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新加坡基因组研究所首席科学家 | 综合评估不同纳米孔全长转录组的测序方法

首期纳米孔转录组研究课程,纳米孔应用团队的技术专家们带来了纳米孔转录组测序的工作原理和应用场景,视频回顾请点击:聚焦纳米孔转录组研究,全球8位专家精彩解读 | 首期课程即将上线。本期课程,我们将分享新加坡基因组研究所的首席科学家Jonathan Göke利用纳米孔测序进行人类癌症细胞系RNA测序的研究案例解读视频。

癌症的根本原因是基因组中出现了少许突变,导致细胞以不受控制的方式增殖,从而形成肿瘤。例如TP53,即使在一个组织内,不同患者突变的数量和多样性非常丰富,其中有一些基因总是在大量不同组织中循环,即在转录水平上不同的肿瘤类型显示出相同的变化,因此转录组的研究对癌症尤为重要。

转录本的长度通常为几千碱基对,这使得现有的短读长序列仅能部分覆盖转录本的长度,因此依赖计算重构准确的异构体组装非常困难,短读长也表现出高比率的多重定位。此外,短读长RNA测序可受到系统偏向性的影响,例如GC偏向性和PCR偏好性,Jonathan Göke将通过以下内容来展示如何通过纳米孔转录组研究来应对这些挑战:

1. 比较直接RNA测序、PCR-cDNA测序、直接cDNA测序三种方法,在六株人类癌细胞系中的全长RNA序列进行纳米孔测序。

2. 所有试剂盒上所获得的平均读长均超过 1000bp,其中直接cDNA 测序试剂盒获得的读长最长。试剂盒和测试样品之间存在高度的技术重现性。

3. 与短读长 RNA 测序方法比较发现二者在基因水平上有高度相关性。长读长纳米孔测序额外提供了偏向性更小且更为丰富的数据

  • 使用长读长纳米孔测序显著减少了短读长数据中存在的 3’端偏向性;
  • 很少有短读长可跨越一个或多个剪接位点,而长读长数据则具有更好的读长分布,因此跨越多个剪接位点;
  • 与短读长数据不同,纳米孔方法生成的大多数序列都定位到了单个参考转录本。

 嘉 宾 介 绍

Jonathan Göke是新加坡基因组研究所和新加坡国家癌症中心的首席科学家,他专注于计算转录组的研究,尤其是基因组技术和在癌症方面的转化。他在柏林的马克斯·普朗克分子遗传学研究所获得了计算生物学博士学位。Jonathan 曾就读于德国柏林自由大学,英国谢菲尔德大学和美国斯坦福大学。

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 报 名 方 式

*Nanopore产品目前仅供研究使用。

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