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测序周报:关注国产三代基因测序仪,数据最新出炉,准确率全球领先!

近日,中美科学家联合在BioRxiv上发表的论文,首次展示了使用深圳瀚海基因GenoCare第三代单分子测序仪完成了大肠杆菌的基因组测序,准确率达到99.7%。称得上是目前为止准确率最高的三代测序仪。

深圳市瀚海基因生物科技有限公司是国内三代单分子测序仪研发制造企业,公司研发的单分子测序系统GenoCare主要针对临床应用。

此项研究由南方科技大学,美国莱斯大学,北京基因组研究所和瀚海基因公司共同完成。作者将美国illumina二代测序仪和瀚海基因GenoCare三代测序仪并行比较了大肠杆菌的测序数据,结果表明GenoCare三代测序仪基因组与illumina测序仪的结果的一致性达到99%。

瀚海基因GenoCare测序仪的核心技术为单分子荧光测序。此项技术使用全内反射成像方法,能够实现对单个荧光分子的检测,无需PCR扩增,成本大幅度下降,在临床使用时有巨大的优势。测序仪的通用试剂盒于去年年底获得了国家医疗器械证的备案。

北京基因组研究所于军研究员说:"这款设备不仅克服了单分子测序相对低通量的缺点,同时也提供了RNA直接测序的可能性。其应用将覆盖科研和临床两个领域,商业前景无限。"

据悉,瀚海基因的第三代测序仪已经完成小批量样机生产,并将于7月31日举办测序仪上市新闻发布会。

据了解,在2014年瀚海基因就已经启动了第三代单分子测序系统研发工作。据测序中国此前报道,在2015年10月27日,瀚海基因还在深圳公布了其研发的专门用于临床的第三代单分子测序仪GenoCare原理样机。

目前,瀚海基因自主研发的通用测序试剂盒已经顺利完成第一类医疗器械备案并审核通过,成为首个通过中国医疗器械注册备案的三代单分子测序系统试剂盒。

参考文献:

Resequencing the Escherichia coli genome by GenoCare single molecule sequencing platform  doi: https://doi.org/10.1101/163089

本周科研进展

1. 7月11日,哈佛医学院合成生物学家Seth Shipman在Nature期刊发表的最新研究中,利用 CRISPR 手段,成功将图片和视频短片编码进了细菌的 DNA 中,通过测序 DNA 再重新提取出来后仍相当准确。其证明了活细胞作为一种可靠媒介,存储一定数量的数据完全有可能。

2. 日前,中科院生物物理所刘光慧课题组、北京大学汤富酬课题组和中科院动物所曲静课题组联合开展的研究进一步拓展了基因编辑技术的应用范围。研究人员利用基因编辑改写了人类基因组遗传密码中的单个碱基,首次在实验室中获得了遗传增强的“超级”干细胞。这种GES细胞能够对细胞衰老和致瘤性转化产生双重抵抗作用,因此为开展安全有效的干细胞治疗提供了可能的解决途径。该研究工作于7月7日发表于学术杂志Cell Research

3. 今日发表于Nature Communications期刊的最新研究中,来自剑桥大学的一组研究人员的首次发现了影响人类肌肉力量的遗传因素。据悉,研究人员使用了英国Biobank研究中超过14万名参与者的手握力数据,以及来自英国、荷兰、丹麦和澳大利亚的5万名参与者额外的数据,最终确定与肌肉力量相关的16种常见基因位点。

4. 日前,发表于PNAS上的最新研究表示,研究团队首次诱导出临床应用级动脉内皮细胞。这项研究的第一作者是Morgridge研究所的Jue Zhang教授,通讯作者是干细胞领域的大牛James Thomson教授。后者也是首名带来人类胚胎干细胞的科学家。这支团队首次诱导出了具有功能的动脉内皮细胞,并有望将它应用于人体。

5. 近日,在一项新的研究中,一个国际团队有史以来首次发布野生二粒小麦(Wild Emmer wheat)的基因组序列。相关研究结果发表在2017年7月7日的Science期刊上。论文通信作者为以色列特拉维夫大学植物科学与食品安全学院研究员Assaf Distelfeld博士。

