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中国科学家开发新染色体构象捕获技术,可高质量低成本获取Hi-C数据

Hi-C技术是三维基因组学的主要研究方法,但存在实验成本高、数据噪音大、实验过程繁琐等缺点。为解决这些问题,来自华中农业大学的研究人员近期提出了一种新染色体构象捕获技术——DLO Hi-C,这种方法降低了背景数据噪音,高质量低成本获取Hi-C数据。

近日,该研究成果已发表在Nature Genetics期刊上,题为“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture”,文章的通讯作者为华中农业大学的“楚天学者特聘教授”曹罡与李国亮教授,第一作者为林达与洪萍。同期Nature Genetics也配发了评论性文章,指出这篇文章“引入关键的双线策略,能过滤噪音,同时进行早期质量控制。”

Hi-C技术是三维基因组学的主要研究方法,新的DLO Hi-C染色体构象捕获技术,采用同时酶切酶连的方式,将DNA接头连接在染色体内切酶切口末端上,然后进行邻近酶连,最后将用MmeI内切酶酶切消化,回收固定大小互作DNA片段,从而大大地降低了背景数据噪音,获取质量高于传统Hi-C的数据。DLO Hi-C技术还可以用于染色体易位位点筛选。

DLO Hi-C技术使全基因组染色体构象捕获实验的成本大大的降低,同时简化了实验步骤,使得实验成功率显著提高,对辅助基因组组装、解析基因组远程调控元件的功能、理解疾病易感位点、以及检测染色体结构变异有着重要的意义。

这种DLO Hi-C技术为解析基因组三维结构提供了一种新型高效、经济的研究方法。

参考文献:

Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture

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本文由来源 生物通,由 王迪 整理编辑!

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