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“新冠状病毒含HIV相似序列”遭多国学者抨击,作者已要求撤稿!

近日,一项关于新型冠状病毒(2019-nCoV)含HIV插入片段序列的研究成果引起了众多生物学专家的质疑和讨论。该研究成果由来自印度理工学院德里分校的研究人员在BioRxiv发表上发表。研究结果显示,通过基因序列分析,在2019-nCoV的S蛋白(刺突蛋白)中发现了4个插入片段,且这4个片段是2019-nCoV独有的,在其他冠状病毒中没有检测到这些插入片段。令人惊讶的是,所有4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)的复制蛋白gp120或Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。

研究团队认为,这在自然界不太可能是偶然的。言外之意,2019-nCoV是人为改造的!针对这一荒谬结论,业内多位专家提出了质疑。最终文章作者表示,为避免在世界范围内造成进一步的误解和混乱,已决定撤回当前版本的预印本,并在重新分析后针对修订版中的评论和问题进行修订。

 

文章作者表示撤稿,来源:BioRxiv

据悉,该研究发布的文章题为“Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag ”。值得注意的是,在文章发布的同时也进行说明了,BioRxiv标注到,BioRxiv正在接收有关冠状病毒2019-nCoV的许多新论文。该研究是未经同行评审的初步报告,不应被视为结论性的,指导临床实践/健康相关行为

病毒的刺突蛋白(S蛋白)是冠状病毒中研究最广泛的蛋白,也是疫苗开发的关键靶标。病毒的刺突糖蛋白被切割成两个亚基(S1和S2)。S1亚基有助于受体结合,而S2亚基促进膜融合。已有研究表明,冠状病毒的刺突糖蛋白是组织嗜性和宿主范围的重要决定因素。

研究人员首先从NCBI病毒基因组数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中检索了所有可用的冠状病毒序列(n = 55),并使用GISAID(https: //www.gisaid.org/)检索了截至2020年1月27日的2019-nCoV的所有可用全长序列(n = 28)。经研究发现,2019-nCoV刺突蛋白含有4个插入片段,这4个片段是2019-nCoV独有的,在其他冠状病毒中没有检测到这些插入片段在所有可用的2019-nCoV序列中,4个插入片段均绝对(100%)保守。

图:4个插入片段均存在于从GISAID获得的28个武汉2019-nCoV病毒基因组中,来源:BioRxiv

最令人惊讶的是,四个插入片段中的每一个都能与人类免疫缺陷病毒1(HIV-1)蛋白的短片段对应。如表1所示,2019-nCoV刺突蛋白中插入片段的氨基酸位置可对应HIV-1 gp120和HIV-1 Gag中的相应残基。

表1:2019-nCoV与HIV-1 gp120蛋白序列比对及其在蛋白质一级序列中的位置。来源:BioRxiv

研究人员表示,虽然4个插入片段在2019-nCoV刺突蛋白的一级蛋白质序列中是不连续的,但3D建模表明,4个独特插入片段中至少有3个会聚在一起构成受体结合位点的关键成分。研究团队认为,2019-nCoV的非常规演变在自然界中不太可能是偶然的,这一演变值得进一步研究。

图:2019-nCoV病毒三聚体刺突蛋白建模。来源:BioRxiv

该研究结果的发布迅速引起人们的质疑与讨论,来自多个国家的生物学专家对此持反对意见。

业内专家评论

哈佛大学CRISPR基因编辑专家David Liu教授表示,通过短插入片段就认为2019-nCoV起源“不太可能是自然界偶然的”研究结论不靠谱,纯属阴谋论。

Massive Science科学编辑Dan Samorodnitsky再次检测了艾滋病毒和冠状病毒是否确实相似。他分析了印度科学家在冠状病毒基因组中发现的四个插入片段,然后寻找是否如他们所说的那样类似于HIV-1。事实是,尽管这些序列确实会在HIV中出现,但也会在大量其他病毒中出现。没有理由立即怀疑HIV和冠状病毒的恶性融合。

中国农业科学院哈尔滨兽医研究所汤艳东表示,首先该研究的序列比对本身就有问题,中科院武汉病毒所石正丽老师的文章表明,新型冠状病毒与蝙蝠中存在的冠状病毒Bat CoV RaTG13是高度同源的。所以应该看这些所谓的独特插入在这个同源性最高的蝙蝠冠状病毒中是否存在?而不是跟其它冠状病毒去比较。其次,我们经过与Bat CoV RaTG13序列比对,作者文章中提到的4个插入片段,在蝙蝠冠状病毒编码的序列中仅有一处插入,该处插入片段为4个氨基酸。最后,作者所谓的插入序列,只是几个氨基酸而已,很容易找到同源序列。

来自该文章BioRxiv页面的评论

多伦多大学的Jing Hou评论表示,正如其他人所讨论的,我同意作者得出的结论缺乏科学价值。正如在多篇评论中已经指出的那样,与SARS分离株相比,武汉分离株中所谓的独特插入是精心挑选的。实际上,与蝙蝠SARS样冠状病毒的一次简单比对可以发现确实包含3/4插入,该冠状病毒分离株SL-CoVZXC21来自湖北省的蝙蝠中,在2015年的最新分离出来。

所有插入位点均与跨同源物的位置可变一致,这是有意义的,因为这些位置对于宿主相互作用很重要。这不是“不可思议”,而是选择的工作原理。至于所谓的与HIV gag蛋白的“同一性”,正如其他人指出的那样,也是虚假的。 HIV和冠状病毒都是RNA病毒,并且是高度变异的。对于宿主-病毒相互作用重要的位置(即发现新插入片段的位置)在新的传染性武汉分离株中可能是可变的,这一事实是可以预见的,没有证据表明这是人为操纵的结果。

随着恐惧在各国之间蔓延,尤其是在当前疫情正在升级的中国,该预印本文章已在媒体上引起关注。这种散布伪科学的恐惧对普通公众有害,因为普通大众没有能力区分未经同行评审的研究。强烈建议作者修改或撤回此手稿。

也有网友评论,该研究发现的所有4个氨基酸插入片段都非常短,并且在许多其他生物的基因组中发现,而不仅仅是HIV。换句话说,这项工作的主要发现完全是高度期待的巧合。由于这些片段太短,因此可以经常在许多基因组中偶然发现它们。需要注意的是:我们称这些片段为“插入”,因为它们在一个基因组中,而不是在近亲中。“插入”并不意味着人类的干扰或工程改造,它是一个进化术语,指的是自然进化突变。

国内网友评论

印度理工学院在学术界具有世界声誉,被称为印度"科学皇冠上的瑰宝",是印度最顶尖的工程教育与研究机构。然而,发表这样“不负责任”的研究论文,只会让科学界汗颜!

参考资料:

1.Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag

https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871

2.新型冠状病毒是人为改造?无聊而低级的阴谋论!

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本文由 测序中国 作者:戴胜 发表,转载请注明来源!

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