6. 近日,来自美国俄亥俄州辛辛那提儿童医院的Steve Black和同事在分析了临床记录后发现,接受乙型脑膜炎疫苗注射的人群随后感染淋病的可能性比未接种者低31%。与此同时,患有淋病的接种者后期恶化的可能性比未接种者低40%。相关成果日前发表于《柳叶刀》杂志。

7. 最近,American Journal of Human Genetics期刊发表了题为“10 Years Of GWAS Discovery: Biology, Function, And Translation”的最新文章。文章将视线锁定于全基因组关联性分析(GWAS),回顾了GWAS十周年来为科学界带来的改变,并对GWAS下个十年的发展及应用方向进行了展望。

8. 日前,来自布莱根妇女医院(BWH)和哈佛干细胞研究所的研究人员们找到一个潜在的解决方案,可以消灭转移到大脑的癌细胞。这个团队开发了抗癌病毒,能够为颈动脉提供干细胞,并把它们应用于肿瘤转移到大脑的小鼠中。研究人员在研究报告中指出,这种方法可以消灭皮肤癌的脑转移。完整的研究报告发表于《PNAS》在线杂志上,报道中还描述了这种疗法与免疫检查相结合的策略点抑制剂。

新发表文章

【植物】

1. Comparative transcriptome analysis of flower heterosis in two soybean F1 hybrids by RNA-seq.Zhang C et al.PLoS One. 2017 Jul 14

2. Bacillus licheniformis SA03 Confers Increased Saline-Alkaline Tolerance in Chrysanthemum Plants by Induction of Abscisic Acid Accumulation.Zhou C et al.Front Plant Sci. 2017 Jun 29

3. Comparative Transcriptome Analysis Reveals Critical Function of Sucrose Metabolism Related-Enzymes in Starch Accumulation in the Storage Root of Sweet Potato.Zhang K et al.Front Plant Sci. 2017 Jun 22

【微生物】

1. Identification and genetic characterization of a novel circular single-stranded DNA virus in a human upper respiratory tract sample.Cui L et al.Arch Virol. 2017 Jul 13.

2. Insights into study design and statistical analyses in translational microbiome studies.Shankar J.Ann Transl Med. 2017 Jun

3. Genome Sequences of New Faustovirus Strains ST1 and LC9, Isolated from the South of France.Cherif Louazani A et al.Genome Announc. 2017 Jul 13

4. Phenotypic and genomic comparison of Mycobacterium aurum and surrogate model species to Mycobacterium tuberculosis: implications for drug discovery.Namouchi A et al.BMC Genomics. 2017 Jul 13

5. Insights into a Novel blaKPC-2-Encoding IncP-6 Plasmid Reveal Carbapenem-Resistance Circulation in Several Enterobacteriaceae Species from Wastewater and a Hospital Source in Spain.Yao Y et al.Front Microbiol. 2017 Jun 28

6. In vivo analysis of the viable microbiota and Helicobacter pylori transcriptome in gastric infection and early stages of carcinogenesis.Thorell K et al. Infect Immun. 2017 Jul 10.

7. Whole Genome Sequencing of Mycobacterium tuberculosis Isolates From Extrapulmonary Sites.Sharma K et al.OMICS. 2017 Jul

【肿瘤】

1. Recent Progress in Circular RNAs in Human Cancers.Huang G et al.Cancer Lett. 2017 Jul 10.

2. Transcriptomic profiling of long non-coding RNAs in hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma.Fan H et al.Oncotarget. 2017 Jun 30.

3. C59T mutation in exon 2 of monocytic leukemia-associated antigen-34 gene indicates a high risk of recurrence of acute myeloid leukemia.Lei B et al.Oncol Lett. 2017 Jul

4. Novel association of MEN1 gene mutations with parathyroid carcinoma.Cinque L et al.Oncol Lett. 2017 Jul

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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