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牛津大学精神病学系Nicola Hall | 使用纳米孔cDNA测序揭示人脑中临床相关的mRNA选择性剪接的复杂性

   课  程  简  介

近日,Oxford Nanopore Technologies联合探基平台为大家带来国内外研究者们利用纳米孔测序进行RNA研究的系列讲座。在最新一期的纳米孔转录组研究课程中,来自牛津大学精神病学系Nicola Hall利用自己在分子生物学和RNA测序方面的背景,带来人类大脑中的基因表达研究成果。

第五期:使用纳米孔cDNA测序揭示人脑中临床相关的mRNA选择性剪接的复杂性

Nicola Hall

牛津大学精神病学系

  • 研究背景

钙离子信号传导对神经传导至关重要,在心血管系统中也很重要,电压门钙离子控通道与编码该蛋白的CACNA1C基因与包括双相情感障碍和精神分裂症在内的精神疾病有着密切的联系,而对大脑基因剪接的研究揭示了基因以及整个大脑是如何运作的,并有助于精神疾病的研究。

  • 方法与结果

从3个受试者中分别各取6个人脑区域的样品进行实验,提取RNA后进行逆转录,并利用MinION测序仪对cDNA进行长读长测序。

  • 外显子水平分析以探索大脑中CACNA1C剪接的多样化信息:分析结果赋予未来治疗的潜在希望,并表明剪接是根据细胞类型和功能进行调节的。
  • 对剪接位点进行分析:识别剪切位点的连接处,并将这些剪接位点的序列进行对比。结果再次表明,CACNA1C的剪接多样性远高于预期,并且大脑不同区域之间的差异比个体之间的差异更大。
  • 拼接事件中的许多“共同点”——即经常出现在同一区域,但很少出现在对结构至关重要的区域中,这表明该过程不是完全随机的。
  • 更多思考——其他形式的转录组变异。以小鼠为样本,检测心脏样本中不存在的大脑特定区域的亚型,又发现了剪接亚型的“巨大多样性“。
  • 本期亮点

外显子水平分析以探索大脑中CACNA1C剪接的多样化信息;

剪接位点分析;

拼接事件中的许多“共同点”;

其他形式的转录组变异。

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 报 名 方 式

注:Nanopore技术目前仅供研究使用。

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本文由 测序中国 作者:陈初夏 发表,转载请注明来源!

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