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Nature Medicine最新研究表明,液体活检有助于为癌症患者选择正确的早期临床试验

分子分层是开展抗癌药物临床试验的重要一步,目前大多数精准医疗策略都基于存档或新鲜肿瘤组织的DNA测序。虽然基于循环肿瘤DNA(ctDNA)的NGS技术可以对血液进行基因组分析,但尚未在I期临床试验环境中常规应用。近日,Nature Medicine期刊发布了英国TARGET(Tumor chARacterisation to Guide Experimental Targeted therapy)研究的第一阶段数据,为液体活检技术在鉴定临床可诉性突变的可行性和潜在实用价值提供了新的证据,并为基于晚期癌症患者的临床试验提供了指导。

TARGET是一项由英国癌症研究中心等机构资助的分子分析项目,其主要目的是在涵盖641个癌症基因的液体活检panel上分析体细胞突变和拷贝数变化,将各种类型晚期癌症患者与临床试验相匹配,帮助确定患者的最佳试验,进而提供更多治疗选择。该项目共分为两个阶段,第一阶段招募了来自英国曼彻斯特地区的100名肿瘤患者。研究人员将第一阶段工作总结为,创建一套可信的操作流程,并具有与临床实践相适应的数据周转时间及可负担的成本

为了对第一阶段的100名患者进行分析,研究人员首先设计并优化了一款涵盖641个基因的液体活检panel。100名测序对象覆盖了超过22种肿瘤类型,平均年龄56岁,平均接受过两种既往治疗方案。

研究团队在文中指出,他们成功在99%的患者中获得了ctDNA二代测序数据,而肿瘤组织测序为95%。从数据来看,血液检测结果与组织检测结果具有良好的一致性,可诉性突变的检测频率也较高。

由于队列中肿瘤组织分析在不同研究对象中存在差异:一些患者使用了比研究中ctDNA检测方法更小的基因panel进行了组织检测;只有一小部分患者基于Foundation Medicine公司的FoundationOne检测获得了更全面的数据。这可能导致研究团队对组织和血液一致性计算也存在一定限制。考虑到这一点,研究团队指出,他们在54名患者的肿瘤组织中共鉴定到69个非同义突变。对相应的ctDNA NGS检测数据分析结果显示出良好的一致性:其中69个突变中有54个(78%)同样也在血浆中检测到。

研究人员还将等位基因频率(VAF)临界值设置为2.5%,进行了液体活检变异识别。结果显示,即使采用这一较高的临界值,液体活检方法仍然可以在100名患者中检测到41名患者血液中的可诉性突变,其中11人接受了相应的治疗。作者解释道:“虽然2.5%的VAF临界值可能会导致疾病负荷较高的患者产生一定的‘假阴性’和偏好性,但是这也会降低‘假阳性’,同时促进I期试验设置所需的各种变异以进行更广泛的panel检测。”

此外,即使临界值被设置2.5%,研究显示ctDNA和肿瘤组织检测数据的一致性仍达到75%(70/94)。在24例不一致的患者中,20例患者具有的肿瘤组织突变在液体活检样本测序结果中没有检测到。其中,9例测序数据检测到相应的变异,但是低于VAF临界值;还有4人检测到的ctDNA突变在肿瘤组织测序中没有发现。而这些差异可能是归因于生物学原因或临床治疗结果。例如,一名结直肠癌患者的ctDNA表现出KRAS基因c.34 G>T突变,但是在26个月前采集的肿瘤样本中并没有检测到。研究人员表示,这极有可能是因为血液中发生的突变与接受抗EGFR治疗有关。

鉴于过去精准医疗药物试验的结果常常不尽人意,研究人员还基于以上研究结果指导一小部分患进行了分子靶向试验。此外,TARGET项目研究团队还实施了几项报告和审查策略,以确认尽可能多的基因组变异能够真正引导患者进入靶向药物治疗试验。

综上所述,TARGET研究项目第一阶段工作的总体结果是充满希望的,也为进一步实现预期目标提供了支持。这些结果也证明ctDNA测序技术在筛选患者进行分子药物试验中体现出的临床实用性。研究人员在文中表示,这些数据至少能够说明液体活检技术可以作为一项辅助手段继续应用于临床。此外,进一步的技术优化也可能支持“血液检测优先”的模式,而这目前已经成为了液体活检公司关注的焦点。因为在某些情况下,癌症患者可能被预先分配进行液体活检,组织分析只应用于患者存在已知混杂因素的情况,例如低肿瘤负荷或ctDNA较少。

研究通讯作者Caroline Dive在一份声明中表示,研究团队正在尝试优化血液检测方法。“我们正在尝试让检测更加灵敏,并添加新的元件来获取更多关于患者疾病的信息。我们还在一段时间内采集了几份血液样本,观察是否会有某个有基因缺陷随着治疗而消失,或者出现一种可能导致治疗耐药性的新基因缺陷。这将帮助我们停止失败的治疗方案并考虑新的方案,以领先疾病一步。”

TARGET的第二阶自2107年起已招募450名患者,并且还在持续进行中。随着规模的扩大,研究人员将更专注于记录和分析患者接受ctDNA检测结果驱动的靶向治疗的频率及其对治疗结果的影响。

参考资料:

Utility of ctDNA to support patient selection for early phase clinical trials: the TARGET study

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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