中的海量计算挑战,如何运用FPGA定制计算来解决目前的难题,以及峰科的基因分析解决方案和成功案例。

图:吴永俊(上)以及其所介绍的峰科基因分析解决方案

最后,阿里云基因计算产品负责人林河山介绍了阿里云在基因大数据领域的布局与未来发展,与此同时,宣布阿里云与Aspera、Falcon Computing建立合作伙伴关系。在林河山博士主持的圆桌论坛环节,针对国内目前基因测序平台上云的难点、未来5年内测序技术的发展变化趋势,并由此带来的对计算方面的挑战等话题多位嘉宾做了精彩的分享。

图:林河山(上)以及其所介绍的基因云生态(下)

圆桌论坛

(0)

本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

热评文章