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NGS助力考古发现:颠覆传统认知,科学家首次成功提取古代木乃伊线粒体DNA

科学家们成功对来自Abusir el-Meleq遗址的木乃伊进行了DNA测序,bpk/Aegyptisches Museum und Papyrussammlung, SMB/Sandra Steiss

古埃及木乃伊保存了许多死者的个人细节,包括其面部特征、病况甚至文身,但唯独没有DNA。科学家曾多次尝试提取木乃伊的DNA,最后还是不得不遗憾地表示,或许因为炎热的沙漠气候以及制作木乃伊时使用的化学物质,其遗传物质在很久以前便被破坏。

但是现在,一个由古代DNA专家组成的团队已成功对来自90个古埃及木乃伊的基因组进行了测序。这一突破性的结果让科学家们第一次对普通古埃及人的基因有了初步的了解——在几个世纪的征战过程中,他们的基因发生了惊人的变化。

关研究发表于Nature Communications

测序成功的结果在本周发表于Nature Communications上,意大利博尔扎诺木乃伊研究所的人类学家Albert Zink表示,这一结果终于向科学界证明了古埃及木乃伊中保存了人类DNA。他于2010年参加了一项研究,确定了16个古埃及皇室成员木乃伊的DNA序列,包括著名的法老图坦卡蒙。但是该研究所使用的为聚合酶链式反应,这种方法虽然可以有效发现和提取目标的DNA片段,但不能可靠地区分古代DNA和现代污染物。

德国耶拿Max Planck人类历史科学研究所的遗传学家Johannes Krause率领的研究团队使用的为下一代测序方法(NGS),可以读取样品中存在的任何DNA的片段,并将类似于人类的DNA进行捕获。这些完整的reads使团队能够发现仅与古代DNA相关的损伤模式。哥本哈根大学古代DNA研究员汉斯·施罗德Hannes Schroeder谈到,这使得新的分析结果更加可靠。

研究人员Krause此前曾研究过尼安德特人、德尼索夫人和史前欧洲移民的DNA,最近,他的研究重心转移到到了古埃及木乃伊上。古埃及帝国有着动荡的历史,曾在不同的时间被多次征服,包括来自近东的亚述人、来自尼罗河南部的努比亚人以及波斯人、希腊人、罗马人。Krause谈到:“我们的问题是,这些外国的征服是是否产生了相关的遗传影响?”

Abusir el-Meleq遗址的挖掘现场,Petr Bonek/Alamy

Krause将研究转向了来自Abusir el-Meleq古代遗址的151个木乃伊头部,其发现于开罗以南约100公里处。这些木乃伊于二十世纪初被挖掘,目前为德国杜宾大学和柏林一所博物馆的藏品。放射性碳年代测定法显示,这些不同时期的木乃伊跨越了1300年的古埃及历史,在这期间古埃及曾经历多次征战,先后被希腊和罗马帝国并入。

研究发现,虽然这些木乃伊的软组织中已几乎没有DNA,但骨骼和牙齿中却充满了遗传物质。研究人员在九十多个木乃伊中成功提取了线粒体DNA,线粒体通常被比作细胞的发电厂。虽然线粒体中只携带几个基因,但是它们是如此丰富,以至于在细胞核中,相比单个完整的人类基因组更容易找到它们的DNA。然而,因为线粒体DNA是从母亲传给孩子的,所以它遗漏了父亲DNA的故事。而核基因组包含了父母双方的DNA,其信息量大得多。Krause表示,不幸的是只有少数木乃伊的核基因组保存得很好,而通过严格污染测试的则更是寥寥。最终,他的团队只取得了三个木乃伊的核基因组样本,每个均来自不同的时间段。

克劳斯的团队将木乃伊的线粒体和核DNA与近东和非洲的古代人及现代人的相比较。他们发现,古埃及人与古代和现代近东人非常相似,特别是黎凡特人。此外,虽然经历了不同的权力帝国的征服,但木乃伊的基因仍然非常一致。开罗国家研究中心的分子遗传学家Yehia Gad表示,这也许是因为线粒体基因组可能根本不记录外国父亲的遗传贡献。但是,Krause也指出,三个木乃伊的核基因组数据也显示出显著的遗传连续性。

然而,后来发生的事情改变了埃及人的基因组。虽然木乃伊的基因中几乎不含撒哈拉以南非洲人群的DNA,但现代埃及人线粒体DNA中约有15%~20%,这反映了现代埃及有着撒哈拉以南祖先。Krause说:“这真的让我们感到很意外,我们看到这个转变发生在很晚的时期。”他怀疑,包括奴隶贸易在内的尼罗河贸易的增加以及伊斯兰教在中世纪的传播,可能加剧了埃及人与北部以及撒哈拉以南非洲人群的接触。

波士顿哈佛医学院的遗传学家Iosif Lazaridis主要研究古代人口融合的方式及时间,他将这一最新的研究结果称为“一项重大成就”。但他想知道Abusir el-Meleq遗址在古埃及的代表性如何。他强调:“埃及是一个很大的地方。其他区域可能以不同的方式经历了征战,可能有着更多的基因混合。但是Lazaridis希望有更多启示性的研究。他表示:“现在已经证明可以从木乃伊提取DNA——这里有着数以千计的木乃伊。”

参考文献:

1. Scientists thought ancient Egyptian mummies didn’t have any DNA left. They were wrong

2. Researchers Successfully Sequence Mitochondrial Genomes from Egyptian Mummies

3. Mummy DNA unravels ancient Egyptians’ ancestry

4. Ancient Egyptian mummy genomes suggest an increase of Sub-Saharan African ancestry in post-Roman periods,doi:10.1038/ncomms15694

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