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美国马萨诸塞州综合医院 | 分子病理学中的“杀手级应用”——快速检测临床样本中的致癌基因融合

 课程背景

近日,Oxford Nanopore Technologies联合探基平台为大家带来国内外研究者们利用纳米孔测序进行RNA研究的系列讲座。继“首期:技术专家带你入门 | 纳米孔转录组测序原理、产量、设计和分析”和“新加坡基因组研究所首席科学家 | 综合评估不同纳米孔全长转录组的测序方法”之后,本次为大家带来的是美国马萨诸塞州综合医院William Jeck博士主讲的第三期课程,内容涵盖使用纳米孔测序快速检测临床样本中的致癌基因融合。

第三期:分子病理学中的“杀手级应用”- 快速检测临床样本中的致癌基因融合

  • 研究背景

在美国麻省医院,一名急性髓细胞白血病(AML)患者首先需要骨髓穿刺涂片检查,耗时两天进行细胞遗传学分析来确诊。另一名恶性肉瘤患者先经过成像与活体组织检查,加上后续排查及检测,耗时16天确诊为尤文氏肉瘤。这可能导致患者已经接受了数天的错误治疗。

融合基因是AML致病的直接原因之一,肉瘤患者软组织中也存在相关的基因融合事件。因此能够在分子水平上发现这些事件并快速拿到结果,有助于将来更快速在癌症中进行诊断,防止错误治疗浪费时间。

3月5日,第三期纳米孔转录组研究课程已在探基平台上线。课程中,William Jeck博士介绍了其研究团队使用纳米孔测序,成功鉴定出红细胞白血病细胞系中的BCR-ABL1融合的研究成果

William Jeck

  • 方法与结果

William Jeck博士开发出一种锚定PCR(AMP)建库的方法,并使用掌上测序仪MinION进行纳米孔测序:将生成的纳米孔读长数据通过BWA-MEM与从现有转录本注释构建的合成转录物参考文库进行比对,成功的鉴定出红细胞白血病细胞系中的BCR-ABL1融合:

· 对临床样品进行概念验证后,分别在白血病患者和FFPE脂肪母细胞瘤患者样品中鉴定PML-RARA和HAS2-PLAG1融合体。

· 在11个新鲜血液学标本和5个FFPE肉瘤样本中鉴定出12个真阳性和3个真阴性。其中检测到4个假阴性是由于所使用的qPCR验证样本肿瘤DNA比例过低。

· 通过对初步诊断的临床分析物进行额外验证,最终灵敏度在低至5%肿瘤DNA样品中能够鉴定出融合基因。

研究成果发表在The Journal of Molecular Diagnostics,doi:10.1016/j.jmoldx.2018.08.003。

  • 本期亮点:

· 在测序开始的几秒钟内产生融合读长 ,10-15分钟内就累计超过100条BCR-ABL序列,因此在测序十几分钟的时候就停止运行以清洗测序芯片重复使用。

· 在更小型的测序设备Flongle上,12小时内获得了约10万条测序序列。

扫描下方二维码获取纳米孔cDNA测序指南:

 报名方式

注:Nanopore技术目前仅供研究使用。

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本文由 SEQ.CN 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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