产业

首页 - 全部文章 - 产业 - 肿瘤数据轻松探索不是梦——BGI-PETA系统隆重上线,助您玩转肿瘤大数据

肿瘤数据轻松探索不是梦——BGI-PETA系统隆重上线,助您玩转肿瘤大数据

技术不断进步带来肿瘤数据的持续海量积累,如何将公共项目数据和自有数据价值最大化,成为了当前面临的巨大问题。

近日,华大基因推出BGI-PETA数据库系统,在提供专业精准的临床基因检测产品服务基础之上,为用户提供便捷的工具和优质服务。BGI-PETA是怎么样的数据库?可以协助解决哪些问题?跟随小编一起看看。

BGI-PETA(Pan-cancer Encyclopedia of Trans-omics Analysis)泛肿瘤跨组学百科全书,是华大肿瘤大数据服务系统,能帮助用户进行系统管理和分类繁琐海量的临床检测数据;简便快捷总结和分析数据,生成直观易懂的总结报告;在线与公开项目做数据对比分析,挖掘数据潜在科研价值;对复杂项目实现综合管理。它降低了复杂肿瘤组学数据的分析挖掘门槛,助力临床决策、新思路探索及科研产出。

图一 BGI-PETA系统服务架构

临床专家的分析助手

分析门槛低,点击即可完成大部分数据探索工作

无需生信技能,只要您有idea,结果立等可取,探索肿瘤大数据就是如此简便。BGI-PETA系统从专业繁琐的生物信息学分析工作中抽象出互式可视化亚组对比单因素分析三大功能,通过鼠标点击即可实现。获得结果可包含您关注的患者详情,生存曲线,以及酷炫的Circos图。

图二 一键生成分析图

项目负责人的管理助手

管理效率高­,系统自动对接加强数据实时管理

用户的送检样本,可实现内部系统自动化对接,样本产生的分析数据自动存储至用户账号,方便用户对样本实时管理,观察样本整体规律,积累科研素材,同时可对样本数据进行全方位统计分析,生成总结报告

肿瘤科研人的搜索助手

海量数据池,链接整合多个公开项目数据

BGI-PETA系统在遵循数据使用规则前提下,尽可能全面链接主流公开项目,形成一套集成数据平台,为用户提供可供对比及挖掘的数据池。系统当前包含了30个原发部位共81类(含亚型)肿瘤的组学数据,包含变异基因位点数据7,579,024条

图三 数据库公开数据统计

图四 BGI-PETA系统V1.0 部分癌种数据分布

可扩展强

集社区之力,实现更多个性分析可能

BGI-PETA系统提供工具模块,持续更新一系列工具如Jupyter Notebook、JBrowse基因组浏览器等,替您跳过计算资源申请、工具环境部署步骤,直接学习操作生信工具,数据挖掘之余积累生信经验。Jupyter Notebook云计算数据接口,无缝链接numpy、pandas、seaborn、sklearn、pytorch、lifelines、biopython等社区资源,让您对BGI-PETA数据库实现在线示例操作,生信用户更可实现各种个性化分析可能

图五 生信工具

在JBrowse中可以随心所欲的平滑动态移动和缩放BGI-PETA系统上数据的整体情况。同时支持上传本地多种格式的数据,数据不存入系统进行本地缓存即可实现可视化。

数据链完整

贯穿数据全周期,构建肿瘤数据生态

华大肿瘤数据库BGI-PETA系统定义了泛肿瘤跨组学数据的结构化存储标准链接了外部公开可及的肿瘤数据,实现了交互可视化探索数据的工具集,打通了临床报告的注释接口。以此为基础,BGI-PETA系统将打造成华大核心的肿瘤数据生态,并探索多种合作服务模式。

图六 数据链完整

看完上述介绍,您是否想体验一下BGI-PETA的各种功能?

 如何申请体验账号?

BGI-PETA V1.0系统上线,为方便用户实际操作体验,现开放试用账号申请。
申请主体:合作医院、科室,或已有样本送检华大检测的单位。
申请途径:在下方“说癌论道”公众号留言“PETA”获取申请表。
开放名额:20 (名额有限,赶紧行动起来吧)试用周期:账号开通起一个月。
*我们将会在收到申请的72h内与您联系。
BGI-PETA系统将以建设国内更大更全肿瘤组学数据库为发展方向,持续更新高质量数据,不断优化更新功能,为科研工作者提供更加便捷的可视化平台及数据挖掘系统。
(0)

本文由 测序中国 作者:白云 发表,转载请注明来源!

热评文章