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聚焦纳米孔转录组研究,全球8位专家精彩解读丨首期课程即将上线

 课程背景

RNA/cDNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展:如在人类遗传学和疾病相关病理学应用领域辅助及时检测和表征病毒性病原体,在农业环境领域用来研究干旱诱导的植物应激反应,在发育生物学中协助阐明转录程序的变化与多种发育相关事件的联系等。

毫无疑问,依赖于片段化以及对短片段DNA/RNA进行扩增的传统测序技术使全面转录组分析成为可能。然而,这一领域仍有一些重要的局限性有待解决:如获取和分析全长转录本,准确识别各基因的多个同源异构体,识别和量化问题异构体等。

作为目前唯一可以直接测序RNA的技术,纳米孔测序身兼长读长/超长读长,能够对差异表达基因进行定性和定量的分析,灵活应对上述挑战。

  课程要点

在此,Oxford Nanopore Technologies将联合探基平台为大家带来国内外研究者们利用纳米孔测序进行RNA研究的系列讲座。涵盖以下要点:

•传统转录组分析所面临的挑战;

•纳米孔RNNA测序原理、优势;
•不同纳米孔全长转录组的测序方法及指南;

•纳米孔RNA测序研究案例:如RNA结构研究、全长转录组、分子病理学等。

  课程时间

2月27日起,每周二周四下午20:00各一名专家解读

首期:技术专家带你入门 | 纳米孔转录组测序原理、产量、设计和分析

首次课程,由来自Oxford Nanopore Technologies应用团队的资深科学家Phil和生物信息学家Botond将以含PCR(PCS109试剂盒)和无需PCR的“直接” cDNA测序试剂盒(DCS-109)为主,为大家详细探讨工作原理和应用场景,包含试剂盒的对比和预期数据量、测序运行技巧、数据分析以及对生物学结果的挖掘

本次知识分享内容大纲
  • 为什么要测序cDNA?

着重帮助用户确定与应用相匹配的最佳方法,详细解释每个试剂盒在分子水平上的工作原理,每种方法的优缺点,预期的数据量,以及充分利用测序运行的小贴士和技巧。

  • 纳米孔长读长转录组测序的优势

使用含PCR和无需PCR两种方法生成的实际数据作为例子,知识交换的后半部分将深入研究cDNA测序数据的分析。根据Nanopore社区和Oxford Nanopore内部生物信息学家开发的流程管道和分析方法,本节的主要重点在于如何充分挖掘获得的原始cDNA测序读长数据,包括异构体重建,差异基因表达和差异异构体使用。

  • 实用宝典:如何选择试剂盒和分析测序数据
了解不同试剂盒的工作原理;
选择正确的试剂盒;了解试剂盒的产量和用处;如何设计和分析差异基因表达研究;如何使用软件选择全长读长;进行有参考基因组的异构体重建。
扫描下方二维码获取纳米孔cDNA测序指南:

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注:Nanopore技术目前仅供研究使用。

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本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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